| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 890,913 | Δ18,382 bp | [ybjC]–[ltaE] | 21 genes [ybjC], nfsA, rimK, ybjN, potF, potG, potH, potI, ybjO, rlmC, artJ, artM, artQ, artI, artP, ybjP, ybjQ, amiD, ybjS, ybjT, [ltaE] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 890913 | 909294 | 18382 | 43 [0] | [2] 45 | [ybjC]–[ltaE] | [ybjC],nfsA,rimK,ybjN,potF,potG,potH,potI,ybjO,rlmC,artJ,artM,artQ,artI,artP,ybjP,ybjQ,amiD,ybjS,ybjT,[ltaE] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 890912 | 0 (0.000) | 43 (0.700) | 39/490 | 0.2 | 100% | intergenic (‑159/‑1) | grxA/ybjC | reduced glutaredoxin 1/DUF1418 domain‑containing protein YbjC |
| ? | NC_000913 | 909295 = | 0 (0.000) | intergenic (‑1/+36) | ltaE/poxB | low‑specificity L‑threonine aldolase/pyruvate oxidase | |||||
CATCGCGTTCATTGCTCAATTTCTCAGCCAGATCTTTTGCACGCACACAGTAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGGTTTGCATTATTTCTCTCCTCATAGATTTATGCCTGTAATGATCACGCTAAAATGTATTCGCTGAAAGTAGGTTTAACCTGTTGCATTAATTGCTAAAAGCTATAACTGTTAAACACAATACAGTGAAAAGTTTTAGACTGAAGGCTCACTTTGCAGAGGGAAGCGTATGCGCGCGATCGGTAAATTGCCTAAAGGCGTGTTGATACTGGAATTTATCGGAATGATGCTACTGGCGGTGGCGCTGCTGTCGGTAAGCGACTCCCTGTCGCTGCCTGAGCCATTTTCTCGGCCAGAAGTGCAGATTCTGATGATTTTTCTCGGTGTTTTGCTCATGCTTCCCGCTGCGGTGGTGGTTATTCTTCAGGTGGCAAAACGTCTTGCCCCACAGCTGATGAACCGTCCACCGCA > NC_000913/890666‑891154 | catcGCGTTCATTGCTCAATTTCTCAGCCAGATCTTTTGCACGCACACAGTAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGGTTTGCATTATTTCTCTCCTCATAGATTTATGCCTGTAATGATCACGCTAAAATGTATTCGCTGAAAGTAGGTTTAACCTGTTGCATTAATTGCTAAAAGCTATAACTGTTAAACACAATACAGTGAAAAGTTTTAGACTGAAGGCTCACTTTGCAGAGGGAAGCGTggc < 1:124478‑M1/250‑4 (MQ=255)catcGCGTTCATTGCTCAATTTCTCAGCCAGATCTTTTGCACGCACACAGTAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGGTTTGCATTATTTCTCTCCTCATAGATTTATGCCTGTAATGATCACGCTAAAATGTATTCGCTGAAAGTAGGTTTAACCTGTTGCATTAATTGCTAAAAGCTATAACTGTTAAACACAATACAGTGAAAAGTTTTAGACTGAAGGCTCACTTTGCAGAGGGAAGCGTggc < 2:464203‑M1/250‑4 (MQ=255) gTTCATTGCTCAATTTCTCAGCCAGATCTTTTGCACGCACACAGTAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGGTTTGCATTATTTCTCTCCTCATAGATTTATGCCTGTAATGATCACGCTAAAATGTATTCGCTGAAAGTAGGTTTAACCTGTTGCATTAATTGCTAAAAGCTATAACTGTTAAACACAATACAGTGAAAAGTTTTAGACTGAAGGCTCACTTTGCAGAGGGAAGCGTggcatgtcct > 1:324316‑M1/1‑241 (MQ=255) gCTCAATTTCTCAGCCAGATCTTTTGCACGCACACAGTAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGGTTTGCATTATTTCTCTCCTCATAGATTTATGCCTGTAATGATCACGCTAAAATGTATTCGCTGAAAGTAGGTTTAACCTGTTGCATTAATTGCTAAAAGCTATAACTGTTAAACACAATACAGTGAAAAGTTTTAGACTGAAGGCTCACTTTGCAGAGGGAAGCGTggcatgtccttattatg > 1:230061‑M1/1‑234 (MQ=255) tCAATTTCTCAGCCAGATCTTTTGCACGCACACAGTAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGGTTTGCATTATTTCTCTCCTCATAGATTTATGCCTGTAATGATCACGCTAAAATGTATTCGCTGAAAGTAGGTTTAACCTGTTGCATTAATTGCTAAAAGCTATAACTGTTAAACACAATACAGTGAAAAGTTTTAGACTGAAGGCTCACTTTGCAGAGGGAAGCGTggcatgtccttattatgac > 1:382357‑M1/1‑232 (MQ=255) cAGCCAGATCTTTTGCACGCACACAGTAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGGTTTGCATTATTTCTCTCCTCATAGATTTATGCCTGTAATGATCACGCTAAAATGTATTCGCTGAAAGTAGGTTTAACCTGTTGCATTAATTGCTAAAAGCTATAACTGTTAAACACAATACAGTGAAAAGTTTTAGACTGAAGGCTCACTTTGCAGAGGGAAGCGTggcatgtccttattatgacgggaaatg < 1:175344‑M1/250‑28 (MQ=255) cgcacACAGTAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGGTTTGCATTATTTCTCTCCTCATAGATTTATGCCTGTAATAATCACGCTAAAATGTATTCGCTGAAAGTAGGTTTAACCTGTTGCATTAATTGCTAAAAGCTATAACTGTTAAACACAATACAGTGAAAAGTTTTAGACTGAAGGCTCACTTTGCAGAGGGAAGCGAggcatgtgcttattatgacgtgaaatgccaccctttttaccttat > 2:85483‑M1/1‑206 (MQ=255) gTAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGGTTTGCATTATTTCTCTCCTCATAGATTTATGCCTGTAATGATCACGCTAAAATGTATTCGCTGAAAGTAGGTTTAACCTGTTGCATTAATTGCTAAAAGCTATAACTGTTAAACACAATACAGTGAAAAGTTTTAGACTGAAGGCTCACTTTGCAGAGGGAAGCGTggcatgtccttattatgacgggaaatgccaccctttttaccttagccagtttg < 1:451341‑M1/251‑54 (MQ=255) aaGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGGTTTGCATTATTTCTCTCCTCATAGATTTATGCCTGTAATGATCACGCTAAAATGTATTCGCTGAAAGTAGGTTTAACCTGTTGCATTAATTGCTAAAAGCTATAACTGTTAAACACAATACAGTGAAAAGTTTTAGACTGAAGGCTCACTTTGCAGAGGGAAGCGTggcatgtccttattatgacgggaaatgccaccctttttaccttagccagtttgt < 1:396416‑M1/250‑55 (MQ=255) aaCCCGAACCACCAAAAATGACGGTTTGCATTATTTCTCTCCTCATAGATTTATGCCTGTAATGATCACGCTAAAATGTATTCGCTGAAAGTAGGTTTAACCTGTTGCATTAATTGCTAAAAGCAATAACTGTTAAACACAATACAGTGAAAAGTTTTAGACTGAAGACTCCCTTTGCAGAGGTAAGCGTgtcaggtccttattatgacgggaaatgccaccctgtttaccgtagccagtttgttttcgcc < 2:57779‑M1/251‑62 (MQ=255) 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atcaTACATTAATGCCTGTAATGATCACGCTAAAATGTATTCGCTGAAAGTAGGTTTAACCTAATGCATTAATTGCTAAAAGCTATAACTGTTAAACACAATACAGTGAAAAGTTTTAGACTGAAGGCTCACTTTGCAGAGGGAAGCGTggcatgtccttattatgacgggaaatgccaacctttttaccttcgccagtttgttttagccagttcgatcacttcatcaccgcgtccgcttatggttgcgcg > 2:180446‑M1/2‑149 (MQ=255) gATTTATGCCTGTAATGATCACGCTAAAATGTATTCGCTGAAAGTAGGTTTAACCTGTTGCATTAATTGCTAAAAGCTATACCTGTTAAACACAATACAGTGAAAAGTTTTAGACTGAAGGCTCACTTTGCAGAGGGCAGCGTggcatgtccttattatgacgggaaatgccaccctttttaccttagccagtttgttttcgccagttcgatcacttcatcaccgcgtccgctgatgattgcgcgcagcat > 2:174393‑M1/1‑143 (MQ=255) tATGCCTGTAATGATCACGCTAAAATGTATTCGCTGAAAGTAGGTTTAACCTGTTGCATTAATTGCTAAAAGCTATAACTGTTAAACACAATACAGTGAAAAGTTTTAGACTGAAGGCTCACTTTGCAGAGGGAAGCGTggcatgtccttattatgacgggaaatgccaccctttttaccttagccagtttgttttcgccagttcgatcacttcatcaccgcgtccgctgatgatttcgcgcagcatatac > 2:457921‑M1/1‑139 (MQ=255) aTGCCTGTAATGATCACGCTAAAATGTATTCGCTGAAAGTAGGTTTAACCTGTTGCATTAATTGCTAAAAGCTATAACTGTTAAACACAATACAGTGAAAAGTTTTAGACTGAAGGCTCACTTTGCAGAGGGAAGCGTggcatgtccttattatgacgggaaatgccaccctttttaccttagccagtttgttttcgccagttcgatcacttcatcaccgcgtccgctgatgattgcgcgcagcatatac > 1:8193‑M1/1‑138 (MQ=255) aTCACGCTAAAATGTATTCGCTGAAAGTAGGTTTAACCTGTTGCATTAATTGCTAAAAGCTATAACTGTTAAACACAATACAGTGAAAAGTTTTAGACTGACGGCTCACTTTGCAGAGGGAAGCGTggcatgtccttattatgacgggaaatgccaccctttttaccttagccagtttgttttcgccagttcgatcacttcatcaccgcgtccgctgatgattgcgcgcagcatatacaggctgacacctt > 2:446113‑M1/1‑126 (MQ=255) tCACGCTAAAATGTATTCGCTGAAAGTAGGTTTAAACTGTTGAATTAATTGCTAAAAGCTATAACTGTTAAAAACAATACAGTGAACAGTTTTAGACTGAAGGCTCACTTTGCAGAGGGAAGAGTggcatgtccttattatgacgggaaatgccaccctttttaccttagccagtttgttttcgccagttcgatcacttcatcaccgcgtccgctgatgattgcgcgcagcatatacaggctgaaaccttt > 1:176670‑M1/1‑125 (MQ=255) cGCTAAAATGTATTCGCTGAAAGTAGGTTTAACCTGTTGCATTAATTGCTAAAAGCTATAACTGTTAAACACAATACAGTGAAAAGTTTTAGACTGAAGGCTCACTTTGCAGAGGGAAGCGTggcatgtccttattatgacgggaaatgccaccctttttaccttagccagtttgttttcgccagttcgatcacttcatcaccgc > 1:136413‑M1/1‑122 (MQ=255) cGCTAAAATGTATTCGCTGAAAGTAGGTTTAACCTGTTGCATTAATTGCTAAAAGCTATAACTGTTAAACACAATACAGTGAAAAGTTTTAGACTGAAGGCTCACTTTGCAGAGGGAAGCGTggcatgtccttattatgacgggaaatgccaccctttttaccttagccagtttgttttcgccagttcgatcacttcatcaccgc < 2:136413‑M1/205‑84 (MQ=255) aaaTGTAATCGCTGAAAGTAGGTTTAACCTGTTGCATTAATTGCTAAAAGCTATAACTGTTAAACACAATACAGTGAAAAGTTTTAGACTGAAGGCTCACTTTGCAGAGGGAAGCGTggcatggccgtattatgacgggaaatgccaccctttttaccttagccagtttgttttcgccagttcgatcacttcatcaccgcgtccgctgatgattgcgcgcagcatatacaggctgaaacctttggcctgtt < 2:108806‑M1/251‑135 (MQ=255) aaTGTATTCGCTGAAAGTAGGTTTAACCTGTTGCATTAATTGCTAAAAGCTATAACTGTTAAACACAATACAGTGAAAAGTTTTAGACTGAAGGCTCACTTTGCAGAGGGAAGCGTggcatgtccttattatgacgggaaatgccaccctttttaccttagccagtttgttttcgccagttcgatcacttcatcaccgcgtccgctgatgattgcgcgcagcatatacaggctgaaacctttggcctgttc < 2:324316‑M1/251‑136 (MQ=255) ttCGCTGAAAGTAGGTTTAACCTGTTGCATTAATTGCTAAAAGCTATAACTGTTAAACACAATACAGTGAAAAGTTTTAGACTGAAGGCTCACTTTGCAGAGGGAAGCGTggcatgtccttattatgacgggaaatgccaccctttttaccttagccagtttgttttcgccagttcgatcacttcatcaccgcgtccgctgatgattgcgcgcagcatatacaggctgaaacctttggcctgttcgagttt > 1:220055‑M1/1‑110 (MQ=255) agcTGAAAGGAGGATTAACCTGTTGCATTAATTGCTAAAAGCTATAACTGTTAAACACAATACAGTGAAAAGTTTTAGAAAGACGCCTCACTTTGCAGAGGGACGCGTggcatatccttattatgacgggaaatgccaccctttttaccttagccagtttgttttcgccagttcgatcacttcatcaccgcgtccgctgatgatttcgcgcggcatatacaggctgaaacctttggcctgtacgagtttg > 2:280137‑M1/2‑108 (MQ=255) 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tGCTAAAAGCTATAACTGTTAAACACAATACAGTGAAAAGTTTTAGACTGAAGGCTCACTTTGCAGAGGGAAGCGTggcatggccttattatgacgggaaatgccaccctttttaccttagccagtttgttttcgccagttcgatcacttcatcaccgcgtccgctgatgattgcgcgcagcatatacaggctgaaacctttggcctgttcgagtttgatctgcggtggaatggctaactcttctttggc < 2:50170‑M1/250‑175 (MQ=255) aaCTGTTAAACAAAATACAGTGAAAAGTTTTAGACTGAAGGCTCACTTTGCAGAGGGAACCGTggcatgtccttattatgacgggaaatgccaccctttttaccttagccagtttgttttcgccagttcgatcacttcatcaccgcgtccgctgctgcttgcgcgcagcatatacaggctgaaacctttggcctgttcgagtttgatctgcggtggactngctaactcttctttcgcgaacaccacctccc > 2:234966‑M1/1‑63 (MQ=255) cacaATACAGTGAAAAGTTTTAGACTGAAGGCTCACTTTGCAGAGGGAAGCGTggcatgtccttattatgacgggaaatgccaccctttttaccttagccagtttgttttcgccagttcgatcacttcatcaccgcgtccgctgatgattgcgcgcagcatatacaggctgaaacctttggcctgttcgagtttgatctgcggtggaatggctaactcttctttggcgaccaccacatccaccaacaccgg > 1:9865‑M1/1‑53 (MQ=255) caATACAGTGAAAAGTTTTAGACTGAAGGCTCACTTTGCAGAGGGAAGCGTggcatgtccttattatgacgggaaatgccaccctttttaccttagccagtttgttttcgccagttcgatcacttcatcaccgcgtccgctgatgattgcgcgcagcatatacaggctgaaacctttggcctgttcgagtttgatctgcggtggaatggctaactcttctttggcgaccaccacatccaccaacaccggac < 1:446113‑M1/251‑201 (MQ=255) aTACAGTGAAAATGTTTAGACTGAAGGCTCACTTTGCAGAGGGAAGCGTggcatgtccttattatgacgggaaatgccaccctttttaccttagccagtttgttttcgccagttcgatcacttcatcaccgcgtccgcttatgattgcgcgcagcatatacaggctgaaacctttggcctgttcgaggttgatctgcggtggaatggctaactcttctttggcgaccaccacatccaccaacaccggaccg < 2:382357‑M1/251‑203 (MQ=255) aCAGTGAAAAGTTTTAGACTGAAGGCTCACTTTGCATAGGGAATCTTtgcatgtccttattatgccgtgaaatgcctccctttttaccttagccagtttgttttcgtcagttcgatcacttcatcaccgcgtccgcttatgattgcgcgcagcatatacaggctgaaacctttggcctgttcgagtttgatctgcggtggaatggctaactcttctttggcgaccaccacatcctccaacaccggaccgtc < 1:45715‑M1/251‑205 (MQ=255) cAGTGAAAAATTTTAGACTGAAGGCTCACTTTGCAGATGGAAGCGTggcatgtccttattatgacggaaaatgccaccctttttaccttagccagtttgttgtcgccatttcgagcacttcatcaccgcgtccgctgatgattgctcgcagcatatacaggctgaaacctttggcctgttcgagtttgatctgcggtggaatggctaactctactgaggcggccaccacctacatctacaccggaccgtcg < 2:369720‑M1/251‑206 (MQ=255) aaaaGTTTTAGACTGAAGGCTCACTTTGCAGAGGGAAGCGTggcatgtccttattatgacgggaaatgccaccctttttaccttagccagtttgttttcgccagttcgatcacttcatcaccgcgtccgctgatgattgcgcgcagcatatacaggctgaaacctttggcctgttcgagtttgatctgcgggggaatggctaactcttctttggcgaccnccacatccaccaacaccggaccgtcgatgg > 2:228316‑M1/1‑41 (MQ=255) aaGTTTTAGACTGAAGGCTCACTTTGCAGAGGGAAGCGTggcatgtccttattatgacgggaaatgccaccctttttaccttagccagtttgttttcgccagttcgatcacttcatcaccgcgtccgctgatgattgcgcgcagcatatacaggctgaaacctttggcctgttcgagtttgatctgcggtggaatggctaactcttctttggcgaccaccacatccaccaacaccggaccgtcgatgg > 1:129644‑M1/1‑39 (MQ=255) ttAGACTGAAGGCTCACTTTGCAGAGGGAAGCGTggcatgtccttattatgacgggaaatgccaccctttttaccttagccagtttgttttcgccagttcgatcacttcatcaccgcgtccgctgatgattgcgcgcagcatatacaggctgaaacctttggcctgttcgagtttgatctgcggtggaatggctaactcttctttggcgcccaccacatccaccaacaccggaccgtctatggagaaggcg > 2:379312‑M1/1‑34 (MQ=255) agGGAAGCGTggcatgtccttattatgacgggaaatgccaccctttttaccttaaccagtttgttttcgccagttcgatcacttcatcaccgcgtccgctgatgattgcgcgcagcatatacaggctgaaacctttggcctgttcgagtttgatctgcggtggaatggctaactcttctttggcgaccaccacatccaccaacaccggaccgtcgatggagaaggcgcgttgcagggcttcatcaacttc > 1:124674‑M1/1‑10 (MQ=255) gggAAGCGTggcatgtccttattatgacgggaaatgccaccctttttaccttagccagtttgttttcgccagttcgatcacttcatcaccgcgtccgctgatgattgcgctcagcatatacaggctgacacctttggactgttcgagtttgatctgcggtggaatggctaactcttatttggccacaaccacatccaccaccaccggactgccgatggagtaggcgctttgaagggcttcctcaactaaac > 2:294447‑M1/1‑9 (MQ=255) | CATCGCGTTCATTGCTCAATTTCTCAGCCAGATCTTTTGCACGCACACAGTAAGGGCAACCCGAACGACCAAAAATAACGGTTTGCATTATTTCTCTCCTCATAGATTTATGCCTGTAATGATCACGCTAAAATGTATTCGCTGAAAGTAGGTTTAACCTGTTGCATTAATTGCTAAAAGCTATAACTGTTAAACACAATACAGTGAAAAGTTTTAGACTGAAGGCTCACTTTGCAGAGGGAAGCGTATGCGCGCGATCGGTAAATTGCCTAAAGGCGTGTTGATACTGGAATTTATCGGAATGATGCTACTGGCGGTGGCGCTGCTGTCGGTAAGCGACTCCCTGTCGCTGCCTGAGCCATTTTCTCGGCCAGAAGTGCAGATTCTGATGATTTTTCTCGGTGTTTTGCTCATGCTTCCCGCTGCGGTGGTGGTTATTCTTCAGGTGGCAAAACGTCTTGCCCCACAGCTGATGAACCGTCCACCGCA > NC_000913/890666‑891154 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |