| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,313,027 | T→G | intergenic (‑36/‑323) | alsR ← / → rpiB | DNA‑binding transcriptional repressor AlsR/allose‑6‑phosphate isomerase/ribose‑5‑phosphate isomerase B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,313,027 | 0 | T | G | 98.3% | 215.7 / NA | 59 | intergenic (‑36/‑323) | alsR/rpiB | DNA‑binding transcriptional repressor AlsR/allose‑6‑phosphate isomerase/ribose‑5‑phosphate isomerase B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base G (21/37); total (21/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.72e-01 | |||||||||||
GCAGCTTTGATACCTTAACTATCATCGCTTCAGATACCGCCAGAGCTTCTGCGACATCTTTAATTGCGGGTGCACAACTCAGGTTACCGGGTTTGAGTAACCACTCCACGATGCGGCTTTCATTTTCTGTCATTCCTTCCTGCTTCATTCGCAGGTAAGGCGCTAACCCTATACCGTTCGGAAGCGCTGAATCAAACTCTGACTGGCTCATCACGTTCTCTTGTCCTTGAATTGAAGACGCCACTATATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTTTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGTCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTA > NC_000913/4312781‑4313266 | gcagcTTTGATACCTTAACTATCATCGCTTCAGATACCGCCAGAGCTTCTGCGACATCTTTAATTGCGGGTGCACAACTCAGGTTACCGGGTTTGAGTAACCACTCCACGATGCGGCTTTCATTTTCTGTCATTCCTTCCTGCTTCATTCGCAGGTAAGGCGCTAACCCTATACCGTTCGGAAGCGCTGAATCAAACTCTGACTGGCTCATCACGTTCTCTTGTCCTTGAATTGAAGACGCCACTAGATca < 2:263382/251‑1 (MQ=255) ccTTAACTATCATCGCTTCAGATCCCGCCAGAACTTCTGCTACATCTTTAATTGCGGGTGCACAACTCAGTTTCCCTGGTTTGAGTAACCTCTCCACGATTCGGCTTTCTTTTTCTTTCATTCCTTCCTGCTTCATTCGCAGGTAAGGCGTTAACCCTATACCGTTCGTAAGCGCTGAATCAAACTCTGACTGGCTCAACACGTTCTCTTGTCCTTGAATTGAAGACGCCACGATATCACCACATCAAGa < 2:266245/250‑1 (MQ=255) tAACTATCATCGCTTCAGATCCCGCCAGAGCTTCTGCGACATCTTTAATTGCGGGTGCACAACTCAGGTTACCGGGTTTGAGTAACCACTCCACGATGCGGCTTTCATTTTCCGTCATTCCTTCCGGCTTCATTCGCAGGTAAGGCGCTAACCCTATACCGTTCGGAAGCGCTGAATCAAACTCTGACTGGCTCAGCACGTTCTCTTGTCCTTGAATTGAAGACGCCACTAGATCACCACAGCAAGatc < 2:57413/249‑3 (MQ=255) aaCTATCATCGCTTCAGATACCGCCAGAGCTTCTGCGACATCTTTAATTGCGGGTGCACAACTCAGGTTACCGGGTTTGAGTAACCACTCCACGATGCGGCTTTCATTTTCTGTCATTCCTTCCTGCTTCATTCGCAGGTAAGGCGCTAACCCTATACCGTTCGGAAGCGCTGAATCAAACTCTGACTGGCTCATCACGTTCTCTTGTCCTTGAATTGAAGACGCCACTAGATCACCACAGCAAGAACAg < 1:261654/250‑1 (MQ=255) 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aGACGCCACTAGATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTTTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGTCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTa < 1:73749/251‑1 (MQ=255) | GCAGCTTTGATACCTTAACTATCATCGCTTCAGATACCGCCAGAGCTTCTGCGACATCTTTAATTGCGGGTGCACAACTCAGGTTACCGGGTTTGAGTAACCACTCCACGATGCGGCTTTCATTTTCTGTCATTCCTTCCTGCTTCATTCGCAGGTAAGGCGCTAACCCTATACCGTTCGGAAGCGCTGAATCAAACTCTGACTGGCTCATCACGTTCTCTTGTCCTTGAATTGAAGACGCCACTATATCACCACAGCAAGAACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTTTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTTGCTGGATGGTGAGTGTCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTA > NC_000913/4312781‑4313266 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |