| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 536,492 | A→G | intergenic (+6/‑94) | hyi → / → glxR | hydroxypyruvate isomerase/tartronate semialdehyde reductase 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 536,492 | 0 | A | G | 98.4% | 212.7 / NA | 64 | intergenic (+6/‑94) | hyi/glxR | hydroxypyruvate isomerase/tartronate semialdehyde reductase 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (31/32); minor base T (0/1); total (31/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
TATCATATGCAGCGGATGGAAGGTGAATTAACCAACACCATGACTCAGTGGGCTGATAAAATTGGTCACCTGCAAATTGCCGATAATCCGCATCGCGGCGAACCGGGAACCGGAGAAATTAATTATGATTATCTCTTTAAGGTAATCGAAAA‑TTCTGACTACAACGGTTGGGTTGGGTGTGAATATAAACCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGT‑ACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCATTATGGGTACACCGATGGCCATTAATCTGGCGCGTGCCGGTCATCAATTACATGTCACGACCATTGGACCGGTTGCTGATGAATTACTGTCACTGGGTGCCGTCAGTGTTG > NC_000913/536247‑536724 | tATCATATGCAGCGGATGGAAGGTGAATTAACCAACACCATGACTCAGTGGGCTGATAAAATTGGTCACCTGCAAATTGCCGATAATCCGCATCGCGGCGACCCGGGAACCGGAGAAATTAATTATGATTATCTCTTTAAGGCAATCGAAAA‑TTCTGACTACAACGGTTGGGTTTGGTGTGAATATAAACCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTCCGCTGGATGGCCCCGT‑ACCGTTAACACGTGACGCt > 2:319629/1‑251 (MQ=255) cATATGCAGCGGATGGAAGGTGAATTAACCAACACCATGACTCAGTGGGCTGATAAAATTGGTCACCTGCAAATTGCCGATAATCCGCATCGCGGCGAACCGGGAACCGGAGAAATTAATTATGATTATCTCTTTAAGGTAATCGAAAA‑TTCTGACTACAACGGTTGGGTTGGGTGTGAATATAAACCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGT‑ACCGTTAAAACGTGACGCTAtt > 1:747642/1‑251 (MQ=255) tatGCAGCGGATGGAAGATGAATTAACCAACACCATGACTCAGCGGGCTGATAAAATTGGTCACCTGCAAATTGCCGATAATCCGCATCGCGGCGAACCGGGAACCGGAGAAATTAATTATGATTATCTCTTTAAGGTAATCGAAAA‑TTCTGACTACAACGGTTGGGTTGGGTGTGAATATAACCCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGT‑ACCGTTAAAACGTGACGCTAtta > 2:743946/1‑249 (MQ=255) cAGCGGATGGAAGGTGAATTAACCAGCACCATGACTCAGTGAACTGATAACATTGGTCACCTGCAAATTACCGATAATCCGAATCGCGGCGAACCGGGAACCGGAAAAATTAATTATGATTATCTCTTTACGGTAATCGAAAT‑TTCTGACTACAACGGTTGGGTTGGGTGTGAATAAAAACCCCAAACCACCACGGAAGACGGTTTACGCTGGCTGTTTCCGA‑ACCGTTAACACGTGGAGCTATTCAGAc > 2:221635/1‑250 (MQ=255) aTGGAAGGTGAATTAACCAACACCATGACTCAGTGGGCTGATAAAATTGGTCACCTGCAAATTGCCGATAATCCGCATCGCGGCGAACCGGGAACCGGAGAAATTAATTATGATTATCTCTTTAAGGTAATCGAAAA‑TTCTGACTACAACGGTTGGGTTGGGTGTGAATATAAACCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGT‑ACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCtt < 1:576716/251‑1 (MQ=255) aTGGAAGGTGAATTAACCAACACCATGACTCAGTGGGCTGATAAAATTGGTCACCTGCAAATTGCCGATAATCCGCATCGCGGCGAACCGGGAACCGGAGAAATTAATTATGATTATCTCTTTAAGGTAATCGAAAA‑TTCTGACTACAACGGTTGGGTTGGGTGTGAATATAAACCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGT‑ACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCtt > 1:324313/1‑251 (MQ=255) tGGAAGGTGAATTAACCAACACCATGACTCAGTGGGCTGATAAAATTGGTCACCTGCAAATTGCCGATAATCCGCATCGCGGCGAACCGGGAACCGGAGAAATTAATTATGATTATCTCTTTAAGGTAATCGAAAA‑TTCTGACTACAACGGTTGGGTTGGGTGTGAATATAAACCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGT‑ACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCttt > 1:2013/1‑251 (MQ=255) 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ccGCATCGCGGCGAACCGGGAACCGGAGAAATTAATTATGATTATCTCTTTAAGGTAATCGAAAA‑TTCTGACTACAACGGTTGGGTTGGGTGTGAATATAAACCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGT‑ACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAAt < 1:290986/251‑1 (MQ=255) cATCGCGGCGAACCGGGAACCGGAGAAATTAATTATGATTATCTCTTTAAGGTAATCGAAAA‑TTCTGACTACAACGGTTGGGTTGGGTGTGAATATAAACCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGT‑AACGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTAt > 2:661215/1‑251 (MQ=255) aTCGCGGCGAACCGGGAACCGGAGAAATTAATTATGATTATCTCTTTAAGGTAATCGAAAA‑TTCTGACTACAACGGTTGGGTTGGGTGTGAATATAAACCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGT‑ACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTc < 1:398398/218‑1 (MQ=255) 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TATCATATGCAGCGGATGGAAGGTGAATTAACCAACACCATGACTCAGTGGGCTGATAAAATTGGTCACCTGCAAATTGCCGATAATCCGCATCGCGGCGAACCGGGAACCGGAGAAATTAATTATGATTATCTCTTTAAGGTAATCGAAAA‑TTCTGACTACAACGGTTGGGTTGGGTGTGAATATAAACCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGT‑ACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCATTATGGGTACACCGATGGCCATTAATCTGGCGCGTGCCGGTCATCAATTACATGTCACGACCATTGGACCGGTTGCTGATGAATTACTGTCACTGGGTGCCGTCAGTGTTG > NC_000913/536247‑536724 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |