| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 3,836,957 | Δ8,771 bp | [setC]–[adeD] | [setC], yicL, yicU, nlpA, yicS, nepI, yicN, adeQ, [adeD] | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 3836957 | 3845727 | 8771 | 44 [0] | [0] 43 | [setC]–[adeD] | [setC],yicL,yicU,nlpA,yicS,nepI,yicN,adeQ,[adeD] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3836956 | 0 (0.000) | 43 (0.440) | 38/492 | 0.9 | 100% | coding (4/1185 nt) | setC | putative arabinose exporter |
| ? | NC_000913 | 3845728 = | 0 (0.000) | coding (1765/1767 nt) | adeD | adenine deaminase | |||||
TATCAAATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGCGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAAGAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTCCTACCCTAAGTATATTCCTCGCAGATGAACTGAAAGCCCGTCCTATAATGGTAGGTTTTTTCTTCACCGGTAGCGCTATTATGGGAATTCTGGTCAGTCAATTTCTGGCAAGGCACTCCGATAAACAAGGCGACCGTAAATT > NC_000913/3836706‑3837197 | tatCAAATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTAATTGCCTTACTATCATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTACTAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGCGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAAGAATGc > 2:500504/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |