New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 2704268 = | 54 (0.550) | 3 (0.030) | 3/492 | 6.0 | 3.5% | intergenic (‑205/+67) | rnc/lepB | RNase III/signal peptidase I |
? | NC_000913 | = 4450292 | 111 (1.130) | coding (331/957 nt) | ytfQ | galactofuranose ABC transporter periplasmic binding protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
AGCCCAGCTTCCGTTGAAGCCGATTAATTACGATGGGGTTCATGCGATACCAATAAATAAATGCGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGCAGACCAGTCGGCCATTCGCCTTCTTGCTTATCGAAGCTCATCCAGATAGCCGTTGCCCGACCGACCAGATTCGCTTCCGGCACAAAGCCCCAGTAACGGCTGTCCGCGCTGTTGTCGCGGTTGTCGCCCATCATGAAGTATTGTCCCGGAGGA > NC_000913/2704021‑2704518 | aGCCCAGCTTCCGTTGAAGCCGATTAATTACNATGGGGTTCATGCGATACCAATAAATAAATGCGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGga < 2:377489/251‑1 (MQ=255) gCCCAGCTTCCGTTGAAGCCGATTAATTACGATGGGGTTCATGCGATACCAATAAATAAATGCGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACggg > 1:677582/1‑249 (MQ=255) cAGCTTCCGTTGAAGCCGATTAATTACGATGGGGTTAATGCGATCCCAATAAATAAATGCGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGGTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTCCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGAtt < 2:605612/251‑1 (MQ=255) aaGCCGATTAATTACGATGGGGTTCATGCGATACCAATAAATAAATGCGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCataaat > 1:701642/1‑251 (MQ=255) aGCCGATTAATTACGATGGGGTTCATGCGATNCCAATAAATAAATGCGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCataaata < 2:369980/251‑1 (MQ=255) attaattaCGATGGGGTTCAGGCGATACCAATTAATAAATACGTCAACAATTCAGCACCCGAAACAGACCTGATATACATAGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTAGATGGGGACCAACGCTGTATCGTGTGCCGTGGCACCCTGGAGGTGCCAACCTAAAACTTCGGGGGCATATTCTATACACAACGACAGGGGATGTCGTCAGCCACGGGAGAGTTATCTAAAAAATAATTcc > 2:478056/1‑250 (MQ=255) aattaCGATGGGGTTCATGCGATACCAATAAATAAATGCGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGACCTGAGATCCATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGTGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATTTACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGt < 2:757450/251‑1 (MQ=255) gggggTTCATGCGATACCAATAAATAAATGCGTCAACAAGTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCa < 2:163041/250‑1 (MQ=255) ggggTTCATGCGATACCAATAAATAAATGCGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCAt < 1:379105/251‑1 (MQ=255) gTTCATGCGAAGCCAATTAATAAATGCGTCAACAATTCAGCACGCGAAACAGACCTGATATACATGGGTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGGTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGTGAGATTTATCGCATAAATAATTCACGTTGTCTCCATAAc < 2:211239/251‑1 (MQ=255) 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caaTTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTATCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACNGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATg > 2:385971/1‑251 (MQ=255) aaTTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCATCCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGTGGAATATTCTATACACAGCGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCGCATAAATAATCCACGTTGTCGCCATAACGTCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATgg < 2:748469/251‑1 (MQ=255) acacGAAACAGCCCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGGGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGTGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATgccgcc < 1:734267/251‑1 (MQ=255) 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aaaCAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTCAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGCACGAAGATGGCTCTTAATGGATGCCGCAAATGc > 2:320581/1‑251 (MQ=255) aCCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTa < 1:291562/251‑1 (MQ=255) tGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAgc > 1:197541/1‑251 (MQ=255) 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aTGGTTATGCTAAATGCTGCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGAGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGCAggcgc > 2:241655/1‑247 (MQ=255) gTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGGTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGCAGACCAGTc < 1:331007/251‑1 (MQ=255) cTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGAGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGCTGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAAAGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGCTGCCGCCAATGCCACTTAAGCGCAGACCAGTCGGc > 2:208077/1‑251 (MQ=255) 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cgcagTTTCGTGTTCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTGAATCGCAGACCAGTCGGCCATTCGCCTTCTTGCTTATCGAAGCTCATCCAGATAGCCGTTGCccgac < 1:739789/247‑1 (MQ=255) cGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGCAGACCAGTCGGCCATTCGCCTTCTTGCTTATCGAAGCTCATCCAGATAGCCGTTGCccgac > 1:166638/1‑251 (MQ=255) gCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATGCACAACGACGGGGGATGTCGGTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGCAGACCAGTCGGCCATTCGCCTTCTTGCTTATCGAAGCTCATCCAGATAGCCGTTGCccgacc < 1:511773/251‑1 (MQ=255) 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ttAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGCAGACCAGTCGGCCATTCGCCTTCTTGCTTATCGAAGCTCATCCAGATAGCCGTTGCCCGACCGACCAGATTCGCTTCCGGCACAAAGCCCCAGTAACGGCTGTCCGCGCTGTTGTCGCGGTTGTCGCCCATCATGAAGTATTGTc > 2:70773/1‑251 (MQ=255) gggAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGCAGACCAGTCGGCCATTCGCCTTCTTGCTTATCGAAGCTCATCCAGATAGCCGTTGCCCGACCGACCAGATTCGCTTCCGGCACAAAGCCCCAGTAACGGCTGTCCGCGCTGTTGTCGCGGTTGTCGCCCATCATGAAGTATTGTCCCggagga < 2:566363/251‑1 (MQ=255) | AGCCCAGCTTCCGTTGAAGCCGATTAATTACGATGGGGTTCATGCGATACCAATAAATAAATGCGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGCAGACCAGTCGGCCATTCGCCTTCTTGCTTATCGAAGCTCATCCAGATAGCCGTTGCCCGACCGACCAGATTCGCTTCCGGCACAAAGCCCCAGTAACGGCTGTCCGCGCTGTTGTCGCGGTTGTCGCCCATCATGAAGTATTGTCCCGGAGGA > NC_000913/2704021‑2704518 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |