| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,301,919 | G→T | Q246Y (CAG→TAT) | oppA → | oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,301,919 | 0 | G | T | 98.5% | 236.4 / NA | 67 | Q246Y (CAG→TAT) | oppA | oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base T (39/27); total (39/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATGATCACACATTAGAAGTCACCTTAAGTGAACCCGTTCCGTACTTCTATAAATTACTTGTTCACCCATCAACTTCACCGGTGCCAAAAGCCGCTATCGAGAAATTCGGCGAAAAATGGACCCAGCCTGGTAATATCGTCACCAACGGTGCCTATACCTTAAAAGATTGGGTCGTAAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAATCGACATGACGAATAACAGCATGCCGATCGAATTGTTCCAGAAGCTGAAAAAAGAGATCCCGGACGAAGTTCACGT‑TGATCCATACCTGTGCACTTACTATTACGAAATTAACAACCAGAAACCGCCATTCAACGATGTGCGTGTGCGTACCGCACTGAAACTAGG > NC_000913/1301678‑1302146 | atgatCACACATTAGAAGTCACCTTAAGTGAACCCGTTCCGTACTTCTATAACTTACTTGTTCACCCATCAACTTCACCGGTGCCAAAAGCCGCTATCGAGAAATTCGGCGAAAAATGGACCCAGCCTGGTAATATCGTCACCAACGGTGCCTATACCTTAAAAGATTGGGTCGTAAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAt > 1:36752/1‑251 (MQ=255) acacaTTAGAAGTCACCTTAAGTGAACCCGTTCCGTACTTCTATAAATTACTTGTTCACCCATCAACTTCACCGGTGCCAAAAGCCGCTATCGAGAAATTCGGCGAAAAATGGACCCAGCCTGGTAATATCGTCACCAACGGTGCCTATACCTTAAAAGATTGGGTCGTAAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCt < 2:152082/251‑1 (MQ=255) acacaTTAGAAGTCACCTTAAGTGAACCCGTTCCGTACTTCTATAAATTACTTGTTCACCCATCAACTTCACCGGTGCCAAAAGCCGCTATCGAGAAATTCGGCGAAAAATGGACCCAGCCTGGTAATATCGTCACCAACGGTGCCTATACCTTAAAAGATTGGGTCGTAAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCt > 1:368680/1‑251 (MQ=255) aTTAGAAGTCACCTTAAGTGAACCCGTTCCGTACTTCTATAAATTACTTGTTCACCCATCAACTTCACCGATGCCAAAAGCCGCTATCGAGAAATTCGGCGAAAAATGGACCCAGCCTGGTAATATCGTCACCAACGGTGCCTATACCTTAAAAGATTGGGTCGTAAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACAATGTAACCTATTTGCCTATTg > 2:379076/1‑251 (MQ=255) 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aacaaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGCCCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTTTTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAATCGACATGACGAATAACAGCATGCCGATCGAATTGTTCCAGAAGCTGAAAAAAGAGATCCCGGACGAAGTTCACGG‑TGATCCAGACCTGTGCCCTTACTATTACGAAATTAACACCCAGAAACCGCCa < 2:416680/247‑1 (MQ=255) cctttCTTGAACGCAGCCCGCCCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAATCGACATGACGAATAACAGCATGCCGATCGAATTGTTCCAGAAGCTGAAAAAAGAGACCCCGGACGAAGTTCACGT‑TGATCCATCCCTGTGCACTTACTATAACGAAATTAACAACCAGAAACCGCCATTCAAc < 2:198863/248‑1 (MQ=255) tCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAATCGACATGACGAATAACAGCATGCCGATCGAATTGTTCCAGAAGCTGAAAAAAGAGATCCCGGACGAAGTTCACGT‑TGATCCATCCCTGTGCACTTACTATTACGAAATTAACAACCAGAAACCGCCATTCAACGAt < 1:51758/250‑1 (MQ=255) tccggacctacggtaccaacGCGGAACCCTTTATTAATGATGTACCCTATTTGCCTATGGCTTCTGAAGTTACTCATTTCAACCGCTACCGTATGGGTGAAATCTACATGACCAAGAACTGCATGCCGATCGATTTGTCCCAGAAGCTGAAAAAAGAGATCCCGGACGAAGTTCAGGTCTG‑TCCATCCCTTATCGCTTATGATTTCGAATATACCAACCAGAAGCCGCCATTCAACGAtgtgcttgtgc < 2:560542/233‑1 (MQ=255) cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACAGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTTTTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAATCGACATGACTAATAACAGCATGCCGATCGAATTGTTCCAGAAGCTGAAAAAAGAGATCCCGGACGAAGTTCACGT‑TGAGCCATACCGGTGCACTTACTATTACGAAATTAACAACCAGAAACCGCCATTCAATGATGTGCGTGTGCGTAcc < 2:486439/251‑1 (MQ=255) ccTACTGGAACTACGCGAAAACCGTTATTAACTAGGTAACCTATTTGCCTTTTGATTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAAACGAAATGACGAATAACAGCATGCCGATCGAATTGTTCCAGAAGCTGAAAAAAGAGATCCCGGACGAATTTCACGT‑TGAGCCATCCCTGTGCACTTACTATTACGAAATTAACACCCAGAAACCGCCATTCAACGATGTGCGTGTGCGTACCGCa < 2:63730/251‑1 (MQ=255) aCTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAATCGACATGACGAATAACAGCATGCCGATCGAATTGTTCCAGAAGCTGAAAAAAGAGATCCCGGCCGAAGTTCCCGT‑TGATCCATACCTGTGCACTTACTATTACGAAATTAACAACCAGAAACCGCCATTCACCGATGTGCGTGTGCGTACCGCCCTg > 2:541463/1‑251 (MQ=255) aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAATCGACATGACGAATAACAGCATGCCGATCGAATTGTTCCAGAAGCTGAAAAAAGAGATCCCGGACGAAGTTCACGT‑TGATCCATACCTGTGCACTTACTATTACGAAATTAACAACCAGAAACCGCCATTCAACGATGTGCGTGTGCGTACCGCACTGAAACTAgg > 2:520087/1‑251 (MQ=255) | ATGATCACACATTAGAAGTCACCTTAAGTGAACCCGTTCCGTACTTCTATAAATTACTTGTTCACCCATCAACTTCACCGGTGCCAAAAGCCGCTATCGAGAAATTCGGCGAAAAATGGACCCAGCCTGGTAATATCGTCACCAACGGTGCCTATACCTTAAAAGATTGGGTCGTAAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAATCGACATGACGAATAACAGCATGCCGATCGAATTGTTCCAGAAGCTGAAAAAAGAGATCCCGGACGAAGTTCACGT‑TGATCCATACCTGTGCACTTACTATTACGAAATTAACAACCAGAAACCGCCATTCAACGATGTGCGTGTGCGTACCGCACTGAAACTAGG > NC_000913/1301678‑1302146 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |