Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
MC JC | NC_000913 | 3,110,591 | Δ24,234 bp | [yghD]–yghT | 20 genes [yghD], yghE, yqhJ, yghF, yghG, pppA, yghJ, glcA, glcB, glcG, glcF, glcE, glcD, glcC, yghO, insH9, yghQ, yghR, yghS, yghT |
Missing coverage evidence... | ||||||||||
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seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
* | * | ÷ | NC_000913 | 3110591 | 3134824 | 24234 | 41 [0] | [1] 42 | [yghD]–yghT | [yghD],yghE,yqhJ,yghF,yghG,pppA,yghJ,glcA,glcB,glcG,glcF,glcE,glcD,glcC,yghO,insH9,yghQ,yghR,yghS,yghT |
New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 3110590 | 0 (0.000) | 40 (0.550) | 36/490 | 0.5 | 100% | coding (537/537 nt) | yghD | putative type II secretion system M‑type protein YghD |
? | NC_000913 | 3134825 = | 0 (0.000) | intergenic (+2/+47) | yghT/pitB | putative ATP‑binding protein YghT/metal phosphate:H(+) symporter PitB |
GTTTCACTGGATGGCGAGCCATAAGCCTGATCTGGTCATCAAACTCAATGTTGACCTTGAAGTTGCCTGTGCACGTAAACCCGACCATAAACGGGAATCGCTGGCGAGGAAGATTGCCATAACGCCACAGTTAACCTTTGGTGGTGCACAACTGGTTGATATCGATGCCAATCAGCCACTGGAACAGGTGTTGGTTGATGCAGAAAAAGCGATTACGGATTTTATGACCGCGCGTGGTTATCACTAGTCAAAAATGGAAATGCCCGATCGCCAGGACCGGGCATTTTCAGGAAGGTTAAATCAACTGCAATGCTATCCAGTACAGCCCACCAGAAAGAAAAATTGCCGCCGGTAAAGTAAATACCCACGCCATCAGGATGCTGGTTACCGTTTTACGCTGTAACCCACCGCCGTCCACCACCATCGTCCCTGCAACTGCAGACGAGAGGACGTGTGTTGTGGAGACGGGCATCCCAATATAACTGGCAAGACCGATAGA > NC_000913/3134577‑3135075 | aatcaggtttaatgcgccccgttgcccggatagctcagtcggtagagcaggggattgaaaatccccgtgtccttggttcgattccgagtccgggcaccactaattcttaagaacccgcccacaaggcgggtttttgcttttggatctgacaataaccttcacgaaaaaaattagcttataacgtctgggggaattactctcgccacgttaacgcgagaaattttattgatattaatctcctgatacttCa > 1:535204‑M2/249‑250 (MQ=255) gtttaatgcgccctgttgcccggatagctcaggcggtagagcaggggattgaaaatccccgtgtccttggttcgatgacgagtccgggcgccactaattcttaagtacccgcccacaaggcgggtttgtgcttttggatctgacaataaccttcacgaaaaaaattagcttaaaaagtctgggggaattacgctcgccacgttaacgagagtaattttattgatattagtctccttatacttCAAAAATgg < 2:311686‑M2/9‑1 (MQ=255) cgccgtttcccggataactcagtcggtagagaaggggattgcaaatccccgggtccttggttcgcttccgagtccgggcaccactaattattaagaacccgcccacaaggcgggtttttgcttttggatcttaaactaaacttcacgaaaaaacttagcttataaagtctgggggaattactctcgccacgttaacgagagtaattttattgatattaatatcctgaaacttCAAAAATGGAAATGCCCg > 2:471731‑M2/233‑250 (MQ=255) cgttgcccggatagctcagtcggtagagcaggggattgaaaatccccgtgtccttggttcgattccgagtccgggcaccactaattcttaagaacccgcccacaaggcgggtttttgcttttggatctgacaataaccttcacgaaaaaaattagcttataaagtctgggggaattactctcgccacgttaacgagagtaattttattgatattaatctcctgatacttCAAAAATGGAAATGCCCGATCg > 1:143437‑M2/230‑251 (MQ=255) cgttgcccggatagctcagacggtagatcaggggattgaaaatacccgtggccttggttcgattccgagtccgggcaccactaattcttaagaacccgcccacaaggcgggtttttgcttttggatctgacaataaccttcacgaaaaaaattagcttataccgtctgggggaattactctcgccacgtaatcgagagtaattttattgatattaatcccatgcgacttCAAAAATGGAAATgcccgctgg > 2:345152‑M2/230‑247 (MQ=255) gttgcccggatagctcagtcggtagagcaggggattgaaaatccccgtgtccttggttcgattccgagtccgggcaccactaattcttaagaacccgcccacaaggcgggtttttgcttttggatctgacaataaccttcacgaaaaaaattagcttataaagtctgggggaattactctcgccacgttaacgagagtaattttattgatattaatctcctgatacttCAAAAATGGAAATGCCCGATCGc > 2:148100‑M2/229‑251 (MQ=255) cccggatagctcagtcggtagagaaggggattgaaaatccccgtgtccttggttcgattccgagtccgggcaccactaattcttaagaacccgcccacaaggcgggtttttgattttggatctgacaataaccttcaagaaaaaaattagcttataaagtctgggggaattactctcgccacgttaacgagagtaattttattgatattaatctcctgatacttCAAAAATGGAAATGCCCGATCGCCAgg > 1:583226‑M2/225‑251 (MQ=255) aagtcggtagagcaggggattgaaaatccccgtgtccgtggttcgattccgagtccgggcaccactaattcttaagaacccgcccacaaggcgggtttttgcttttggatctgacaataaccttcacgaaaaaaattagcttataaagtctgggggaattactctcgccacgttaacgagagtaattttattgatattaatctcctgatacttCAAAAATGGAAATGCCCGATCGCCAGGACCGGGCAt < 2:206209‑M2/36‑1 (MQ=255) agtcggtagagcaggggattgaaaatccccgtgtccttggttcgattccgagtccgggcaccactaattcttaagaacccgcccacaaggcgggtttttgcttttggatctgacaataaccttcacgaaaaaaattagcttataaagtctgggggaattactctcgccacgttaacgagagtaattttattgatattaatctcctgatacttCAAAAATGGAAATGCCCGATCGCCAGGACCGGGCAtttt < 1:148100‑M2/39‑1 (MQ=255) gtcggtagagcaggggattgaaaatcaccgtgtccttggttcgattccgagtccgggcaccactaattcttaagaacccgcccacaaggcgggtttttgcttttggatctgacaataaccttcacgaaaaaaattagcttataaagtctgggggaattactctagccacgttaacgagagtaatttttttgatattaatctcctgatacttCAAAAATGGAAATGCCCGATCGCCAGGAACGGGCCTTTTc > 2:455923‑M2/212‑251 (MQ=255) agagcaggtgattgaaaatccccgtgtccttggttcgattccgagtccgggcaccactaattcttaagaacccgcccacaaggcgggtttttgcttttggatctgacaataaccttcacgaaaaaaattagcttataaagtctgggggaattactctcgccacgttaacgagagtaattttattgatattaatctcctgatacttCAAAAATGGAAATGCCCGATCGCCAGGACCGGGCATTTTCAGGAAg < 1:473991‑M2/46‑1 (MQ=255) gggattgaaaatccccgtgtccttggttcgattccgagtgcgggcgccactaattcttaagaacccgcccacaaggctggtttttgctttgggatctgacaataaccttcacgaaaaaaattagcttagaaagtctgggggaattacgctcgccacgttaacgagagtaattttattgatattaatctcctgatacttCAAAAATGGAAATGCCCGTGCGCCAGGATCGGGCATTTTCAGGAAGTTTAAAt < 2:464484‑M2/53‑1 (MQ=255) attgaaaatccccgtgtccgtggttcgattccgaggccgggcaccactaattcttaagaacccgcccacaaggcgggtttttgcttttggatctgacaataaccttcacgaaaaaaattagcttataaagtctgggggaattactctcgccacgttaacgagagtaattttattgatattaatctcctgatacgtCAAAAATGGAAATGCCCGATCGCCAGGACCGGGCATTTTCAGGAAGGTTAAATCaa < 2:529765‑M2/56‑1 (MQ=255) ccttggttcgattccgagtccgggcaccactaattcttaagaacccgcccacaaggcgggtttttgcttttggatctgacaataaccttcacgaaaaaaattagcttataaagtctgggggaattactctcgccacgttaacgagagtaattttattgatattaatctcctgatacttCAAAAATGGAAATGCCCGATCGCCAGGACCGGGCATTTTCAGGAAGGTTAAATCAACTGCAATGCTATCCAGt < 2:173679‑M2/73‑1 (MQ=255) cgattccgagtccgggcaccactaattcttaagaacccgcccacaaggcgggtttttgcttttggatctgacaataaccttcacgaaaaaaattagcttataaagtctgggggaattactctcgccacgttaacgagagtaattttattgatattaatctcctgatacttCAAAAATGGAAATGCCCGATCGCCAGGACCGGGCATTTTCAGGAAGGTTAAATCAACTGCAATGCTATCCAGTACAGccc < 1:17273‑M2/80‑1 (MQ=255) gattccgagtccgggcaccactaattcttaagaacccgcccacaaggcgggtttttgcttttggatctgacaataaccttcacgaaaaaaattagcttataaagtctgggggcattactctcgccacgttaacgagagtaattttattgatattaatctcctgatacttCAAAAATGGAAATGCCCGATCGCCAGGACCGGGCATTTTCAGGAAGGTTAAATCAACTGAAATGCTATCCAGTACAGCccac > 1:335994‑M2/170‑251 (MQ=255) ccactaattcttaagaccccgcccacaaggcgggtttttgcttttggatctgacaataacctccacgaaaaaaattagcttataaagtctgggggaattactctcgccacgttaacgagagtaattttattgatattaatctcctgatacttCAAAAATGGAAATGCCCGATCGCCAGGACCGGGCATTTTCAGGAAGGTTAAATCAACTGCAATGCTATCCAGTACAGCCCACCAGAAAGAAAAATTgcc < 1:551708‑M2/99‑1 (MQ=255) ccacaaggcgggtttttgcttttggatctgacaataaccttcacgaaaaaaattagcttataaagtctgggggaattactctcgccacgttaacgagagtaattttattgatattaatctcctgatacttCAAAAATGGAAATGCCCGATCGCCAGGACCGGGCATTTTCAGGAAGGTTAAATCAACTGCAATGCTATCCAGTACAGCCCACCAGAAAGAAAAATTGCCGCCGGTAAAGTAAATACCCACg < 1:11268‑M2/121‑1 (MQ=255) aaggcgggtttttgcttttggatctgacaataaccttcacgaaaaaaattagcttataaagtctgggggaattactctcgccacgttaacgagagtaattttattgatattaatctcctgatacttCAAAAATGGAAATGCCCGATCGCCAGGCCCGGGCATTTTCAGGAAGGTTAAATCAACTGCAATGCTATCCAGTACAGCCCACCAGAAAGAAAAATTGCCGCCGGTAAAGTAAATACCCACGCCAt < 1:339799‑M2/125‑1 (MQ=255) tttgcttttggatctgacaataaccttcacgaaaaaaattagcttataaagtctgggggaattactctcgccacgttaacgagagtaattttattgttattaatctcctgatacttCAAAAATGGAAATGCCCGATCGCCAGGACCGGGCATTTTCAGGAAGGTTAAATCAACTGCAATGCTATCCAGTACAGCCCACCAGAAAGAAAAATTGCCGCCGGTAAAGTAAATACCCACGCAATCAGGATGCTg > 2:457430‑M2/117‑251 (MQ=255) cttttggatctgacaataaccttcacgaaaaaaattagcttataaagtctgggggaattactctcgccacgttaacgagagtaattttattgatattaatctcctgatacttCAAAAATGGAAATGCCCGATCGCCAGGACCGGGCATTTTCAGGAAGGTTAAATCAACTGCAATGCTATCCAGTACAGCCCACCAGAAAGAAAAATTGCCGCCGGTAAAGTAAATACCCACGCCATCAGGATGCTGGtt > 1:458648‑M2/113‑250 (MQ=255) tggatctgacaataaccttcacgcaaaaaattagcttatcaagtctgggtgaattactctcaccacgttaacgagagtaattttattgatcttaatctcctgatacttCAAAAATGGAATTGCCCGATCGCCAGGACCGGGCATTTTCAGGAAGGTTAAATCAACTGCAATGCTATCCATTCCCGCCCACCAGAAAGAAAAATTGCCGCCGTTAACGCAACTACCCACGCCATCAGGATGCCGGTTACCGt > 2:125898‑M2/109‑251 (MQ=255) gacaataaccttcaagacaaaaattagcttataaagtctgggggaattactctcgccacgttaacgagagtaattttattgatattaatctcctgatacttCAAAAATGGAAATGCCCGATCGCCAGGACCGGGCATTTTCAGGAAGGTTAAATCAACTGCAATGCTATACAGTACAGCCCACCAGAAAGAAAAATTGCCGCCGGAAAAGTAAATACCCACGCCATCAGGATGCTGGTTACCGTTTTACg > 2:240082‑M2/102‑250 (MQ=255) aataaccttcacgaaaaaaattagcttataaagtctgggggaattactctcgccacgttaacgagagtaattttattgatattaatctcctgatacttCAAAAATGGAAATGCCCGATCGCCAGGACCGGGCATTTTCAGGAAGGTTAAATCAACTGCAATGCTATCCAGTACAGCCCACCAGAAAGAAAAATTGCCGCCGGTAAAGTAAATACCCACGCCATCAGGATGCTGGTTACCGTTTTACGCTGt > 2:7304‑M2/99‑251 (MQ=255) gaaaaaaattagcttataaagtctgggggaattactctcgccacgttaacgagagtaattttattgatattaatctcctgatacttCAAAAATGGAAATGCCCGATCGCCAGGACCGGGCATTTTCAGGAAGGTTAAATCAACTGCAATGCTATCCAGTACAGCCCACCAGAAAGAAAAATTGCCGCCGGTAAAGCAAATACCCACGCCATCAGGATGCTGGTTACCGCTTTACGCTGTAACCCAccgccg > 2:555992‑M2/87‑251 (MQ=255) 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tactctcgccacgttaacgagagtaattttattgatattaatctcctgatacttCAAAAATGGAAATGCCCGATCGCCAGGACCGGGCATTTTCAGGAAGGTTAAATCAACTGCAATGCTATCCAGTACAGCCCACCAGAAAGAAAAATTGCCGCCGGTAAAGTAAATACCCACGCCATCAGGATGCTGGTTACCGTTTTACGCTGTAACCCACCGCCGTCCACCACCATCGTCCCTGCAACTGCAGAcgg > 1:431211‑M2/55‑250 (MQ=255) cgttaacgagagtaattttattgatattaatctcctgatacttCAAAAATGGAAATGCCCGATCGCCAGGACCGGGCATTTTCAGGAAGGTTAAATCAACTGCAATGCTATCCAGTACAGCCCACCAGAAAGAAAAATTGCCGCCGGTAAAGTAAATACCCACGCCATCAGGATGCTGGTTACCGTTTTACGCTGTAACCCACCGCCGTCCACCACCATCGTCCCTGCAACTGCAGACGAGAGGACgtgtg > 1:375876‑M2/44‑251 (MQ=255) cgagagtaattttattgatattaatctcctgatacttCAAAAATGGAAATGCCCGATCGCCAGGACCGGGCATTTTCAGGAAGGTTAAATCAACTGCAATGCTATCCAGTACAGCCCACCAGAAAGAAAAATTGCCGCCGGTAAAGTAAATACCCACGCCATCAGGATGCTGGTTACCGTTTTACGCTGTAACCCACCGCCGTCCACCACCATCGTCCCTGCAACTGCAGACGAGCGGACGTGTGTTGTgg > 1:28204‑M2/38‑251 (MQ=255) 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tctcctgatacttCAAAAATGGAAATGCCCGATCGCCAGGACCGGGCATTTTCAGGAAGGTTAAATCAACTGCAATGCTATCCAGTACAGCCCACCAGAAAGAAAAATTGCCGCCGGTAAAGTAAATACCCACGCCATCAGGATGCTGGTTACCGTTTTACGCTGTAACCCACCGCCGTCCACCACCATCGTCCCTGCAACTGCAGACGAGAGGACGTGTGTTGTGGAGACGGGCATCACAATATAACTgg > 1:228591‑M2/14‑251 (MQ=255) cctgatacttCAAAAATGGAAATGCCCGATCGCCAGGACCGGGCATTTTCAGGAAGGTTAAATCAACTGCAATGCTATCCAGTACAGCCCACCAGAAAGAAAAATTGCCGCCGGTAAAGTAAATACCCACGCCATCAGGATGCTGGTTACCGTTTTACGCTGTAACCCACCGCCGTCCACCACCATCGTCCCTGCAACTGCAGACGAGAGGACGTGTGTTGTGGAGACGGGCATCCCAATATAACTGGCa > 1:558870‑M2/11‑250 (MQ=255) acttCAAAAATGGAAATGCCCGATCGCCAGGACCGGGCATTTTCAGGAAGGTTAAATCAACTGCAATGCTATCCAGTACAGCCCACCAGAAAGAAAAATTGCCGCCGGGAAAGTAAATACCCACGCCATCAGGATGCGGGGTACCGTTTTACGATGTAACCCACCTCTGTCCACCACCATCGTCCCTGCAACTGCAGACGAGGGAACGGGTGGTGTGGTGACGGGCATCACAATCTAACTAGCAAGACCg > 1:298610‑M2/5‑250 (MQ=255) tCAAATATGGATATTCCCGATCGCCAGGACCGGGAATTGTCAGGAAAGTGAAATCAACGGCAATTCTATCCAGTACATACCGGCAGAAGGAAAAATTGCCGCCGGTAAAGTAAATACCCACGCCATCAGGATGCTGGTGACCGTTTTACGCGGTAACCCACCGCCGTCCACCACCATCGGCCCTGCAACTGCAGACGAGAGGACGTGTGTTGTGGAGACGGGCATCCCAATATAACTGGCAATACCGAt < 2:88593/249‑1 (MQ=255) cAAAAATGGAAATGCCCGATCGCCAGGACCGGGCATTTTCAGGAAGGTTAAATCAACTGCAATGCTATCCAGTACAGCCCACCAGAAAGAAAAATTGCCGCCGGTAAAGTAAATACCCACGCCATCAGGATGCTGGTTACCGTTTTACGCTGTAACCCACCGCCGTCCACCACCATCGTCCCTGCAACTGCAGACGAGAGGACGTGTGTTGTGGAGCCGGGCATCCCAATATAACTGGCAAGACCGATAgc > 2:100629/1‑250 (MQ=255) | GTTTCACTGGATGGCGAGCCATAAGCCTGATCTGGTCATCAAACTCAATGTTGACCTTGAAGTTGCCTGTGCACGTAAACCCGACCATAAACGGGAATCGCTGGCGAGGAAGATTGCCATAACGCCACAGTTAACCTTTGGTGGTGCACAACTGGTTGATATCGATGCCAATCAGCCACTGGAACAGGTGTTGGTTGATGCAGAAAAAGCGATTACGGATTTTATGACCGCGCGTGGTTATCACTAGTCAAAAATGGAAATGCCCGATCGCCAGGACCGGGCATTTTCAGGAAGGTTAAATCAACTGCAATGCTATCCAGTACAGCCCACCAGAAAGAAAAATTGCCGCCGGTAAAGTAAATACCCACGCCATCAGGATGCTGGTTACCGTTTTACGCTGTAACCCACCGCCGTCCACCACCATCGTCCCTGCAACTGCAGACGAGAGGACGTGTGTTGTGGAGACGGGCATCCCAATATAACTGGCAAGACCGATAGA > NC_000913/3134577‑3135075 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |