| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,985,816 | T→C | intergenic (‑224/‑31) | yqeF ← / → yqeG | putative acyltransferase/putative transporter YqeG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,985,816 | 0 | T | C | 98.4% | 216.9 / ‑7.3 | 61 | intergenic (‑224/‑31) | yqeF/yqeG | putative acyltransferase/putative transporter YqeG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (33/27); total (34/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
ACAATCACAACGTCTTTCATCACAACCTCGCACCAATTAACAGTGCAATAGTAAATGATTGTTAATTACAGTTATCTTAATTGTTTAAAAAAAGTGATTTTTATCACAAAGGAAATATGCCTGAGCAGCAGTCAGAGACATAACTGGCACGTAAGGTTTGCAACCACTAACCCACCAATAGAGGGGTAGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCAGATAATGTCTAATATTTGGTCTAAAGAAGAAACTCTGTGGAGTTTCGCGCTCTACGGCACAGCCGTTGGTGCAGGCACGCTCTTCCTTCCTATTCAGTTAGGTTCGGCAGGGGCTGTGGTCCTGTTTATTACTGCTCTGGTCGCCTGGCCTTTAACATATTGGCCACATAAAGCCTTGTGCCAGTTCATCCTCTCATCAAAAACATCAGCAGGTGAAGGG > NC_000913/2985573‑2986062 | aCAATCACAACGTCTTTCATCACAACCTCGCACCAATTAACAGAGCAATAGTACATGATTGTTAATTACAGTTATATTAATTGTTTAAAAAAAGTGATTTTTATAACAAAGGAAATATGCCTGAGAAGCAGTCAGAGACATAACTGGCACGTAGGATTTGCAACCACTAACCCACCAATAGAGGGGTAGATAGGGAGTTAATCACCCCTACTTAACCTGGTTTATGACAAACTGCACTCCATTTTGTTTa > 2:334843/1‑250 (MQ=255) acaACGTCTTTCATCACAACCTCGCACCAATTAACAGTGCAATAGTAAATGATTGTTAATTACAGTTATCTTAATTGTTTAAAAAAAGTGATTTTTATCACAAAGGAAATATGCCTGAGCAGCAGTCAGAGACATAACTGGCACGTAGGGTTTGCAACCACTAACCCACCAATAGAGGGGTAGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGt > 1:531575/1‑250 (MQ=255) ttCATAACAACATCGGAACAATGAACAGTGCAATAGTAAATGATTGTTAATTACAGTTATCTGAATTGTTTAAAAAAAGTGATTTATATCAAAAAGGAAATACGCATGAGCAGAAGTCAGAGACATAGCGGGCACGTAGGGTTTGCAACCACTACCCCACCAATAGAGGGGTAGATAGGGCGTTAATCTCCCATGCTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCCGTGTCATTTGTAgatgat < 2:46236/248‑1 (MQ=255) atcccatccTCGCACCAATTAACAGTGCAATAGTAAATGATTGTTAATTACAGTTATCTTAATTGTTTAAAAAAAGTGATTTTTATCACAAAGGAAATATGTCTGAGCAGCAGTCAGAGACATAACTGGCACGTAGGGTGTGCAACCACTAACCCACCAATAGAGGGGTAGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGTTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTc < 1:531112/244‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |