| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,417,032 | C→T | intergenic (+141/‑49) | pta → / → yfcC | phosphate acetyltransferase/putative transporter YfcC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,417,032 | 0 | C | T | 97.9% | 172.5 / NA | 48 | intergenic (+141/‑49) | pta/yfcC | phosphate acetyltransferase/putative transporter YfcC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (16/31); minor base G (0/1); total (16/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
GTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTAATCTCGTCATCATCCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGGTTTTTTATTCTCTTAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGCATACTTACCACTTTGTTTTGTGCAAGGGAATATTTGCGCTATGTCCGCAATCACTGAATCCAAACCAACAAGAAGATGGGCAATGCCCGATACGTTGGTGATTATCTTTTTTGTTGCTATTTTAACCAGCCTTGCCACCTGGGTAGTTCCGGTGGGGATGTTTGACAGTCAGGAAGTGCAGTATCAGGTTGATGGTCAAACAAAAACACGCAAAGTCGTAGATCCACACTCATTTCGC > NC_000913/2416791‑2417278 | gTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCAGTGGCGCACTGGTGGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTAATCTCGTCATCATCCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGGTTTTTTATTCTCTTAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCa < 2:19297/251‑1 (MQ=255) aTGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTAATCTCGTCATCATCCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGGTTTTTTATTCTCTTAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCAt < 1:362292/250‑1 (MQ=255) ccGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTAATCTCGTCATCATCCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGGTTTTTTATTCTCTTAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACt < 1:401661/251‑1 (MQ=255) tAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTAATCTCGTCATCATCCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGGTTTTTTATTCTCTTAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACtttgt < 1:69213/250‑1 (MQ=255) 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aGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGGTTTTTTATTCTCTTAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTacataaccctcaagtgaaaatggcttttttatgttgtgtattgtgttgtgtgtttgcaggctctttcatgcaggtcttatgccatcttgacgacaacagta < 1:475529‑M1/251‑102 (MQ=255) cTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGGTTTTTTATGCTCTTAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATAAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTacataaccctcactcgataatggcttttttatgttgtgtattgtgttgtgtgtttgcaggctctttcatgcagttcttntgccatcttgacgacaaccgtaacattccac > 2:270344‑M1/1‑141 (MQ=255) gCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGGTTTTTTATTCTCTTAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTacataaccctcaagtgaaaatggcttttttatgttgtgtattgtgttgtgtgtttgcaggctctttcatgcaggtcttatgccatcttgacgacaacagtaacattcaacgt < 1:223980‑M1/251‑113 (MQ=255) 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GTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTAATCTCGTCATCATCCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGGTTTTTTATTCTCTTAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGCATACTTACCACTTTGTTTTGTGCAAGGGAATATTTGCGCTATGTCCGCAATCACTGAATCCAAACCAACAAGAAGATGGGCAATGCCCGATACGTTGGTGATTATCTTTTTTGTTGCTATTTTAACCAGCCTTGCCACCTGGGTAGTTCCGGTGGGGATGTTTGACAGTCAGGAAGTGCAGTATCAGGTTGATGGTCAAACAAAAACACGCAAAGTCGTAGATCCACACTCATTTCGC > NC_000913/2416791‑2417278 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |