Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,244,212 | 0 | C | T | 33.3% | 64.1 / 13.8 | 56 | G101G (GGC→GGT) | yeiG | S‑formylglutathione hydrolase/S‑lactoylglutathione hydrolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (22/12); new base T (0/17); total (27/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.66e-06 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.13e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
CGACTCCAGTACCTTAAACTGCCCGATGACGTTCAGTATCTTTCTCCCTCCACCTCGTGATCACACTCCGCCACCAGTGCT‑GTACTGGCTTTCCGGATTAACCTGCAATGACGAGAACTTCACCACCAAGGCGGGTGCCCAGCGGGTAGCGGCGGAAC‑TGGGGATT‑GTACTGGTGATGCCAGACACCAGCCCGCGCGGCGAAAAGG‑TTG‑CCAA‑CGACGATGG‑CTACGATTTAGGCC‑AGGGCGCAGGCTTTTATCTTAATGCC‑ACGC‑AACCGCCGTGGGCGACGCATTACCGGATGTATGATTATCTGCGCGATGAATTACCGGCGCTGGTTCAGTCGCAATTTAATGTCAGCGACCGCTGCGCCATTAGCGGTCACTCAATGGGTGGTCACGGTGCGCTGATTATGGCGCTGAAAAATCCGGGTAAATACACCAGCGTTTCGGCCTTTGCGCCAATTGTGAATCCGTGCAGCGTCCCGTGGGGAATCAAAGC > NC_000913/2243966‑2244457 | cGACTCCAGTACCTTAAACTGCCCGATGACGTTCAGTATCTTTCTCCCTCCACCTCGTGATCACACTCCGCCACCAGTGCT‑GTACTGGCTTTCCGGATTAACCTGCAATGACGAGAACTTCACCACCAAGGCGGGTGCCCAGCGGGTAGCGGCGGAAC‑TGGGGATT‑GTACTGGTGATGCCAGACACCAGCCCGCGCGGCGAAAAGG‑TTG‑CCAA‑CGACGATGG‑CTACGATTTAGGCC‑AGGGCGCAGGCtttt < 1:197569/251‑1 (MQ=255) ccAGTACCTTAAACTGCCCGATGACGTTCAGTATCTTTCTCCCTCCACCTCGTGATCACACTCCGCCACCAGTGCT‑GTACTGGCTTTCCGGATTAACCTGCAATGACGAGAACTTCACCACCAAGGCGGGTGCCCAGCGGGTAGCGGCGGAAC‑TGGGGATT‑GTACTGGTGATGCCAGACACCAGCCCGCGCGGCGAAAAGG‑TTG‑CCAA‑CGACGATGG‑CTACGATTTAGGCC‑AGGGCGCAGGCTTTTATCt < 1:218911/250‑1 (MQ=255) ccAGTACCTTAAACTGCCCGATGACGTTCAGTATCTTTCTCCCGCCACCTCGTGATCACACTCCGCCACCAGTGCT‑GTACTGGCTTTCCGGATTAACCTGCAATGACGAGAACTTCACCACCAAGGCGGGTGCCCAGCGGGTAGCGGCGGAAC‑TGGGGATT‑GTACTGGTGATGCCAGACACCAGCCCGCGCGGCGAAAAGG‑TTG‑CCAA‑CGACGATGG‑CTACGATTTAGGCC‑AGGGCGCAGGCTTTTATCtt < 2:36647/251‑1 (MQ=255) aCCTTAAACTGCCCGATGGCTTTCAGTATCTTTCTCCCTCCACCCCGTGATCACCCCCCGCCACCAGTGCT‑GTACTGGCTTGCCGGATTATCCTGCAATGACGAGAACTTCACCACCAAGGCTGGTGCCCATCGGGTAGCGGCGGAAC‑TGTGGATT‑GTACTGGTGATGCCAGACACCAGCGCGCGCGGCGAAAAGG‑TTG‑CCAA‑CTACGATGG‑CTACGATTTAGGCC‑AGGGCGGAGTCTTTTATCTTAATg < 2:339035/250‑1 (MQ=255) cTGCCCGATGACGTTCAGTATCTTTCTCCCTCCACCTCGTGATCACACTCCGCCACCAGTGCT‑GTACTGGCTTTCCGGATTAACCTGCAATGACGAGAACTTCACCACCAAGGCGGGTGCCCAGCGGGTAGCGGCGGGAC‑TGGGGGTT‑GTACTGGGGGTGCCAGACACCCGACCGCCCGGCGGACAGG‑GTG‑CCAAACG‑CGGTGG‑GTACCGTTTAGGGC‑AGGGCGCCGGGCTTTATCTTTATgtcccgcca > 2:542757/1‑242 (MQ=255) ccGATGACGTTCATTATCTTTCCCCCTCCCCCGCGTGATCCCACTCCGCCACCAGTGCT‑GTACTGGCTTTCCGGATTAACCTGCAATGACGAGAACTTCACCACCAAGGCGGGTGCCCAGCGGGTAGCGGCGGAAC‑TGGGGATT‑GTACTGGTGATGCCAGACACCAGCCCGCGCGGCGAAAAGG‑TTG‑CCAA‑CGACGATGG‑CTACGATTTAGGCC‑AGGGCGCAGGCTTTTATCTTAATGCC‑ACGC‑AAccgcc < 2:513150/251‑1 (MQ=255) gACGTTCAGTATCTTTCTCCCTCCACCTCGTGATCACACTCCGCCACCAGTGCT‑GTACTGGCTTTCCGGATTAACCTGCAATGACGAGAACTTCACCACCAAGGCGGGTGCCCAGCGGGTAGCGGCGGAAC‑TGGGGATT‑GTACTGGGGATGCCAGACACCAGCCCGCGCGGCGAAAAAG‑TTG‑CCAA‑CGACGATGG‑CTACGGTTTAGGCC‑CGGGCGCAGGGTTTTATCTTTATGCC‑ACGC‑CACCGCCCTggg > 1:246663/1‑251 (MQ=255) ctccctccACCTCGTGATCACACTCCGCCACCAGTGCT‑GTACTGGCTTTCCGGATTAACCTGCAATGACGAGAACTTCACCACCAAGGCGGGTGCCCAGCGGGTAGCGGCGGAAC‑TGGGGGAT‑GTACTGGTGATGCCAGGCACCAGCCCGCGCGGCGTAAAGG‑TTG‑CCAA‑AGACGATGG‑CCACGATTTAGGCC‑AGGGCGCAGGCGTTTATCTTAATGCC‑ACGC‑AACCGCCGCTGGCGACGCATTACCgggt > 1:528406/1‑249 (MQ=255) cctccACCTCGTGATCACACTCCGCCACCAGTGCT‑GTACTGGCTTTCCGGATTAACCTGCAATGACGAGAACTTCACCACCAAGGCGGGTGCCCAGCGGGTAGCGGCGGAAC‑TGGGGATT‑GTAATGGTGATGCCAGACACCAGCCCGCGCGGCGAAAAGG‑GTG‑CCAA‑CGACGATGG‑CCACGATTTAGGCC‑AGGGCGCAGGCTTTTATCTTAATGCC‑ACGC‑AACCGCCGGGGGCGACGCATTACCGGATGt > 1:414512/1‑250 (MQ=255) ccccccctcgcgctcccaccccGCCACCAGTNCG‑GTAGGGGCGTTCGGGATAACCCGGCAGTGACGAGAACTTCCCCCCCAGGGGGGGTGCCCAGCGGGTGGGGGCGAAAC‑GGGGGATT‑GTACGGGTGACGCCAGCCCCCAGCCCGCGGGGCAAAAGGG‑TGG‑CCAA‑CGACGAGGG‑CTACGATTGAGGCC‑AGGGCGCGGGTTTTTATCTTA‑TGCCCACGC‑AACCGCCGTGGGCGACGCATTACCGGATGTAt < 2:249136/231‑1 (MQ=255) 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c‑TGGGGATT‑GTACTGGTGATGCCAGACACCAGCCCGCGCGGCGAAAAGG‑TTG‑CCAA‑CGACGATGG‑CTACGATTTAGGCC‑AGGGCGCAGGCTTTTATCTTAATGCC‑ACGC‑AACCGCCGTGGGCGACGCATTACCGGATGTATGATTATCTGCGCGATGAATTACCGGCGCTGGTTCAGTCGCAATTTAATGTCAGCGACCGCTGCGCCATTAGCGGTCACTCAATGGGTGGTCACGGTGCGCTGCTTATGgc > 1:274630/1‑251 (MQ=255) ggTGAGGCCACACACCACCCCGGGCGGGAAAAAGG‑TGC‑CCAA‑CTCCGATGG‑CTACATTTTAGCCC‑GGGCCGAAGTTTTTTATCTTAATCCC‑CCGC‑ACCCGCCGTGGGCGACGCATTACCGGATGTATGATTATCTGCGCGATGAATTACCGGCGCTGGTTCAGTCGCAATTTAATGTCAGCGACCGCTGCGCCATTAGCGGTCACTCAATGGGTGGTCACGGTGCGCTGATTATGGCGCTGAAAAATCCgg < 1:479366/251‑1 (MQ=255) aGACCCCACCCCGCGGGGCGAAAAGG‑TTG‑CCAA‑GGACGATGG‑CTACG‑TTTAGGCCCGGGGCGCAGGTTTTTATCTAAAGGCC‑CCGC‑AACCGCCGTGGGCGACGCATTACCGGATGTATGATTATCTGCGCGATGAATTACCGGCGCTGGTTCAGTCGCAATTTAATGTCAGCGACCGCTGCGCCATTAGCGGTCACTCAATGGGTGGTCACGGTGCGCTGATTATGGCGCTGAAAAATCCGGGTAAATaca < 1:524779/251‑1 (MQ=255) 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cGATTTAGGCC‑AGGGCGCAGGCTTTTATCTTAATGCC‑ACGC‑AACCGCCGTGGGCGACGCATTACCGGATGTATGATTATCTGCGCGATGAATTACCGGCGCTGGTTCAGTCGCAATTTAATGTCAGCGACCGCTGCGCCATTAGCGGTCACTCAATGGGTGGTCACGGTGCGCTGATTATGGCGCTGAAAAATCCGGGTAAATACACCAGCGTTTCGGCCTTTGCGCCAATTGTGAATCCGTGCAGCGTcc > 1:445436/1‑251 (MQ=255) gATTTAGGCC‑AGGGCGCAGGTTTTTATCTTAATGCC‑CCGC‑AACCGCCGTGGGCGACGCATTACCGGATGTATGATTATCTGCGCGATGAATTACCGGCGCTGGTTCAGTCGCAATTTAATGTCAGCGACCGCTGCGCCATTAGCGGTCACTCAATGGGTGGTCACGGTGCGCTGATTATGGCGCTGAAAAATCCGGGTAAATACACCAGCGTTTCGGCCTTTGCGCCAATTGTGAATCCGTGCAGCGTccc < 1:16993/251‑1 (MQ=255) tttAGGCC‑AGGGCGCAGGCTTTTATCTTAATGCC‑ACGC‑AACCGCCGTGGGCGACGCATTACCGGATGTATGATTATCTGCGCGATGAATTACCGGCGCTGGTTCAGTCGCAATTTAATGTCAGCGACCGCTGCGCCATTAGCGGTCACTCAATGGGTGGTCACGGTGCGCTGATTATGGCGCTGAAAAATCCGGGTAAATACACCAGCGTTTCGGCCTTTGCGCCAATTGTGAATCCGTGCAGCGTCCCGt > 1:471654/1‑251 (MQ=255) ttAGGCG‑AGGGCGCAGGTTTTTATCTTAATGCC‑ACGC‑ACCCGCCGTGGGCGACGCATTACCGGATGTATGATTATCTGCGCGATGAATTACCGGCGCTGGTTCAGTCGCAATTTAATGTCAGCGACCGCTGCGCCATTAGCGGTCACTCAATGGGTGGTCACGGTGCGCTGATTATGGCGCTGAAAAATCCGGGTAAATACACCAGCGTTTCGGCCTTTGCGCCAATTGTGAATCCGTGCAGCGTCCCGt < 1:113274/250‑1 (MQ=255) gCC‑AGGGCGCAGGCTTTTATCTTAATGCC‑ACGC‑AACCGCCGTGGGCGACGCATTACCGGATGTATGATTATCTGCGCGATGAATTACCGGCGCTGGTTCAGTCGCAATTTAATGTCAGCGACCGCTGCGCCATTAGCGGTCACTCAATGGGTGGTCACGGTGCGCTGATTATGGCGCTGAAAAATCCGGGTAAATACACCAGCGTTTCGGCCTTTGCGCCAATTGTGAATCCGTGCAGCGTCCCGTgggg > 1:422961/1‑250 (MQ=255) aGGGCGCGGGCTTTTATCTTAATGCC‑ACGC‑AACCGCCGTGGGCGACGCATTACCGGATGTATGATTATCTGCGCGATGAATTACCGGCGCTGGTTCAGTCGCAATTTAATGTCAGCGACCGCTGCGCCATTAGCGGTCACTCAATGGGTGGTCACGGTGCGCTGATTATGGCGCTGAAAAATCCGGGTAAATACACCAGCGTTTCGGCCTTTGCGCCAATTGTGAATCCGTGCAGCGTCCCGTGGGGAATc < 1:415202/251‑1 (MQ=255) gcAGTCTTTTATCTTAATGCC‑ACGC‑AACCGCCGTGGGCGACGCATTACCGGATGTATGATTATCTGCGCGATGAATTACCGGCGCTGGTTCAGTCGCAATTTAATGTCAGCGACCGCTGCGCCATTAGCGGTCACTCAATGGGTGGTCACGGTGCGCTGATTATGGCGCTGAAAAATCCGGGTAAATACACCAGCGTTTCGGCCTTTGCGCCAATTGTGAATCCGTGCAGCGTCCCGTGGGGAATCAAAGc < 1:413107/251‑1 (MQ=255) | CGACTCCAGTACCTTAAACTGCCCGATGACGTTCAGTATCTTTCTCCCTCCACCTCGTGATCACACTCCGCCACCAGTGCT‑GTACTGGCTTTCCGGATTAACCTGCAATGACGAGAACTTCACCACCAAGGCGGGTGCCCAGCGGGTAGCGGCGGAAC‑TGGGGATT‑GTACTGGTGATGCCAGACACCAGCCCGCGCGGCGAAAAGG‑TTG‑CCAA‑CGACGATGG‑CTACGATTTAGGCC‑AGGGCGCAGGCTTTTATCTTAATGCC‑ACGC‑AACCGCCGTGGGCGACGCATTACCGGATGTATGATTATCTGCGCGATGAATTACCGGCGCTGGTTCAGTCGCAATTTAATGTCAGCGACCGCTGCGCCATTAGCGGTCACTCAATGGGTGGTCACGGTGCGCTGATTATGGCGCTGAAAAATCCGGGTAAATACACCAGCGTTTCGGCCTTTGCGCCAATTGTGAATCCGTGCAGCGTCCCGTGGGGAATCAAAGC > NC_000913/2243966‑2244457 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |