| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 3,110,591 | Δ24,234 bp | [yghD]–yghT | 20 genes [yghD], yghE, yqhJ, yghF, yghG, pppA, yghJ, glcA, glcB, glcG, glcF, glcE, glcD, glcC, yghO, insH9, yghQ, yghR, yghS, yghT |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 3110591 | 3134824 | 24234 | 36 [0] | [0] 38 | [yghD]–yghT | [yghD],yghE,yqhJ,yghF,yghG,pppA,yghJ,glcA,glcB,glcG,glcF,glcE,glcD,glcC,yghO,insH9,yghQ,yghR,yghS,yghT |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3110590 | 0 (0.000) | 36 (0.550) | 32/488 | 0.6 | 100% | coding (537/537 nt) | yghD | putative type II secretion system M‑type protein YghD |
| ? | NC_000913 | 3134825 = | 0 (0.000) | intergenic (+2/+47) | yghT/pitB | putative ATP‑binding protein YghT/metal phosphate:H(+) symporter PitB | |||||
AGCCTGATCTGGTCATCAAACTCAATGTTGACCTTGAAGTTGCCTGTGCACGTAAACCCGACCATAAACGGGAATCGCTGGCGAGGAAGATTGCCATAACGCCACAGTTAACCTTTGGTGGTGCACAACTGGTTGATATCGATGCCAATCAGCCACTGGAACAGGTGTTGGTTGATGCAGAAAAAGCGATTACGGATTTTATGACCGCGCGTGGTTATCACTAGTCAAAAATGGAAATGCCCGATCGCCAGGACCGGGCATTTTCAGGAAGGTTAAATCAACTGCAATGCTATCCAGTACAGCCCACCAGAAAGAAAAATTGCCGCCGGTAAAGTAAATACCCACGCCATCAGGATGCTGGTTACCGTTTTACGCTGTAACCCACCGCCGTCCACCACCATCGTCCCTGCAACTGCAGACGAGAGGACGTGTGTTGTGGAGACGGGCATCCCAATATAACTGGCAAGACCGAT > NC_000913/3134600‑3135072 | gcccggatagctcagtcggtagagcaggggattgaaaatccccgtgtccttggttcgattccgagtccgggcaccactaattcttaagaacccgcccacaaggcgggtttttgcttttggatctgacaataaccttcacgaaaaaaattagcttataaagtctgggggaattactctcgccacgttaacgagagtaattttattgatattaatctcctgatacttCAAAAATGGAAATGCCCGATCGCCa < 1:122996‑M2/25‑1 (MQ=255) gatagctcagtcggtagagcaggggattgaaaatccccgtgtccttggttcgattccgagtccgggcaccactaattcttaagaacccgcccacaaggcgggtttttgcttttggatctgacaataaccttcccgaaaaaaattagcttataaagtctgggggaattactctcgccacgttaacgagagtaattttattgatattaatctcctgatacttCAAAAATGGAAATGCCCGATCGCCAGGCCCg > 1:177832‑M2/221‑251 (MQ=255) agtcggtagagcagggtattgaaaatccccgtgtcctgggttcgattccgagtccgggcaccactaattcttaagaacccgcccacaaggcgggttttttcttttggatctgacaataaccttcacgaaaaaaattagcttataaagtctggtggaattactctcgccacgttaacgagagtaattttattgatattaatctcctgatgcttCAAAAATGGAAATGCCCGATCGCCAGGAACGGGcattgt < 2:497613‑M2/39‑3 (MQ=255) ggtagagcaggggattgaaaatccccgtgtccttggttcgattccgagtccgggcaccactaattcttaagaacccgcccacaaggcgggtttttgcttttggatctgacaataaccttcacgaaaaaaattagcttataaagtctgggggaattactctcgccacgttaacgagagtaattttattgatattaatctcctgatacttCAAAAATGGAAATGCCCGATCGCCAGGACCGGGCATTTTCAgg > 1:584‑M2/209‑251 (MQ=255) agcaggggatggaaaatccccgtgtccttgggtcgattccgagtccgggcaccactaattcttaagaacccgcccacaaggcgggtttttgcttttggatctgacaataaccttcacgaaaaaaattagcttataaagtctgggggaattactctcgccacgttaacgagagtaattttattgatattaatctcctgatacttCAAAAATGGAAATGCCCGATCGCCAGGACCGGGCATTTTCAGGAAGGt < 2:61693‑M2/48‑1 (MQ=255) ggggattgaaaatccccgtgtccttggttcgattccgagtccgggcaccactaattcttaagaacccgcccacaaggcgggtttttgcttttggatctgacaataaccttcacgaaaaaaattagcttataaagtctgggggaattactctcgccacgttaacgagagtaattttattgatattaatctcctgatacttCAAAAATGGAAATGCCCGATCGCCAGGACCGGGCATTTTCAGGAAGGTTaa > 1:44197‑M2/200‑250 (MQ=255) atccccgtgtccttggttcgattccgagtccgggcaccactaattcttaagaacccgcccacaaggcgggtttttgcttttggatctgacaataaccttcacgaaaaaaattagcttataaagtctgggggaattactctcgccacgttaacgagagtaattttattgatattaatctcctgatacttCAAAAATGGAAATGCCCGATCGCCAGGACCGGGCATTTTCAGGAAGGTTAAATCAACTGCAAt > 1:270891‑M2/189‑251 (MQ=255) tggttcgattccgagtccgggcaccactaattcttaagaacccgcccacaaggcgggtttttgcttttggatctgacaataaccttcacgaaaaaattagcttataaagtctgggggaattactctcgccacgttaacgagagtaattttattgatattaatctcctgatacttCAAAAATGGAAATGCCCGATCGCCAGGACCGGGCATTTTCAGGAAGGTTAAATCAACTGCAATGCTATCCAGTACa < 1:170368‑M2/76‑1 (MQ=255) ccactaattcttaagaacccgcccacaaggcgggtttttgcttttggatctgacaataaccttcacgaaaaaaattagcttataaagtctgggggaattactctcgccacgttaacgagagtaattttattgatattaatctcctgatacttCAAAAATGGAAATGCCCGATCGCCAGGACCGGGCATTTTCAGGAAGGTTAAATCAACTGCAATGCTATCCAGTACAGCCCACCAGAAAGAAAAATTgcc < 1:332033‑M2/99‑1 (MQ=255) actaattcttaagaacccgcccacaagacgggtttttgcttttggatctgacaataaccttcacgaaaaaaattagcttataaaggctgggggaattactctcgccacgttaacgagagtaattttattgatattaatctccttatacttCAAAAATGGAAATGCCCGATCGCCAGGACCGGGCATTTTCAGAAAGGTTAAATCAACTGCAATGCTATCCCGTACAGCCCACaagaaagaaaaaattacgc > 2:391886‑M2/151‑244 (MQ=255) 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1:413547‑M2/41‑251 (MQ=255) taacgagagtaattttattgatattaatcccctgatacttAAAAAATGGAAATGCCCGATCGCCAGGACCGGGCATTTTCAGGAAGGTTAAACCACCTGCAATGCTATCCAGTCCAGCCCACCAGAAAGAAAAAGTGCCGCCGGTAAAGTAAATACCCACGCCATCAGGATGCTGGTTACCGTTTTACGCTGTAAccc < 2:262802‑M2/158‑1 (MQ=255) tgatattaatctcctgatacttCAAAAATGGAAATGCCCGATCGCCAGGACCGGGCATTTTCAGGAAGGTTAAATCAACTGCAATGCTATCCAGTACAGCCCACCAGAAAGAAAAATTGCCGCCGGTAAAGTAAATACCCACGCCATCAGGATGCTGGTTACCGTTTTACGCTGTAACCCACCGCCGTCCACCACCATCGTCCCTGCAACTGCAGACGAGAGGACGTGTGTTGTGGAGACGGGCATCCCa > 1:228065‑M2/23‑250 (MQ=255) gaatataatctcctgatcctaCAAAAATGGAAATGCCCGACCGCAAGGACCGGGCAGTTTCAGGAAGGTTAAAGCAACTGAAATGCTATCCAGTCCCGCCCACCAGAAAGAAAAATTGCCGCCGGTAAAGTAAATACCCACGCCATCAGGATGCTGGTTACCGTTTTACGCTGTAACCCACCGCCGTCCACCCCCATCGTCCCTGCAACTGCAGACGAGAGGACGTGTGTTGTGGAGACGGGCATCCCAat < 2:85992‑M2/230‑1 (MQ=255) 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AGCCTGATCTGGTCATCAAACTCAATGTTGACCTTGAAGTTGCCTGTGCACGTAAACCCGACCATAAACGGGAATCGCTGGCGAGGAAGATTGCCATAACGCCACAGTTAACCTTTGGTGGTGCACAACTGGTTGATATCGATGCCAATCAGCCACTGGAACAGGTGTTGGTTGATGCAGAAAAAGCGATTACGGATTTTATGACCGCGCGTGGTTATCACTAGTCAAAAATGGAAATGCCCGATCGCCAGGACCGGGCATTTTCAGGAAGGTTAAATCAACTGCAATGCTATCCAGTACAGCCCACCAGAAAGAAAAATTGCCGCCGGTAAAGTAAATACCCACGCCATCAGGATGCTGGTTACCGTTTTACGCTGTAACCCACCGCCGTCCACCACCATCGTCCCTGCAACTGCAGACGAGAGGACGTGTGTTGTGGAGACGGGCATCCCAATATAACTGGCAAGACCGAT > NC_000913/3134600‑3135072 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |