| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 3,411,645 | 9722 bp→A | yhdJ–[yhdY] | yhdJ, yhdU, envR, acrE, acrF, yhdV, yhdX, [yhdY] | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 3411645 | 3421366 | 9722 | 63 [0] | [0] 68 | yhdJ–[yhdY] | yhdJ,yhdU,envR,acrE,acrF,yhdV,yhdX,[yhdY] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3411644 | 0 (0.000) | 63 (0.970) +A |
57/488 | 0.1 | 100% | intergenic (+77/‑9) | fis/yhdJ | DNA‑binding transcriptional dual regulator Fis/DNA adenine methyltransferase |
| ? | NC_000913 | 3421367 = | 0 (0.000) | coding (43/1104 nt) | yhdY | putative ABC transporter membrane subunit YhdY | |||||
GAATGGTCAGGATGTGAATGACCTCTATGAGCTGGTACTGGCTGAAGTAGAACAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACCGACCCGGTTTGGTAATGAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATGCGCTTGCCGAACTTAAAAAGATCCCCGCCGAAAGTGTCGATCTGATCTTTGCCGACCCACCATATAACATCGGTAAAAATTTTGATGGTCTGATCGAAGCCTGGAAAGAAGATCTGTTTATCGACTGGCTGTTTGAAGTGATTGCAGAGTGCCACCGCGTTCTGAAAAAG > NC_000913/3411396‑3411886 | gaaagtgcaggatgtGAATGACCTCTATGAGNTTGTACTGGCTGAAGTAGAACAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGac < 2:256601‑M1/244‑3 (MQ=255) aaTGGTCAGGATGTGAATGACCTCTATGAGCTGGTACTGGCTGAAGTAGAACAGCCCCTGTTGGGCATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATAAGGCATGAACTAATTCAGGTTAGATAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTAACAAAGGac > 2:115429‑M1/1‑248 (MQ=255) aTGTGAATGACCTCTATGAGCTGGTACTGGCTGAAGTAGAACAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGacataacttaagc < 1:313396‑M1/251‑14 (MQ=255) gAATGACCTCTATGAGCTGGTACTGGCTGAAGTAGAACAGCCCCTGTTGGACATGGTGCTGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGacataacttaag > 1:191114‑M1/1‑234 (MQ=255) gAATGACCTCTATGAGCTGGTACTGGCTGAAGTAGAACAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGTGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGacataacttaag < 2:191114‑M1/246‑13 (MQ=255) aTGAGCTGGTACTGGCTGAAGTAGAACAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTGCGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGGCACAAAGGacataacttaagccgcgcgatggtg < 2:431508‑M1/248‑26 (MQ=255) aGCTGGTACTGGCTGCAGTAGAACAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGTGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGacataacttaaaccgcgcgatggtgtgggtg > 1:133198‑M1/1‑220 (MQ=255) 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aTACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGacataacttaagccgcgcgatggtgtgggtgcgaaaaaatctgttctccagctggagcaatagcctgctgactattggct < 1:83488‑M1/251‑81 (MQ=255) tACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGacataacttaagccgcgcgatggtgtgggtgcgaaaaaatctgttctccagctggagcaatagcctgctgactat < 1:468848‑M1/245‑76 (MQ=255) tACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGacataacttaagccgcgcgatggtgtgggggcgaaaaaatctgttctccagctggagcaatagcctgctgactat > 2:468848‑M1/1‑170 (MQ=255) acacCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGTGCTGATGATGGGCAGCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATGCAGGTTAGCTAAATGCGTGATAAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTGTTTTATAGGTGTCACAAAGGacataacttaagccgcgcgatggtgtgggtgcgaaagaatcggttctccagctggagcaatagcctgctgactattgtatgc < 2:525319‑M1/251‑83 (MQ=255) ggTAACCAGACCCGTGCAGCGCGGATGATGGGCATCAACAGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAAGTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTAACAAAGGacataacttaagacgcgcgatggtgtgggtgcgaaaaaatctgttctcaagctggagcaattgcctgctgactattgtctgcatatggt < 2:124709‑M1/250‑90 (MQ=255) aGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGacataacttaagccgcgcgatggtgtgggtgcgaaaaaatctgttctccagctggagcaatagcctgctgactattggctgcatatggttgatgtgg > 1:335378‑M1/1‑154 (MQ=255) cGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGacataacttaagccgcgcgatggtgtgggtgcgaaaaaatctgttctccagctggagcaatagcctgctgactattggctgcttatggttggtgtggggact > 2:347731‑M1/1‑149 (MQ=255) gTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTCCGCTGCGCAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAACGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGacataacttaagccgcgcgatggtgtgggtgcgaaaaaatctgttctccagctggagcaatagcctgctgactattggctgcatatggttgatgtgggaactg > 1:195670‑M1/1‑148 (MQ=255) gggCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGacataacttaagccgcgcgatggtgtgggtgcgaaaaaatctgttctccagctggagcaatagcctgctgactattggctgcatatggttgatgtgggaactgatcccaccgttgctga < 1:538381‑M1/251‑120 (MQ=255) ggCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGacataacttaagccgcgcgatggtgtgggtgcgaaaaaatctgttctccagctggagcaatagcctgctgactattggctgcatatggttgatgtgggaactgatcccaccgttgctgaa < 1:282619‑M1/251‑121 (MQ=255) cATCAACCGTGTTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTCGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAACGGacataacttaagccgcgcgatggtgtgggtgcgaaaaaatctgttctccagctggagcaatagcctgctgactattggctgcataaggttgatgtgggaactgatcccaccgttgctgaact > 2:207630‑M1/1‑129 (MQ=255) aTCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGacataacttaagccgcgcgatggtgtgggtgcgaaaaaatctgttctccagctggagcaatagcctgctgactattggctgcatatggttgatgtgggaactgatcccaccgttgctgaactg < 1:317657‑M1/251‑124 (MQ=255) ggTACGCTGCGTAAACAATTGAAAAAATACGGCATGCACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGAGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGAGTCACAAAGGacataacttcagccgcgcgatggtgtgggtgcgaaaaaatctgttctccagctggagcaatagcctgctgactattggctgcatatggttgatgtgggaactgatcccaccgttgctgaactgggcattttt > 1:119962‑M1/1‑119 (MQ=255) aaaaaaTTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCCGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAACGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTTTCACAAAGGacataacttaagccgcgcgatggtgtgggtgcgaaaaaatctgttctccagctggagcaatagcctgctgactattggctgcatatggttgatgtgggacctgatcccaccgttgctgaactgggcatttttgcaggcttactg > 2:227521‑M1/1‑107 (MQ=255) aaaaaaTTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGacataacttaagccgcgcgatggtgtgggtgcgaaaaaatctgttctccagctggagcaatagcctgctgactattggctgcatatggttgatgtgggaactgatcccaccgttgctgaactgggcatttttgcaggctaactg < 1:268361‑M1/251‑145 (MQ=255) aaaaaTTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGacataacttaagccgcgcgatggtgtgggtgcgaaaaaatctgttctccagctggagcaatagcctgctgactattggctgcatatggttgatgtaggaactgatcccaccgttgctgaactgggcatttttgcaggctaactgg < 1:292954‑M1/251‑146 (MQ=255) aaaaTTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGacataacttaagccgcgcgatggtgtgggtgcgaaaaaatctgttctccagctggagcaatagcctgctgactattggctgcatatggttgatgtgggaattgatcccaccgttgctgaactgggcatttttgcaggctaactggg > 2:502607‑M1/1‑105 (MQ=255) aTTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGacataacttaagccgcgcgatggtgtgggtgcgaaaaaatctgttctccagctggagcaatagcctgctgactattggctgcatatggttgatgtgggaactgatcccaccgttgctgaactgggcatttttgcaggctaactgggttg > 1:55563‑M1/1‑102 (MQ=255) gAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGacataacttaagccgcgcgatggtgtgggtgcgaaaaaatctgttctccagctggagcaatagcctgctgactactggctgcatatggttgatgtgggaactgatcccaccgttgctgaactgggcatttttgcaggctaactgggttggct > 1:10882‑M1/1‑99 (MQ=255) aaaaaTACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGacataacttaagccgcgcgatggtgtgggtgcgaaaaaatctgttctcccgctggagcaatagcctgctgactattggctgcatatggttgatgtgggaactgatcccaccgttgctgaactgggcatttttgcaggctaactgggttggctc > 1:430966‑M1/1‑97 (MQ=255) aaTACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGacataacttaagccgcgcgatggtgtgggtgcgaaaaaatctgttctccagctggagcaatagcctgctgactattggctgcatatggttgatgtgggaactgatcccaccgttgctgaactgggcatttttgcaggctaactgggttggctcaacg > 1:63193‑M1/1‑94 (MQ=255) aTACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGacataacttaagccgcgcgatggtgtgggtgcgaaaaaatctgttctccagctggagcaata < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |