| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 2,825,796 | Δ4,947 bp | srlA–[gutQ] | srlA, srlE, srlB, srlD, gutM, srlR, [gutQ] | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 2825796 | 2830742 | 4947 | 43 [0] | [0] 43 | srlA–[gutQ] | srlA,srlE,srlB,srlD,gutM,srlR,[gutQ] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2825795 | 0 (0.000) | 43 (0.660) | 39/490 | 0.3 | 100% | intergenic (‑219/‑37) | mltB/srlA | membrane‑bound lytic murein transglycosylase B/sorbitol‑specific PTS enzyme IIC2 component |
| ? | NC_000913 | 2830743 = | 0 (0.000) | coding (931/966 nt) | gutQ | D‑arabinose 5‑phosphate isomerase GutQ | |||||
AACGACGCTTGAACATGAGGGGTCCATTTAACAGATTCAACCAGGGGCAAGTATGGTAAAGCATCACGCCCCGCACAAGGAAGCGGTAGTCACTGCCCGATACGGACTTTACATAACTCAACTCATTCCCCTCGCTATCCTTTTATTCAAACTTTCAAATTAAAATATTTATCTTTCATTTTGCGATCAAAATAACACTTTTAAATCTTTCAATCTGATTAGATTAGGTTGCCGTTTGGTAATAAAACAATAAATCCTGAAGGAGAGAACAATGATAGAAACCATTACTCATGGTGCAGAGTGGTTTATCGGGCTGTTCCAAAAGGGCGGAGAGGTGTTTACCGGGATGGTGACCGGCATTCTTCCGCTGTTGATTAGCCTGCTGGTTATCATGAACGCACTGATTAATTTTATCGGTCAGCATCGTATTGAACGTTTTGCTCAACGTTGCGCCGGTAACCCTGTTTCCCGTTACCTACT > NC_000913/2825561‑2826040 | aaCGACGCTTGAACATGAGGGGGCCACTTAACAGATTCAACCAGGGGCAAGTATGGTAAAGCATCACGCCCCGCACAAGGAAGCGGTAGTCACTGCCCGATACGGACTTTACATAACTCAACTCATTCCCCTCGCTATCCTTTTATTCAAACTTTCAAATTAAAATATTTATCTTTCATTTTGCGATCAAAATAACACTTTTAAATCTTTCAATCTGATTAGAGTAGGTTGCCGTaacctgcaggatttct < 2:405937‑M1/251‑17 (MQ=255) acgacgCTTGAACATGAGGGGTCCATTTAACAGATTCAACCAGGGGCAAGTATGGTAAAGCATCACGCCCCGCACAAGGAAGCGGTAGTCACTGCCCGATACGGACTTTACATAACTCAACTCATTCCCCTCGCTATCCTTTTATTCAAACTTTCAAATTAAAATATTTATCTTTCATTTTGCGATCAAAATAACACTTTTAAATCTTTCAATCTGATTAGATTAGGTTGCCGTaacctgcaggatttct > 1:246493‑M1/1‑234 (MQ=255) cgacgCTTGAACATGAGGGTTCCATTTAACAGATTCAACCAGGGGCAAGTATGGTAAAGCATCACGCCCCGCACAAGGAAGCGGTAGTCACTGCCCGATACGGACTTTACATAACTCAACTCATTCCCCTCGCTATCCTTTTATTCAAACTTTCAAATTAAAATATTTATCTTTCATGTTGCGATCAAAATAACACTTTTAAATCGTGCAATCTGATTAGATTAGGTTGCCGTaacctgcaggatttctat < 1:180208‑M1/251‑19 (MQ=255) cgCTTGAACATGAGGGGTCCATTTAACAGATTCAACCAGGGGCAAGTATGGTAAAGCATCACGCCCCGCACAAGGAAGCGGTAGTCACTGCCCGATACGGACTTTACATAACTCAACTCATTCCCCTCGCTATCCTTTTATTCAAACTTTCAAATTAAAATATTTATCTTTCATTTTGCGATCAAAATAACACTTTTAAATCTTTCAATCTGATTAGATTAGGTTGCCGTaacctgcaggatttctatcag < 1:539745‑M1/251‑22 (MQ=255) 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AACGACGCTTGAACATGAGGGGTCCATTTAACAGATTCAACCAGGGGCAAGTATGGTAAAGCATCACGCCCCGCACAAGGAAGCGGTAGTCACTGCCCGATACGGACTTTACATAACTCAACTCATTCCCCTCGCTATCCTTTTATTCAAACTTTCAAATTAAAATATTTATCTTTCATTTTGCGATCAAAATAACACTTTTAAATCTTTCAATCTGATTAGATTAGGTTGCCGTTTGGTAATAAAACAATAAATCCTGAAGGAGAGAACAATGATAGAAACCATTACTCATGGTGCAGAGTGGTTTATCGGGCTGTTCCAAAAGGGCGGAGAGGTGTTTACCGGGATGGTGACCGGCATTCTTCCGCTGTTGATTAGCCTGCTGGTTATCATGAACGCACTGATTAATTTTATCGGTCAGCATCGTATTGAACGTTTTGCTCAACGTTGCGCCGGTAACCCTGTTTCCCGTTACCTACT > NC_000913/2825561‑2826040 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |