| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,113,177 | A→G | intergenic (‑116/+257) | rfbB ← / ← galF | dTDP‑glucose 4,6‑dehydratase 1/UTP:glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase, low activity |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,113,177 | 0 | A | G | 98.3% | 203.4 / NA | 59 | intergenic (‑116/+257) | rfbB/galF | dTDP‑glucose 4,6‑dehydratase 1/UTP:glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase, low activity |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (28/30); total (29/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.72e-01 | |||||||||||
TGATTCCCGGTTTCCGGCGTACGTTAATTTATCGACATTAACAACACTATCCTGCGTATTATTTATAATGTGACGAACTACAGCTGAACCAATAAATCCTGCGCCACCAGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGCATGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTCAAACGCTAATTGTCTTACCAATCCGCTCTGGAAACAAGGAAAATC‑CTGGAAAACTTTGAATAAAACCCTACTGCTAACTCGTTGTTATTCTGATGGTTTATATAAAACAACGGCAGGAAGATTCGCAACAAATTACTTTTGCTGCGAATTTTCACTGCCGTTATAATTTTCTTATCAACCGTTACATCC > NC_000913/2112936‑2113420 | gacattacatactcctgtcaggtgtgatcaccgcgctgaatgctcgcggcctggaatgttcgcaaataagtatacaaagtacttattaaagtataaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatTTATTCCATATTACTTCAGAGCATGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCNTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCt > 2:362898‑M2/132‑251 (MQ=255) 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tACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTCAAACGCTAATTGTCTTACCAATCCGCTCTGGAAACAAGGAAAATC‑CTGGAAAACTTTGAATAAAACCCTACTGCTAACTCGTTGTTATTCTGATGGTTTATATAAAACAACGGCAGGAAGATTCGCAACAAATTACTTTTGCTGCGAATTTTCACTGCCGTTATAATTTTCTTAt < 1:408705/250‑1 (MQ=255) aCAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCGATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTCAAACGCTAATTGTCTTACCAATCCGCTCTGGAAACAAGGAAAATC‑CTGGAAAACTTTGAATAAAACCCTACTGCTAACTCGTTGTTATTCTGATGGTTTATATAAAACAACGGCAGGAAGATTCGCAACAAATTACTTTTGCTGCGAATTTTCACTGCCGTTATAATTTTCTTATc < 2:103879/250‑1 (MQ=255) cAGCTACCAGAGCACTGCGTGCAAGCCAATGATATGACGAGGGTTACCCACTCGAACTAAAACCGAAAAATTCAAACGCTAATTGTCTTACCAATCCGCTCTGGAAACAAAGAAAATC‑CTGGAAAACATTGAATAAAACCCTACTGCTAACTCGTGGCTATTCTGATGGTTTATATAAAACAACGGCAGGAAGATTCGCCAAAAATTACTTTTGCTGCGACTTTTCACTGCCGTTATAATTTTATTATCa > 2:667127/1‑250 (MQ=255) cAGCTACCAGAGCACGGCGTGCATGCCTATGATTTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTCAAACGCTAATTGTCTGACCAATCCGCTCTGGAAACAAGGAAAATC‑CTGGAAAACTTTGAATAAAACCCTACTGCTAACTCGTTGTTATTCTGATGGTTTATATAAAACAACGGCAGGAAGATTCGAAACAAATTTCTTTTGCTGCGAATTTTCACTGCCGTTATAATTTTCTTATCaa < 2:271517/251‑1 (MQ=255) agagCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTCAAACGCTAATTGTCTTACCAATCCGCTCTGGAAACAAGGAAAATC‑CTGGAAAACTTTGAATAAAACCCTACTGCTAACTCGTTGTTATTCTGATGGTTTATATAAAACAACGGCAGGAAGATTCGCAACAAATTACTTTTGCTGCGCATTTTCCCTGCCGTTCTAATTTTTTTATCAACCGTTAc > 2:254782/1‑250 (MQ=255) agagCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTCAAACGCTAATTGTCTTACCAATCCGCTCTGGAAACAAGGAAAATC‑CTGGAAAACTTTGAATAAAACCCTACTGCTAACTCGTTGTTATTCTGATGGTTTATATAAAACAACGGCAGGAAGATTCGCAACAAATTACTTTTGCTGCGAATTTTCACTGCCGTTATAATTTTCTTATCAACCGTTACa < 1:362898/251‑1 (MQ=255) gCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTCAAACGCTAATTGTCTTACCAATCCGCTCTGGAAACAAGGAAAATC‑CTGGAAAACTTTGAATAAAACCCTACTGCTAACTCGTTGTTATTCTGATGGTTTATATAAAACAACGGCAGGAAGATTCGCAACAAATTACTTTTGCTGCGAATTTTCACTGCCGTTATAATTTTCTTATCAACCGTTACATcc < 1:645445/251‑1 (MQ=255) | TGATTCCCGGTTTCCGGCGTACGTTAATTTATCGACATTAACAACACTATCCTGCGTATTATTTATAATGTGACGAACTACAGCTGAACCAATAAATCCTGCGCCACCAGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGCATGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTCAAACGCTAATTGTCTTACCAATCCGCTCTGGAAACAAGGAAAATC‑CTGGAAAACTTTGAATAAAACCCTACTGCTAACTCGTTGTTATTCTGATGGTTTATATAAAACAACGGCAGGAAGATTCGCAACAAATTACTTTTGCTGCGAATTTTCACTGCCGTTATAATTTTCTTATCAACCGTTACATCC > NC_000913/2112936‑2113420 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |