| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,301,919 | G→T | Q246Y (CAG→TAT) | oppA → | oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,301,919 | 0 | G | T | 97.1% | 239.9 / ‑6.3 | 69 | Q246Y (CAG→TAT) | oppA | oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base T (31/35); minor base C (1/1); total (32/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGATGATCACACATTAGAAGTCACCTTAAGTGAACCCGTTCCGTACTTCTATAAATTACTTGTTCACCCATCAACTTCACCGGTGCCAAAAGCCGCTATCGAGAAATTCGGCGAAAAATGGACCCAGCCTGGTAATATCGTCACCAACGGTGCCTATACCTTAAAAGATTGGGTCGTAAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAATCGACATGACGAATAACAGCATGCCGATCGAATTGTTCCAGAAGCTGAAAAAAGAGATCCCGGACGAAGTTCACGTTGATCCATACCTGTGCACTTACTATTACGAAATTAACAACCAGAAACCGCCATTCAACGATGTGCGTGTGCGTACCGCACTGAAACTAGGTATGGACCGCG > NC_000913/1301676‑1302157 | tgatgagtccacaTTAGAAGTCACCTTAAGTGAACCCTTTCCGTACTTCTAGAAATTACTTGTTCACCCATCAACTTCACCGGTGCCAAAAGCCGCTATCGAGAAAGTCGGCGAAAAATGGACCCATCCTGGTAAGATCGGCACCAACGGTGCCTAGACCTTAAAAGTGTGTGTCGTAAACGAACGAATCGTCCTTGAACGCAGCCCGACCTACGTGATCAACGTGAAAACCTTTATTAACTATGTAAcc < 2:654403/241‑1 (MQ=255) agatCCCACAATAGAAGTCACCTTAAGTGAACCCGGTCCGTACCTCTATAAATTACTTGTTCACCCAACAACTTCACCGGTGCCAAAAGCCGCTATCGAGAAATTCGGCGAAAAATGGAACCAGCCTGGTAATATCGTCACCAACGGTGCCTATACCTTAAAAGATTGGGGCGTAAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGACCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAtt < 2:268380/250‑1 (MQ=255) ccacaTTAGAAGTCACCTTAAGTGAACCCGTNCCGTACTTCTATAAATTACTTGTTCACCCATCAACTTCACCGGTGCCAAAAGCCGCTATCGAGAAAGTCGGCGAAAAATGGACCCAGCCTGGTAATATCGTCACCAACGGTGCCTATACCTTAAAAGATTGGGTCGTAAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCt < 2:358530/250‑1 (MQ=255) acacaTTAGAAGTCACCTTAAGTGAACCCGTTCCGTACTTCTATAAATTACTTGTTCACCCATCAACTTCACCGGTGCCAAAAGCCGCTATCGAGAAATTCGGCGAAAAATGGACCCAGCCTGGTAATATCGTCACCAACGGTGCCTATACCTTAAAAGATTGGGTCGTAAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTACGTAACCTATTTGCCt > 1:59256/1‑251 (MQ=255) 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gaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAATCGACATGACGAATAACAGCATGCCGATCGAATTGTTCCAGAAGCTGAAAAAAGAGATCCCGGACGAAGTTCACGTTGATCCATACCTGTGCACTTACTATTACGAAATTAACAACCAGAAACCGCCATTc > 2:709323/1‑251 (MQ=255) tCTTGAACGCAGCCCGACCTACGGGAACAACGCGAAACCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAATCGACATGACGAATAACAGCATGCCGATCGAATTGTTCCAGAAGCTGAAAAAAGAGATCCCGGACGAAGTTCACGTTGATCCATACCTGTGCACTTACTATTACGAAATTAACAACCAGAAACCGCCATTCAACGAt < 1:412725/250‑1 (MQ=255) cAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTGGCCTTTTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCACCCGCTACCGTAGTGGTGAAATCGACATGACGAATAACACCATGCCGATCGAATTGTTCCAGAAGCTGAAAAAAGAAATCCCGAACGAATTTCACGTTGATCCATACCTTTGCACTTACGATTCCGAAATGACCAACCAGAAACCGCCATTCAACGAtgtgcgtgtcc < 2:119048/251‑3 (MQ=255) 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TGATGATCACACATTAGAAGTCACCTTAAGTGAACCCGTTCCGTACTTCTATAAATTACTTGTTCACCCATCAACTTCACCGGTGCCAAAAGCCGCTATCGAGAAATTCGGCGAAAAATGGACCCAGCCTGGTAATATCGTCACCAACGGTGCCTATACCTTAAAAGATTGGGTCGTAAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAATCGACATGACGAATAACAGCATGCCGATCGAATTGTTCCAGAAGCTGAAAAAAGAGATCCCGGACGAAGTTCACGTTGATCCATACCTGTGCACTTACTATTACGAAATTAACAACCAGAAACCGCCATTCAACGATGTGCGTGTGCGTACCGCACTGAAACTAGGTATGGACCGCG > NC_000913/1301676‑1302157 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |