Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,962,495 | 0 | T | G | 29.5% | 137.0 / 10.1 | 95 | S90S (TCA→TCC) | ppdC | prepilin‑type N‑terminal cleavage/methylation domain‑containing protein PpdC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/46); new base G (24/4); total (45/50) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.14e-06 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
ATCAATGTTTGCCGCAATACCAAACTTTTGCGACAGGGTCATTTGCAGCCACTGTGCCATACCGGTACTTTGCACCAGAATCATCTCTGGTTCGAAAGGATCGTCCAGCCGTTCGCGTTCGACAATAAAC‑TCCATCAACGCTTCCAGCACGTCCAGACGATTGGAATGGTAGACCCTTAACATAGCGGCTCCTGACTACTGA‑CGATTCGGGCAATGCAGGCGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGT‑GAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACAC‑ATCCCGCCTGCGAT‑GTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATGCCGCCAGAGCTGTTGGTACTGGTTTCTGCTGGCAAGACTGTTCATTAATGTTCGCTGGAAACCCGATAACGCAGTGACAATCATCACCATCAACACCATCGCCAACATTACCTCCGGCAGGCTAAAGCCTTGTT > NC_000913/2962246‑2962742 | aTCAATGTTTGCCGCAATACCAAACTTTTGCGACAGGGTCATTTGCAGCCACTGTGCCATACCGGTACTTTGCACCAGAATCATCTCTGGTTCGAAAGGATCGTCCAGCCGTTCGCGTTCGACAATAAAC‑TCCATCAACGCTTCCAGCACGTCCAGACGATTGGAATGGTAGACCCTTAACATAGCGGCTCCTGACTACTGA‑CGATTCGGGCAATGCAGGCGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCCGGT‑g > 1:279355/1‑251 (MQ=255) aaTGTTTGCCGCAATACCAAACTTTTGCGACAGGGTCATTTGCAGCCACTGTGCCATACCGGTACTTTGCACCAGAATCATCTCTGGTTCGAAAGGATCGTCCAGCCGTTCGCGTTCGACAATAAAC‑TCCATCAACGCTTCCAGCACGTCCAGACGATTGGAATGGTAGACCCTTAACATAGCGGCTCCTGACTACTGA‑CGATTCGGGCAATGCAGGCGGGTCATCTAGCCTTTTCTGCCCCCGGGG‑Gaa > 1:443384/1‑250 (MQ=255) aTGTTTGCCGCAATACCAAACTTTTGCGACAGGGTCATTTGCAGCCACTGTGCCATACCGGTACTTTGCACCAGAATCATCTCTGGTTCGAAAGGATCGTCCAGCCGTTCGCGTTCGACAATAAAC‑TCCATCAACGCTTCCAGCACGTCCAGACGATTGGAATGGTAGACCCTTAACATAGCGGCTCCTGACTACTGA‑CGATTCGGGCAATGCAGGCGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGT‑GAAAc < 2:431135/251‑1 (MQ=255) cAATACCAAACTTTTGCGACAGGGTCATTTGCAGCCACTGTGCCATACCGGTACTTTGCACCAGAATCATCTCTGGTTCGAAAGGATCGTCCAGCCGTTCGCGTTCGACAATAAAC‑TCCATCAACGCTTCCAGCACGTCCAGACGATTGGAATGGTAGACCCTTAACATAGCGGCTCCTGACTACTGA‑CGATTCGGGCAATGCAGGCGGGGCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGG‑GAAACTAGCGTAAcc > 1:500759/1‑250 (MQ=255) tACCAAACTTTTGCGACAGGGTCATTTGCAGCCACTGTGCCATACCGGTACTTTGCACCAGAATCATCTCTGGTTCGAAAGGATCGTCCAGCCGTTCGCGTTCGACAATAAAC‑TCCATCAACGCTTCCAGCACGTCCAGACGATTGGAATGGTAGACCCTTAACATAGCGGCTCCTGACTACTGA‑CGATTCGGGCAATGCAGGCGGGTCATCTCGCCCTCTCTGCCCCCGGGT‑GAAACCCGCGTAACGCtt > 2:296999/1‑250 (MQ=255) ccAAACTTTTGCGACAGGGTCATTTGCAGCCACTGTGCCATACCGGTACTTTGCACCAGAATCATCTCTGGTTCGAAAGGATCGTCCAGCCGTTCGCGTTCGACAATAAAC‑TCCATCAACGCTTCCAGCACGTCCAGACGATTGGAATGGTAGACCCTTAACATAGCGGCTCCTGACTACTGA‑CGATTCGGGCAATGCAGGCGGGTCCTCTCCCCTTCTCTTCCCCCGGGT‑GAAACCAGCGTAACGGTGa > 1:641770/1‑250 (MQ=255) ccAAACTTTTGCGACAGGGTCATTTGCAGCCACTGTGCCATACCGGTACTTTGCACCAGAATCATCTCTGGTTCGAAAGGATCGTCCAGCCGTTCGCGTTCGACAATAAAC‑TCCATCAACGCTTCCAGCACGTCCAGACGATTGGAATGGTAGACCCTTAACATAGCGGCTCCTGACTACTGA‑CGATTCGGGCAATGCAGGCGGGTCATCCAGCCTTCTCTTCCCCCGGGG‑GGAACTatcggcacgccg > 2:664108/1‑238 (MQ=255) cAAACTTTTGCGACAGGGTCATTTGCAGCCACTGTGCCATACCGGTACTTTGCACCAGAATCATCTCTGGTTCGAAAGGATCGTCCAGCCGTTCGCGTTCGACAATAAAC‑TCCATCAACGCTTCCAGCACGTCCAGACGATTGGAATGGTAGACCCTTAACATAGCGGCTCCTGACTACTGA‑CGATTCGGGCAATGCAGGCGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGT‑GAAACTAGCGTAACGCTGATg < 1:672979/251‑1 (MQ=255) cAAACTTTTGCGACAGGGTCATTTGCAGCCACTGTGCCATACCGGTACTTTGCACCAGAATCATCTCTGGTTCGAAAGGATCGTCCAGCCGTTCGCGTTCGACAATAAAC‑TCCATCAACGCTTCCAGCACGTCCAGACGATTGGAATGGTAGACCCTTAACATAGCGGCTCCTGACTACTGA‑CGATTCGGGCAATGCAGGCGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGT‑GAAACTAGCGTAACGCTGATg < 1:517593/251‑1 (MQ=255) aaCTTTTGCGACAGGGTCATTTGCAGCCACTGTGCCATACCGGTACTTTGCACCAGAATCATCTCTGGTTCGAAAGGATCGTCCAGCCGTTCGCGTTCGACAATAAAC‑TCCATCAACGCTTCCAGCACGTCCAGACGATTGGAATGGTAGACCCTTAACATAGCGGCTCCTGACTACTGA‑CGATTCGGGCAATGCAGGCGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGT‑GAAACTAGCGTAACGCTGATGCt < 1:83465/251‑1 (MQ=255) aCTTTTGCGACAGGGTCATTTGCAGCCACTGTGCCATACCGGTACTTTGCACCAGAATCATCTCTGGTTCGAAAGGATCGTCCAGCCGTTCGCGTTCGACAATAAAC‑TCCATCAACGCTTCCAGCACGTCCAGACGATTGGAATGGTAGACCCTTAACATAGCGGCTCCTGACTACTGA‑CGATTCGGGCAATGCAGGCGGGGCCTCTCGCCCTCTCTTCCCCCCGGG‑GAACCTTGCGTAACGCTGATGCtt > 2:117786/1‑250 (MQ=255) tttGCGACAGAGTCACTTGCAGCCCCTGTGCCATACCGGTACTTTGCACCAGAATCATCTCTGGTTCGAAAGGATCGTCCAGCCGTTCGCGTTCGACAATAAAC‑TCCATCAACGCTTCCAGCACGTCCAGACGATTGGAATGGTAGACCCTTAACATAGCGGCTCCTGACTACTGA‑CGATTCGGGCAATGCAGGCGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGT‑GAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGac < 2:107843/250‑1 (MQ=255) gCGAGAGGGTCATTTGCAGCCATTGGTCCATACCGTTACTTTGCACCAGAATCATCTCTGGTTCCAAAGGATCGTCCAGCCGTTCGCGTTCGACAATAAAC‑TCCATCAACGCTTCCAGCACGTCCAGACGATTGGAATGGTAGACCCTTAACATAGCGGCTCCTGACTACTGA‑CGATTCGGGCAATGCAGGCGGGGCAGCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGT‑GAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACAC‑At < 2:467962/251‑1 (MQ=255) gCGACAGGGTCATTTGCAGCCACTGTGCCATACCGGTACTTTGCACCAGAATCATCTCTGGTTCGAACGGATCGTCCAGCCGTTCGCGTTCGACAATAAAC‑TCCATCAACGCTTCCAGCACGTCCAGACGATTGGAATGGTAGACCCTTAACATAGCGGCTCCTGACTACTGA‑CGATTCGGGCAATGCAGGCGGGGCATCCCCCCCTCTCTGCCCCCCGGT‑GAAACTAGCGTAACGccggagctgtcacac > 2:405562/1‑237 (MQ=255) cGACAGGGTCATTTGCAGCCACTGTGCCATACCGGTACTTTGCACCAGAATCATCTCTGGTTCGAAAGGATCGTCCAGCCGTTCGCGTTCGACAATAAAC‑TCCATCAACGCTTCCAGCACGTCCAGACGATTGGAATGGTAGACCCTTAACATAGCGGCTCCTGACTACTGA‑CGATTCGGGCAATGCAGGCGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGT‑GAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACAC‑ATc < 1:451337/251‑1 (MQ=255) cGACAGGGTCATTTGCAGCCACTGTGCCATACCGGTACTTTGCACCAGAATCATCTCTGGTTCGAAAGGATCGTCCAGCCGTTCGCGTTCGACAATAAAC‑TCCATCAACGCTTCCAGCACGTCCAGACGATTGGAATGGTAGACCCTTAACATAGCGGCTCCTGACTACTGA‑CGATTCGGGCAATGCAGGCGGGGCATCCCCCCTTCTCTTCCCCCCGGG‑GCAAATAGCGTAAcccacattctagcccac > 2:628456/1‑234 (MQ=255) gTCATTTGCAGCCACTGTGCCATACCGGTACTTTGCACCAGAATCATCTCTGGTTCGAAAGGATCGTCCAGCCGTTCGCGTTCGACAATAAAC‑TCCATCAACGCTTCCAGCACGTCCAGACGATTGGAATGGTAGACCCTTAACATAGCGGCTCCTGACTACTGA‑CGATTCGGGCAATGCAGGCGGGGCATCTCGCCTTCTCTTCCCCCCGGG‑GAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACAC‑ATCCCGcccg > 1:474082/1‑249 (MQ=255) cACTGTGCCATACCGGTACTTTGCACCAGAATCATCTCTGGTTCGAAAGGATCGTCCAGCCGTTCGCGTTCGACAATAAAC‑TCCATCAACGCTTCCAGCACGTCCAGACGATTGGAATGGTAGACCCTTAACATAGCGGCTCCTGACTACTGA‑CGATTCGGGCAATGCAGGCGGGTCATCTCCCCCTCACTGCCCCCGGGG‑GAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGGCAC‑ATCCCGcccccgcatgctgcct > 2:279165/1‑237 (MQ=255) acgttgCCATACCGGTACTTTGCACCAGAATCATCTTTGGTTCGAAAGTATCGTCCAGCCGTCCGCGTCCGACAATAAAC‑TCCATCAACGCTTCCAGCACGTCAGGACGATTGGATTGGTAGACCCTTAACATAGCGGCTCCTGACTACTGA‑CGATTCGGGCAATGCAGGCGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGT‑GAAACTAGCTTAACGCTGATGCTGACAC‑ACCCCGCCTGCGAT‑GTCTGCAtt < 2:275037/247‑1 (MQ=255) cTGTGCCATACCGGTACTTTGCACCAGAATCATCTCTGGTTCGAAAGGATCGTCCAGCCGTTCGCGTTCGACAATAAAC‑TCCATCAACGCTTCCAGCACGTCCAGACGATTGGAATGGTAGACCCTTAACATAGCGGCTCCTGACTACTGA‑CGATTCGGGCAATGCAGGCGGGTCATCTCGCCTTCTCTTCCCCCCGGT‑GAAACTAGCGGAACGCTGATGCTGGCAC‑ATCCCGCCTGCggtttcctcattc > 1:125258/1‑239 (MQ=255) cTGTGCCATACCGGTACTTTGCACCAGAATCATCTCTGGTTCGAAAGGATCGTCCAGCCGTTCGCGTTCGACAATAAAC‑TCCATCAACGCTTCCAGCACGTCCAGACGATTGGAATGGTAGACCCTTAACATAGCGGCTCCTGACTACTGA‑CGATTCGGGCAATGCAGGCGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGG‑GAAACTAGCGGAACGCTGATGCTGACAC‑ATTCCGCCTGCGAT‑GTCTGCATTc > 1:195923/1‑251 (MQ=255) gtgCCATACCGGTACTTTGCACCAGAATCATCTCTGGTTCGAAAGGATCGTCCAGCCGTTCGCGTTCGACAATAAAC‑TCCATCAACGCTTCCAGCACGTCCAGACGATTGGAATGGTAGACCCTTAACATAGCGGCTCCTGACTACTGA‑CGATTCGGGCAATGCAGGCGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGT‑GAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACAC‑ATCCCGCCTGCGAT‑GTCTGCATTc < 1:664108/249‑1 (MQ=255) gggCCATCCCGGTACTTTGCCCCAGAATCATCTCTGGTTCGAAAGGATCGCCCAGCCGTTCGCGTGCGACAATAAAC‑TCCATCAACGCTTCCAGCCCGTCCAGACGATTGGAATGGTAGACCCTTAACATAGCGGCTCCTGACTACTGA‑CGATTCGGGCAATGCAGGCGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGT‑GAAACTAGCGTAACGCTGATGCGGACAC‑ATCCCGCCTGCGAT‑GTCTGCATTCg < 2:625808/248‑1 (MQ=255) ccGGTCCTTTGCACCAGAATCAGCTCTGGTTCGAATGGAGCGCCCAGCCGTGCGCGTTCGACAATAAAC‑TCCATCAACGCTTCCAGCACGTCCAGACGATTGGAATGGTAGACCCTTAACATAGCGGCTCCTGACTACTGA‑CGATTCGGGCAATGCAGGCGGTTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGT‑GAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACAC‑ATCCCGCCTGCGAT‑GTCTGCATTCGGTTGACCTg < 2:479514/251‑1 (MQ=255) ggTACTTTGCCCCAGAATCATCTCGTGTTCGAAAGGATCGTCCAGCCGTTCGCGTTCGACAATAAAC‑TCCACCAACGCTTCCAGCCCGTCCAGACGATTGGAATGGTAGACCCTTAACATAGCGGCTCCTGTCTACTGA‑CGATTCGGGCAATGCAGGCGGGTCATCGCGCCTTCTCTGCCCCCGGGT‑GAAACTAGCTTAACGCTGATGCTGACAC‑ATCCCGCCTGCGAT‑GTCTGCATTCGGTTGACCTGcc < 2:680837/251‑1 (MQ=255) ggTACTTTGCACCAGAATCATCTCTGGTTCGAAAGGATCGTCCAGCCGTTCGCGTTCGACAATAAAC‑TCCATCAACGCTTCCAGCACGTCCAGACGATTGGAATGGTAGACCCTTAACATAGCGGCTCCTGACTACTGA‑CGATTCGGGCAATGCAGGCGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGT‑GAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACAC‑ATCCCGCCTGCGAT‑GTCTGCATTCGGTTGACCTGcc < 1:296999/251‑1 (MQ=255) gTACTTTGCACCAGAATCATCTCTGGTTCGAAAGGATCGTCCAGCCGTTCGCGTTCGACAATAAAC‑TCCATCAACGCTTCCAGCACGTCCAGACGATTGGAATGGTAGACCCTTAACATAGCGGCTCCTGACTACTGA‑CGATTCGGGCAATGCAGGCGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGG‑GAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACAC‑CACCCGCCCGCGGC‑GTCTGCATTCGGTTGTCCTGccc > 1:13381/1‑250 (MQ=255) gTACTTTGCACCAGAATCATCTCTGGTTCGAAAGGATCGTCCAGCCGTTCGCGTTCGACAATAAAC‑TCCATCAACGCTTCCAGCACGTCCAGACGATTGGAATGGTAGACCCTTAACATAGCGGCTCCTGACTACTGA‑CGATTCGGGCAATGCAGGCGGGTCATCCCGCCTTCTCTGACCCCGGGT‑GAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACAC‑ACCCCCCCTGCGGT‑TGCTGCCTTCGGTTGTCCttccc > 2:508972/1‑247 (MQ=255) 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aaTCATCTCTGGTTCGAAAGGATCGTCCAGCCGTTCGCGTTCGACAATAAAA‑TCCATCAACGCTTCCAGCACGTCCAGACGATTGGAATGGTAGACCCTTAACATAGCGGCTCCTGACTACTGA‑CGATTCGGGCAATGCAGGCGGGGCATCTCGCCCTCTATGCCCCCGGGG‑GAAAATAGCGTAACCCTGATGCTGACAC‑ATCCCCCCTGCGAT‑GTATGCCTTCGGTTGACCCGCCAGGTgggcgggggcg > 1:622786/1‑242 (MQ=255) ctctGGTTCGAAAGGATCGTCCAGCCGTTCGCGTTCGACAATAAAC‑TCCATCAACGCTTCCAGCACGTCCAGACGATTGGAATGGTAGACCCTTAACATAGCGGCTCCTGACTACTGA‑CGATTCGGGCAATGCAGGCGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGT‑GAAACTAGCGCAACGCTGATGCTGACAC‑ATCCCGCCTGCGAT‑GTCTGCATTCGNGTGACCTGCCAGGTGGCAGGTGGCGGAATcc > 2:331765/1‑250 (MQ=255) tGGTTCGAAAGGATCGTCCAGCCGTTCGCGTTCGACAATAAAC‑TCCATCAACGCTTCCAGCACGTCCAGACGATTGGAATGGTAGACCCTTAACATAGCGGCTCCTGACTACTGA‑CGATTCGGGCAATGCAGGCGGGTCCTCTCGCCTTCTCTGCCCCCCGGG‑GAAAATAGCGTAACGCCTATTCTGCCAC‑ATCCCGCCCGCGCT‑GTCCGCATTCGGTTGGCCTGCCCATTGGCCGGTGGCGAAATccagc > 1:159834/1‑247 (MQ=255) 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gTCCAGCCGTTCGCGTTCGACAATAAAC‑TCCATCAACGCTTCCAGCACGTCCAGACGATTGGAATGGTAGACCCTTAACATAGCGGCTCCTGACTACTGA‑CGATTCGGGCAATGCAGGCGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGCGT‑GAAACCAGCGTAACGCTGGTGCTGTCAC‑ATCCCCCCCGCGAT‑GTCGGCACTCGGTTGACCCGCCAGTTGGCAGGGGGCGGAATcgcgccccgtttggtttgct > 2:379153/1‑236 (MQ=255) gcctttcgggttcgACAATAAAC‑TCCACCACCGCTTCCAGCACGTCCAGACGATTGGAATGGTAGACCCTTAACATAGCGGCTCCTGACTACTGA‑CGATTCGGGCAATGCAGGCGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGT‑GAAACTAGCGTAACGCTGATGCTGACAC‑ATCCCGCCTGCGAT‑GTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTgccag < 2:156027/247‑1 (MQ=255) cgtgcgcgttctACAAAAAAC‑TCCGTCAACGCTGCCAGCACGTCCTGACTATTGGAATGGTGGACCCTTAACATAGCGGGTCCTGGCTTCGGA‑CCATTCGGGCAATCCAGGCGGGTCCTCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGT‑GAAACTAGCCTAACCCTGATTCTGACAC‑TTCCCGCCTGCGAT‑GTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGTCATGTGGCGAAATCTCGCGCAGTTGCGTTTGCTgccagcc < 1:504020/247‑1 (MQ=255) 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ccgttcgACAATAAAC‑CCCATCAACGCTTCCAGCACGTCCAGACGATTGGAGTGGTAGCCCCTTAACATAGCGGCTCCTGACTACGGA‑CGATTCGGGCAAGGCAGGCGGGTCACCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGT‑GAAACGAGCGTAACGCTGATGCTGACAC‑ATCCCGCCTGCGAT‑GTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCATgcc < 2:294736/250‑1 (MQ=255) cccgagctccaTAAACCTCCCTCACCGCTCCCAGCACGTCCAGACGATTGGAGTGGTAGACCATTAACATAGCGGCTCCTGCCTACTGA‑CGATGCGGGCAATGCAGTCGGGTCATCCCCCCTTCTCTGCCCCCGGGT‑GAATCTAGCGTACCGATGATGCTGACAC‑ACCCCGCCTGCGAT‑GTCTGCATTCGGTTGACCTGCCAGTTGGCAGGTGGCGAAATCGCGCGCAGTTGCGTTTGCTGCCAGCCAt < 2:159255/239‑1 (MQ=255) gACAATAAAC‑TCCATCAACGCTTCCAGCACGTCCAGACGATTGGAATGGTAGACCCTTAACATAGCGGCTCCTGACTACTGA‑CGATTCGGGCAATGCAGGCGGGTCATCTCGCCTTCTCTGCCCCCGGGT‑GGAAATATCATAACGCTGAAGCTGGCAC‑ATCCCGCCTCCGAT‑GTCTGCATTCGGGTTACCTGCCAGTTTGCAAGAGGGGAAATCGCGCGCAGGTGCGTTTGCTGCCAGCCCTgccgccc > 1:306013/1‑248 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |