| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 949,118 | 0 | C | T | 27.3% | 108.9 / 18.2 | 66 | E151K (GAA→AAA) | ycaN | putative DNA‑binding transcriptional regulator YcaN |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (15/33); new base T (18/0); total (33/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.03e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AACGGCCTCCAGTTCAGCATCAACATCATCCAGAATGATATTTCCTGCGACAGCAATTTCCAGCTCCTTTGCAAATTGCCAGTGGAAAGGTTTGCCGCTGGGATAACGAAAAACAACACATTGATGATTAAGCAGATCATGAGGATGGCGGGGTTTGCCATATCTTGCAAAGTACTCTGGCGTTGCTGCTACACATAATTTCACTGGCGGGCCGATCG‑CCACGCTGATCATATCTTTTTCGACGATGCAACTAAGTCGAACGCCAGCGTC‑AAAGCCCTGTTGGACGATATCGACAAGAGAGTCGTCAGTTGTGAGCTCGACTTTAATATCAGGATATTCACGTGTGAAACCAA‑CCAGTAAAGACATTAAAAATATACGTGCAGC‑TACCCGGGCGGCATTGATTTTGAGCGTTCCTGTCGGTGTCAGACGAAAATCATTCATCTCATCTAACATGATCTGAATTTCGTCGAAAGCTGGGCGCAATCGTTCA > NC_000913/948879‑949368 | aaCGGCCTCCAGTGCAGCATCAAAATCAGCCTGAATGATATTTCCTGCGACAGCAATTGCCAGCTCCCTTGCAAATTGCCAGTGGAAAGGTTTGCCGCTGGGATAACGAAAAACAACACATTGATGATTAAGCAGATCATGAGGATGGCTGGGTTTGCCATATCTTGCAAAGTACTCTGGCGTTGCTGCTACACAGAATTTCGCTGGCGGGCCGATCG‑CCACGCTGATCATATCTTTTTCGACGATGCAAc < 2:617097/251‑1 (MQ=255) aGTTCAGCATCAACATCATCCAGAATGATATTTCCTGCGACAGCAATTTCCAGCGCCTTTGCAAATTGCCAGTGGAAAGGTTTGCCGCTGGGATAACGAAAAACAACACATTGATGATTAAGCAGATCATGAGGATGGCGGGGTTTGCCATATCTTGCAAAGTACTCTGGCGTTGCTGCTACACATAATTTCACTGGCGGGCCGATCG‑CCACGCTGATCATATCTTTTTCGAAGATGCAACTAAGTCGAAc < 2:596754/251‑1 (MQ=255) tCAACATCATCCAGAATGATATTTCCTGCGACAGCAATTTCCAGCTCCTTTGCAAATTGCCAGTGGAAAGGTTTGCCGCTGGGATAACGAAAAACAACACATTGATGATTAAGCAGATCATGAGGATGGCGGGGTTTGCCATATCTTGCAAAGTACTCTGGCGTTGCTGCTACACATAATTTCACTGGCGGGCCGATCG‑CCCCCCTGATCATATCTTTTTTGACGGTGCAAATAAGTCGAAAGCCCGCGTc > 1:302182/1‑251 (MQ=255) cAACATCATCCCGCATTATAGTTCCTGCGACAGCAATTTCCAGCTCCTTTGCAAATTGCCAGTGGAAAGGTTTGCCGCTGGGAGAACGAAAAACAACACATTGATGATTAAGCAGATCATGAGGATGGCGGGGTTTGCCATATCTTGCAAAGTTCTCTGGCGTTGCTGCTACACATAATTTCACTGGCGGGCCGATCG‑CCACGCTGATCATATCTTTTTCGACGATGCAACTAAGTCCAACGCCAGCGTc < 2:474514/250‑1 (MQ=255) aCATCATCCAGAATGATATTTCCTGCGACAGCAATTTCCAGCTCCTTTGCAAATTGCCAGTGGAAAGGTTTGCCGCTGGGATAACGAAAAACAACACATTGATGATTAAGCAGATCATGAGGATGGCGGGGTTTGCCATATCTTGCAAAGTACTCTGGCGTTGCTGCTACACATAATTTCACTGGCGGGCCGATCG‑CCACGCTGATCATATCTTTTTCTACGATGCAACTAAGTCGAACGCCAGCGTC‑aa > 1:171541/1‑250 (MQ=255) ccAGAATGATATTTCCTGCGACAGCAATTTCCAGCTCCTTTGCAAATTGCCAGTGGAAAGGTTTGCCGCTGGGATAACGAAAAACAACACATTGATGATTAAGCAGATCATGAGGATGGCGGGGTTTGCCATATCTTGCAAAGTACTCTGGCGTTGCTGCTACACATAATTTCACTGGCGGGCCGATCG‑CCCCGCTGGTCATATCTTTTTTGACGATGCAACTAAGACGAAAGCCAGCGTC‑AAAACCCTGt > 1:322000/1‑251 (MQ=255) aGAATGATATTTCCTGCGACAGCAATTTCCAGCTCCTTTGCAAATTGCCAGTGGAAAGGTTTGCCGCTGGGATAACGAAAAACAACACATTGATGATTAAGCAGATCATGAGGATGGCGGGGTTTGCCATATCTTGCAAAGTACTCTGGCGTTGCTGCTACACATAATTTCACTGGCGGGCCGATCG‑CCACGCTGATCATATCTTTTTCGACGATGCAACTAAGTCGAACGCCAGCGTC‑AAAGCCCTGTTg < 1:438541/251‑1 (MQ=255) 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AACGGCCTCCAGTTCAGCATCAACATCATCCAGAATGATATTTCCTGCGACAGCAATTTCCAGCTCCTTTGCAAATTGCCAGTGGAAAGGTTTGCCGCTGGGATAACGAAAAACAACACATTGATGATTAAGCAGATCATGAGGATGGCGGGGTTTGCCATATCTTGCAAAGTACTCTGGCGTTGCTGCTACACATAATTTCACTGGCGGGCCGATCG‑CCACGCTGATCATATCTTTTTCGACGATGCAACTAAGTCGAACGCCAGCGTC‑AAAGCCCTGTTGGACGATATCGACAAGAGAGTCGTCAGTTGTGAGCTCGACTTTAATATCAGGATATTCACGTGTGAAACCAA‑CCAGTAAAGACATTAAAAATATACGTGCAGC‑TACCCGGGCGGCATTGATTTTGAGCGTTCCTGTCGGTGTCAGACGAAAATCATTCATCTCATCTAACATGATCTGAATTTCGTCGAAAGCTGGGCGCAATCGTTCA > NC_000913/948879‑949368 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |