| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 3,110,591 | Δ24,234 bp | [yghD]–yghT | 20 genes [yghD], yghE, yqhJ, yghF, yghG, pppA, yghJ, glcA, glcB, glcG, glcF, glcE, glcD, glcC, yghO, insH9, yghQ, yghR, yghS, yghT |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 3110591 | 3134824 | 24234 | 63 [0] | [1] 65 | [yghD]–yghT | [yghD],yghE,yqhJ,yghF,yghG,pppA,yghJ,glcA,glcB,glcG,glcF,glcE,glcD,glcC,yghO,insH9,yghQ,yghR,yghS,yghT |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3110590 | 0 (0.000) | 63 (0.710) | 55/490 | 0.3 | 100% | coding (537/537 nt) | yghD | putative type II secretion system M‑type protein YghD |
| ? | NC_000913 | 3134825 = | 0 (0.000) | intergenic (+2/+47) | yghT/pitB | putative ATP‑binding protein YghT/metal phosphate:H(+) symporter PitB | |||||
CGTTTCACTGGATGGCGAGCCATAAGCCTGATCTGGTCATCAAACTCAATGTTGACCTTGAAGTTGCCTGTGCACGTAAACCCGACCATAAACGGGAATCGCTGGCGAGGAAGATTGCCATAACGCCACAGTTAACCTTTGGTGGTGCACAACTGGTTGATATCGATGCCAATCAGCCACTGGAACAGGTGTTGGTTGATGCAGAAAAAGCGATTACGGATTTTATGACCGCGCGTGGTTATCACTAGTCAAAAATGGAAATGCCCGATCGCCAGGACCGGGCATTTTCAGGAAGGTTAAATCAACTGCAATGCTATCCAGTACAGCCCACCAGAAAGAAAAATTGCCGCCGGTAAAGTAAATACCCACGCCATCAGGATGCTGGTTACCGTTTTACGCTGTAACCCACCGCCGTCCACCACCATCGTCCCTGCAACTGCAGACGAGAGGACGTGTGTTGTGGAGACGGGCATCCCAATATAACTGGCAAGACCGAT > NC_000913/3134576‑3135072 | gaatcaggtttaatgcgccccgttgcccggatagctcagtcggtagagcaggggattgaaaatccccgtgtccttggttcgattccgagtccgggcaccactaattcttaagaacccgcccacaaggcgggtttttgcttttggatctgacaataaccttcacgaaaaaaattagcttataaagtctgggggaattactctcgccacgttaacgagagtaattttattgatattaatctcctgatacttc > 1:672618‑M2/250‑250 (MQ=255) aatgcgccccgttgcccggatagctcagtcggtagagcaggggattgaaaatccccgtgtccttggttcgattccgagtccgggcaccactaattcttacgaacccgcccacaaggcgggtttttgcttttggatctgacaataaccttcacgaaaaaaattagcttataaagtctgggggaattactctcgccacgttaacgtgagtaattttattgatattaatctcctgatacttCAAAAATGGAAAt > 1:354914‑M2/239‑251 (MQ=255) cccgttgcccggatagctcagtcggtagagcaggggattgaaaatccccgtgtccttggttcgattccgagtccgggcacctctaattcttaagaacccgcccacaaggcgggtttttgcttttggatctgacaataaccttcacgaaaaaaattagcttataaagtctgggggaattactctcgccacgttaacgagagtaattttattgatattaatctcctgatacttCAAAAATGGAAATGCCCGAt < 1:30887‑M2/20‑1 (MQ=255) gttgcccggatagctcagtcggtagagcaggggattgaaaatccccgtgtccttggttcgattccgagtccgggcaccactaattcttaagaacccgcccacaaggcgggtttttgcttttggatctgacaataaccttcacgaaaaaaattagcttataaagtctgggggaattactctcgccacgttaacgagagtaattttattgatattaatctcctgatacttCAAAAATGGAAATGCCCGATCGc < 1:490462‑M2/23‑1 (MQ=255) atagctcagtcggtagagcaggggattgaaaatccccgtgtccttggttcgattccgagtccgggcaccactaattcttaagaacccgcccacaaggcgggtgtttgcttttggatctgacaatacccttcactaaaaaaagtagcttataaagtctgggggaattactctcgccacgttaacgagagtaagtgtattgatattaaactcctgatacggcaaaaatggaaatagacgaacgacaggaccgg < 2:596685‑M2/32‑20 (MQ=255) gcaggtgattgaaaatccccgtgtccttggttcgattccgagtccgggcaccactaattcttaagaacccgcccacaaggcgggtttttgcttttggatctgacaataaccttcactaaaaaaattagcttataaagtctgggggaattactctcgccacgttaacgagagtaattttattgatattaatctcctgatacttCAAAAATGGAAATGCCCGATCGCCAGGACCGGGCATTTTCAGGAAGGtt < 1:656061‑M2/49‑1 (MQ=255) ttgaaaatccccgtgtccttggttcgattccgagtccgggcaccactaattcttaagaacccgcccacaaggcgggtttttgcttttggatctgacaataaccttcacgaaaaaaattagcttataaagtctgggggaattactctcgccacgttaacgagagtaattttattgatattaatctcctgatacttCAAAAATGGAAATGCCCGATCGCCAGGACCGGGCATTTTCAGGAAGGTTAAATCAAc > 1:451684‑M2/195‑251 (MQ=255) atccccgtgtccttggttcgattccgagtccgggcaccactaattcttaagaacccgcccacaaggcgggtttttgcttttggatctgacaataaccttcacgaaaaaaattagcttataaagtctgggggaattactctcgccacgttaacgagagtaattttattgatattaatctcctgatacttCAAAAATGGAAATGCCCGATCGCCAGGACCGGGCATTTTCAGGAAGGTTAAATCAACTGCAAt < 1:125777‑M2/63‑1 (MQ=255) ccccgtgtccttggttcgattccgagtccgggcaccactacttcttaagcacccgcccacaaggcgggtttttgcttttggatctgacaataaccttcacgaaaaaaattagcttataaagtctgggggaattactctcgccacgttaacgagagtaattttattgatattaatctcctgatacttCAAAAATGGAAATGCCCGATCGCCAGGACCGGGCATTTTCAGGAAGGGTAAATCAACTGCAATGc > 2:404439‑M2/187‑251 (MQ=255) gtccttggttcgactccgagtccggtcaccactaattctgaagaacccgcccacaaggcgggtttttgcttttggatctgacaataacctacacgaaaaaaattagcttataaagtctggggtaattactctctccacgttaacgagagtaattttattgatattaatctcctgatacgtCAAAAAGGGAAATGCCCGATCGCCAGGACCGGGCATTTGCAGGAAGGTTAAATCAACTGCAATGCTATcc < 2:187242‑M2/70‑1 (MQ=255) 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gatctgacaataaccttcacgaacaaaattagcttataaagtctgggggaattactctcgccacgttaacgagagtaattttattgatattaatctcctgatacttCAAAAATGGAAATGCCCGATCGCCAGGACCGGGCATTTTCAGGAAGGTTAAATCAACTGCAATGCTATCCAGTACAGCCCACCAGAAAGAAAAATTGCCGCCGGTAAAGAAAATACCCACGCCATCAGGATGCTGGTTACCGttt > 1:521271‑M2/107‑251 (MQ=255) gatctgacaataaccttcacgaaaaaaattagcttataaagtctgggggaattactctcgacacgttaacgagagtaattttattgatattaatctcctgatacttCAAAAATGGAAATGCCCGATCGCCAGGACCGGGCATTTTCAGGAAGGTTAAATCAACTGCAATGCTATCCAGTACAGCCCACCAGAAAGAAAAATTGCCGTCGGTAAAGTAAATACCCACGCCATCAGGATACTGGTTACCGttt > 2:250870‑M2/107‑251 (MQ=255) actgacaaaatccttcccgaaaaaaattagtgtataaagtctgggggaattactctcgccacgttatagagagtaattttatagatataaatctcctgatacttCAAAAATGGAAATGCCCGATCGCCAGGACCGGGCATTGTCAGGAAGGTTAAATCACCTCCAATGCTATCCAGTCCAGCCCCCCAGAAAGAAAATTTGCCGCCGGTAAAGTAAATACCCACGCCATCAGGATGCTGGTTACCGTTTTa < 2:64613‑M2/147‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |