| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,048,805 | Δ48,085 bp | [gfcB]–ycdU | 45 genes [gfcB], gfcA, insA4, insB4, cspH, cspG, ymcF, ymcE, gnsA, yccM, torS, torT, torR, torC, torA, torD, cbpM, cbpA, yccE, agp, yccJ, wrbA, ymdF, rutG, rutF, rutE, rutD, rutC, rutB, rutA, rutR, putA, ymdG, putP, efeO, efeB, phoH, pgaD, pgaC, pgaB, pgaA, dgcT, insF4, insE4, ycdU |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1048805 | 1096889 | 48085 | 73 [0] | [0] 72 | [gfcB]–ycdU | [gfcB],gfcA,insA4,insB4,cspH,cspG,ymcF,ymcE,gnsA,yccM,torS,torT,torR,torC,torA,torD,cbpM,cbpA,yccE,agp,yccJ,wrbA,ymdF,rutG,rutF,rutE,rutD,rutC,rutB,rutA,rutR,putA,ymdG,putP,efeO,efeB,phoH,pgaD,pgaC,pgaB,pgaA,dgcT,insF4,insE4,ycdU |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1048804 | 0 (0.000) | 73 (0.820) | 63/488 | 0.1 | 100% | coding (529/645 nt) | gfcB | lipoprotein GfcB |
| ? | NC_000913 | 1096890 = | 0 (0.000) | intergenic (+61/+675) | ycdU/serX | uncharacterized protein YcdU/tRNA‑Ser | |||||
AGTGATGTGGATTACGCTGGTGTCGGTATTGGCAACGCTTGTAGAATGGCGGATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGGCACCCGGTGTGTGCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGG‑TGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCG > NC_000913/1096640‑1097123 | acaacattttccacggggcaaccggaaggtttaggttgttcaccaggcagataaatagtcgccgttccttgcgcaaaggcatggggtgtcattacgtaaagtacgctggcaatgaaatacgactggaatttattcatggtgcgggtttaagaaccgtcatttctacgggaataacccctgcgcctaacatttgccgactttggcgaacctggccagtggccgaatcgtcccagaatgtgttttgccactga < 2:621837‑M2/1‑1 (MQ=255) caacattttccacggggccaacggaaagtgtctgttgttcaccaggcagataaatagtcaccgttccttgcgcaaaggcatggggtgtcattacgtaaagtacgctggcaatgaaatacgactgtaatttattcatggtgcgggtttaagaaacgtcatttctacgggaataacccctgcgcctaacatttgccgactttgacgaacctggccagtagccgaatcgacccagaatgtgttttgccactgAt < 1:280786‑M2/2‑1 (MQ=255) caacattttccacggggccaacggaaagtgtctgttgttcaccaggcagataaatagtcaccgttccttgcgcaaaggcatggggtgtcattacgtaaagtacgctggcaatgaaatacgactgtaatttattcatggtgcgggtttaagaaacgtcatttctacgggaataacccctgcgcctaacatttgccgactttgacgaacctggccagtagccgaatcgacccagaatgtgttttgccactgAt > 1:537951‑M2/250‑251 (MQ=255) aacattttccaaggggccaacggaaggtgtctgatgttcaaaccacagataaatagtcaccgttccttgcgcaaaggcatggggtgtcattacgtaaagtacgctggcaatgaaatgcgactgtaatttattcatggagcgggattaagaaacgtcatttatacgggattaacccctgcgcctaacatttgccgactttgacgaacctggccagtagacgaatcgacccagaatgtgttttgccactgAtt > 2:50172‑M2/249‑251 (MQ=255) acattttccacggggccaacggaaagtgtctgttgttcaccaggcagataaatagtcaccgttccttgcgcaaaggcatggggtgtcattacgtaaagtacgctggcaatgacatacgactgtaatttattcatggtgcgggtttaagaaacgtcatttctacgggaataacccctgcgactaacatttgccgactttgacgaacctggccagtagccgactcgcaccagcatgtgttttggcactgAttg > 2:398458‑M2/248‑251 (MQ=255) attttccacggggccaacggaaagtgtctgttgttcaccaggcagataaatagtcaccgttccttgcgcaaaggcatggggtgtcattacgtaaagtacgctggcaatgaaatacgactgtaatttattcatggtgcgggtttaagaaacgtcatttctacgggaataacccctgcgcctaacatttgccgactttgacgaacctggccagtagccgaatcgacccagaatgtgttttgccactgAttgtt < 1:270115‑M2/6‑1 (MQ=255) tccacggggccaacggaaagtgcctgttggtcaccagtcagataaatagtcaccgtttcttgcgcaaaggcatggggtatcattacgtaaagtacgctggcaaggaaattcgactgtaatttagtcatggtgcgggtttaagaaacgtcaattctacgggaatagcccccgcgcctaacagctgccttctttgacgaacctggccagtagccgaagcgacccagaatgtgttttgccactgATTGTTGAc < 2:35800‑M2/9‑1 (MQ=255) 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ggggccaacggaaagtgtctgttgttcaccaggcagataaatagtcaccgttccttgcgcaaaggcatggggtgtcattacgtaaagtacgctggcaatgaaatacgactgtaatttattcatggtgcgggtttaagaaacgtcatttctacgggaataacccctgcgcctaacatttgccgactttgacgaacctggccagtagccgaatcgacccagaatgtgttttgcctctgATTGTTGACTGAGTa < 2:605458‑M2/15‑1 (MQ=255) ggccaacggaaagtgtctgtttttcaccaggnagataaatagtcaccgttccttgcgcaaaggcatgtggtgtcattacgtaaagtacgctggcaatgaaatacgactgtaatttattcatggtgcgggtttaagaaacgtcatttctacgggaataacccctgcgcctaacatttgccgactttgacgaacctggccagtagccgaatcgacccagaatgtgttttgccactgATTGTTGACTGAGTAAc < 2:366774‑M2/17‑1 (MQ=255) ccaacggaaagtgtctgtggttcgccaggcagataaatagtcaccgttccttgcgaaaaggcatgtggtgtcattacgtaaagtacgctggcaatgaaatacgactgtaatttattcatagtgcgggtttaagaaacgtcatttctacgggaataacccctgcgcctaacattttccgactttgacgaaactggccagtagtcgaatcgacccagaatgagttatgccactgATTGTTGACTTAGTAACCa < 2:271651‑M2/19‑1 (MQ=255) caatggaaatggtctgttgttcaccagtcagagaaaaagacaccgttccttgcgcaaaggcattgggtgtcattacgtaaagtacgctggcaatgaaatacgactgtaatttatgcatggtgcgggtttaagaaacgtcatttctacgggaataacccctgcgactaacatttgccgactttgacgaacctggccagtagccgaatcgacccagaatgtgttttgcccctgATTGTTGACTGAGTACCCAg < 2:460556‑M2/20‑1 (MQ=255) aacggaaagtgtctgttgttcaccaggcagatagatagtcaccgttccttgcgcaaaggcatggggtgtcattacgtaaagtacgctggcaatgaaatacgactgtaatttattcatggtgcgggtttaagaaacgtcatttctacgggaataacccctgcgcctaacatttgccgactttgacgaacctggccagtagccgaatcgacccagaatgtgttttgccactgATTGTTGACTGAGTAAcc > 1:18252‑M2/231‑248 (MQ=255) gtgtctgttgttcaccaggcagataaatagtcaccgttccttgcgcaaaggcatggggtgtcattacgtaaagtgcgctggcaatgaaatacgactgtaatttattcatggtgcgggtttaagaaacgtcatttctacgggaataacccctgcgcctaacatttgccgactttgacgaacctggccagtagccgaatcgacccagaatgtgttttgccactgATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGAt < 2:387968‑M2/29‑1 (MQ=255) gtgtctgttgttcaccaggcagataaatagtcaccgttccttgcgcaaaggcatggggtgtcattacgtaaagtacgctggcaatgaaatacgactgtaatttattcatggtgcgggtttaagaaacgtcatttctacgggaataacccctgcgcctaacatttgccgactttgacgaacctggccagtagccgaatcgacccagaatgtgttttgccactgATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGAt > 1:118018‑M2/223‑251 (MQ=255) gtgtctgttgttcaccaggcagataaatagtcaccgttccttgcgcaaaggcatggggtgtcattacgtaaagtacgctggcaatgaaatacgactgtaatttattcatggtgcgggtttaagaaacgtcatttctacgggaataacccctgcgcctaacatttgccgactttgacgaacctggccagtagccgaatcgacccagaatgtgttttgccactgATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGAt < 2:212776‑M2/29‑1 (MQ=255) tgtctgttgttcaccaggcagctaaatagtcaccgttccttgcgcaaaggcatggggtgtcattacgtaaagtacgctggcaatgaaatacgactgtaatttattcatggtgcgggtttaagaaacgtcatttctacgggaataacccctgcgcctaacatttgccgactttgacgaacctggccagtagccgaatcgacccagaatgtgttttgccactgATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGAt < 2:2052‑M2/29‑1 (MQ=255) tctgttgttcaccaggcagataaatagtcaccgttccttgcgcaaaggcatggggtgtcattacgtaaagtacgctggcaatgaaatacgactgtaatttattcatggtgcgggtttaagaaacgtcatttctacgggaataacccctgcgcctaacatttgccgactttgacgaacctggccagtagccgaatcgacccagaatgtgttttgccactgATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGAtgtg > 1:373711‑M2/220‑251 (MQ=255) ctgttgttcaccaggcagataaatagtcaccgttccttgcgcaaaggcatggggtgtcattacgtaaagcacgctggcaatgaaatacgactgtaatttattcatggtgcgggtttaagaaacgtcatttctacgggaataacccctgcgcctaacatttgccgactttgacgaacctggccagtagccgaatcgacccagaatgtgttttgctactgATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGGTGGTGTGc > 2:391391‑M2/219‑251 (MQ=255) gttcaccaggcagataaatagtcaccgttccttgcgcaaaggcatggggtgtcattacgtaaagtacgctggcaatgaaatacgactgtaatttattcctggtgcgggtttaagaaacgtcatttctacgggaataacccctgcgcctaacatttgccgactttgacgaacctggccagtagccgaatcgacccagaatgtcttttgccactgATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGAt < 1:401157‑M2/38‑1 (MQ=255) 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agataaatagtcaccgttccttgcgcaaaggcatggggtgtcattacgtaaagtacgctggcaatgaaatacgactgtaatttattcatggtgcgggtttaagaaacgtcatttctacgggaataacccctgcgcctaacatttgccgactttgacgaacctggccagtagccgaatcgacccagaatgtgttttgccactgAttgtt > 1:122181‑M2/203‑208 (MQ=255) taaatagtcaccgttacttgcgcaaaggcatggggtgtcattccgtaaagtacgctggccatgaaatacgactgtaatttattcatggtgcgggtttaagaaacgtcatttctacgggaataacccctgcgcctaacatttgccgactttgacgaacctggccagtagccgaatcgacccagaatgtgttttgccactgATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGATTTACCCTCGCCCt > 2:313935‑M2/200‑250 (MQ=255) aaatagacacagttccttgcgcaaaggcatggggtgtcattacgtaaagtacgctggcaatgaaatacgactgcaatttattcatggtgcgggtttaagaaacgtcatttctacgggaataacccctgcgcctaacatttgccgactttgacgcacctggccagtagccgaatcgaaccagactgtgttttgccactgATTTTTGACTTAGTAACCCGACAGTTAATGTGCACGATTTCCACTCGGCCTa > 2:719530‑M2/199‑250 (MQ=255) accgttccttgcgcaaaggcatggggtgtcattacgtaaagtccgctggcaatgaaatacgactgtaatttattcatggtgcgggtttaagaaacgtcatttctacgggaataccccctgcgcctaacatttgccgactttgacgaacctggccagtagccgaatcgacccagcatgtgttttgccactgATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAAAAGCCGTg > 2:298030‑M2/191‑251 (MQ=255) tccttgcgcaaaggcatggggtgtcattacgtaaagtacgctggcaatgaaatacgactgtaatttattcatggtgcgggtttaagaaacgtcatttctacgggaataacccctgcgcctaacatttgccgactttgacgaacctggccagtagccgaatcgacccagaatgtgttttgccactgATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCgg > 1:506212‑M2/186‑251 (MQ=255) ggcaaaggcatggggtgtcattacgtaaagtacgctggcaatgaaatacgactgtaatttattcatggtgcggggttaagaaacgtcatttctacgggaataacccctgcgcctaacatttgccgactttgacgaacctggccagtagccgaatcgacccagaatgtgttttgccactgATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGGTGATGTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGGCAc < 2:518973‑M2/72‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |