| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 890,913 | Δ18,382 bp | [ybjC]–[ltaE] | 21 genes [ybjC], nfsA, rimK, ybjN, potF, potG, potH, potI, ybjO, rlmC, artJ, artM, artQ, artI, artP, ybjP, ybjQ, amiD, ybjS, ybjT, [ltaE] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 890913 | 909294 | 18382 | 78 [0] | [0] 78 | [ybjC]–[ltaE] | [ybjC],nfsA,rimK,ybjN,potF,potG,potH,potI,ybjO,rlmC,artJ,artM,artQ,artI,artP,ybjP,ybjQ,amiD,ybjS,ybjT,[ltaE] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 890912 | 0 (0.000) | 78 (0.880) | 70/490 | 0.1 | 100% | intergenic (‑159/‑1) | grxA/ybjC | reduced glutaredoxin 1/DUF1418 domain‑containing protein YbjC |
| ? | NC_000913 | 909295 = | 0 (0.000) | intergenic (‑1/+36) | ltaE/poxB | low‑specificity L‑threonine aldolase/pyruvate oxidase | |||||
CGCGGCCTGACCGACAATATACTCTTCGCCGCGTTCGCAGTGACTGAGCAGAGCGACCAGGTTGGCCTGAGTGCCGGTAGGCAGAAAAATGGCGGCTTCTTTACCGGAAAGCTCTGCTGCGTAGTCCTGCAGAGCATTAACGGTAGGGTCGTCTCCGTAAACGTCGTCCCCAACCGGGGCGGCCATCATCGCTTCGAGCATGGCGCGGCTTGGTCGGGTAACGGTATCACTGCGTAAATCAATCATGGCATGTCCTTATTATGACGGGAAATGCCAC‑CCTTTTTACCTTAGCCAGTTTGTTTTCGCCAGTTCGATCACTTCATCACCGCGTCCGCTGATGATTGCGCGCAGCATATACAGGCTGAAACCTTTGGCCTGTTCGAGTTTGATCTGCGGTGGAATGGCTAACTCTTCTTTGGCGACCACCACATCCACCAACACCGGACCGTCGATGGAGAAGGCGCGTTGCAGGGCTTCATCAACTTCAGACGCTT > NC_000913/909049‑909542 | atcgcgttcattgctcaatttctcagccagatcttttgcacgcacacagtaagggcaacccgaacgaccaaaaataacggtttgcattatttctctcctcatagatttatgcctgtaatgatcacgctaaaatgtattcgctgaaagtaggtttaacctgttgcattaattgctaaaagctataactgttaaacacaatacagtgaaaagttttagactgaaggctcactttgcagagggaagcgtGGCAt < 1:25644‑M2/5‑1 (MQ=255) attgctcaatttctcagccagatcttttgcacgcacacagtaagggcaacccgaacgaccaaaaataacggtttgcattatttctctcctcatagatttatgcctgtaatgatcacgctaaaatgtattcgctgaaagtaggtttaacctgttgcattaattgctaaaagctataactgttaaacacaatacagtgaaaagttttagactgaaggctcactttgcagagggaagcgtGGCATGTCCttatt > 2:237949‑M2/238‑251 (MQ=255) tcaatttctcanccagatcttttgcacgcacacagtaagggcaacccgaacgaccaaaaataacggtttgcattatttctctcctcatagatttatgcctgtaatgatcacgctaaaatgtattcgctgaaagtaggtttaacctgttgcattaattgctaaaagctataactgttaaacacaatacagtgaaaagatttagactgaaggctcactttgcagagggaagcgtGGCATGTCCTTATTATGAc > 1:110539‑M2/233‑251 (MQ=255) aatttctcagccagatcttttgcacgcacacagtaagggcaacccgaacgaccaaaaataacggtttgcattatttctctcctcatagatttatgcctgtaatgatcacgctaaaatgtattcgctgaaagtaggtttaacctgttgcattaattgctaaaagctataactgttaaacacaatacagtgaaaagttttagactgaaggctcactttgcagagggaagcgtGGCATGTCCTTATTATGACgg > 1:429140‑M2/231‑251 (MQ=255) cagccagatcttttgcacgcacacagtaagggcaacccgaacgaccaaaaataacggtttgcattatttctctcctcatagaattatgcctgtaatgatcacgctaaaatgtattcgctgaaagtaggtttaacctgttgcattaattgctaaaagctataactgttaaacacaatacagtgaaaagttttagactgaaggctcactttgcagagggaagcgtGGCATGTCCTTATTATGACGGGAAAt < 2:152172‑M2/26‑1 (MQ=255) agccagatcttttgcacgcacacagtaagggcaacccgaacgaccaaaaataacggtttgcattatttctctcctcatagatttatgcctgtaatgatcacgctaaaatgtattcgctgaaagtaggtttaacctgttgcattaattgctaaaagctataactgttaaacacaatacagtgaaaagttttagactgaaggctcactttgcagagggaagcgtGGCATGTCCTTATTATGACGGGAAATGcc > 1:155805‑M2/223‑251 (MQ=255) ccagatcttttgcacgcacacagtaagggcaacccgaacgaccaaaaataacggtttgcattatttctctcctcatagatttatgcctgtaatgatcacgctaaaatgtattcgctgaaagtaggtttaacctgttgcattaattgctaaaagctataactgttaaacacaatacagtgaaaagttttagactgaaggctcactttgcagagggaagcgtGGCATGTCCTTATTATGACGGGAAATGCCAc > 1:80935‑M2/221‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |