Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,985,726 | A→G | intergenic (‑134/‑121) | yqeF ← / → yqeG | putative acyltransferase/putative transporter YqeG |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,985,726 | 0 | A | G | 97.6% | 140.8 / NA | 43 | intergenic (‑134/‑121) | yqeF/yqeG | putative acyltransferase/putative transporter YqeG |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (21/19); total (23/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
AACGCTTTCACGACCAGACTACCAAGTTCCACGGCGGAATGACCCGCTAACGCACCACGAAAGCAGCCGATAGGTGTCCGTAACGCCCCGACAATCACAACGTCTTTCATCACAACCTCGCACCAATTAACAGTGCAATAGTAAATGATTGTTAATTACAGTTATCTTAATTGTTTAAAAAAAGTGATTTTTATCACAAAGGAAATATGCCTGAGCAGCAGTCAGAGACATAACTGGCACGTAAGGTTTGCAACCACTAACCCACCAATAGAGGGGTAGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCAGATAATGTCTAATATTTGGTCTAAAGAAGAAACTCTGTGGAGTTTCGCGCTCTACGGCACAGCCGTTGGTGCAGGCACGCTCTTCCTTCCTATTCAGTTAGGTTCGGCAGGGGCTGTG > NC_000913/2985483‑2985960 | aaCGCTTCCACGACCAGACTACCAAGTTCCACGGCGGAATGACCCGCTAACGCACCACGAAAGCAGCCGATAGGTGTCCGTAACGCCCCGACAATCACAACGTCTTTCATCACAACCTCGCACCAATTAACAGTGCAATAGTAAATGATTGTTAATTACAGTTATCTTAATTGTTTAAAAAAAGTGATTTTTATCACAAAGGAAATATGCCTGAGCATCAGTCAGAGACATAACTGGCACGTAGGGTTTGc < 2:250386/251‑1 (MQ=255) aCGCTTTCACGACCAGACTACCAAGTTCCACGGCGGAATGACCCGCTAACGCCCCACGAAAGCAGCCGATAGGTGTCCGTAACGCCCCGACAATCACAACGTCTTTCATCACAACCTCGCACCAATTAACAGTGCAATAGTAAATGATTGTTAATTACAGTTATCTTAATTGTTTAAAAAAAGTGATTTTTATCACAAAGGAAATATGCCTGAGCAGCAGTCAGAGACATAACTGGCACGTAGGGTTTGc > 1:258283/1‑250 (MQ=255) tttCACGACCAGACTACCAAGTTCCACGGCGGAATGACCCGCTAACGCACCACGAAAGCAGCCGATAGGTGTCCGTAACGCCCCGACAATCACAACGTCTTTCATCACAACCTCGCACCAATTAACAGTGCAATAGTAAATGATTGTTAATTACAGTTATCTTAATTGTTTAAAAAAAGTGATTTTTATCACAAAGGAAATATGCCTGAGCAGCAGTCANAGACATAACTGGCACGTAGGGTTTGCAAcc > 2:215070/1‑250 (MQ=255) cACGACCAGACTACCAAGTTCCACGGCGGAATGACCCGCTAACGCACCACGAAAGCAGCCGATAGGTGTCCGTAACGCCCCGACAATCACAACGTCTTTCATCACAACCTCGCACCAATTAACAGTGCAATAGTAAATGATTGTTAATTACAGTTATCTTAATTGTTTAAAAAAAGTGATTTTTATCACAAAGGAAATATGCCTGAGCAGCAGTCAGAGACATAACTGGCACGTAGGGTTTGCAACCACTa < 1:169906/251‑1 (MQ=255) 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aaCGCCCCGACAATCACAACGTCTTTCATCACAACCTCGCACCAATTAACAGTGCAATAGTAAATGAATGTTAATTACAGTTATCTTAATTGTTTAAAAAAAGTGATTTTTATCACAAAGGAAATATGCCTGAGCAGCAGTCAGAGACATAAATGGCACGTAGGGTTAGCAACCACTAACCCACCAATAGAGGGGCAGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCAt > 2:259927/1‑251 (MQ=255) aCGCCCCGACAATCACAACGTCTTTCATCACAACCTCGCACCAATTAACAGTGCAAGAGTAAATGATTGTTAATTACAGTTATCTTAATTGTTTAAAAAAAGTGAGTTTTATCACAAAGGAAATATGCCTGAGCAGCAGTCAGATACATAACTGGCACGTAGGGTTTGCAACCACTAACCCACCAATAGATGGGTAGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCAtt < 2:170022/251‑1 (MQ=255) gCACCAATTAACAGTGCAATAGTAAATGATTGTTAATTACAGTTATCTTTATTGTTTAAAAAAAGTGATTTTTATCACAAAGGAAATATGCCTGAGCAGCAGTCAGAGACATAACTGGCACGTAGGGTTTGCAACCACTAACCCACCAATAGAGGGGTAGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCtaaaaaaaccc > 1:253584‑M1/1‑240 (MQ=255) 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1:215836‑M1/199‑22 (MQ=255) aTTTTTATCACAAAGGAAATATGCCTGAGCAGCAGTCAGAGACATAACTGGCACGTAGGGTTTGCAACCACTAACCCACCAATAGAGGGGTAGCTAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAACTTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGCTACGTTCtaaaaaaaccccgacatttgccggggttgtgagcataacgtaatgcttattttaccggacgcatcgccgggaacaga > 2:137101‑M1/1‑173 (MQ=255) tttttATCACAAAGGAAATATGCCTGAGCAGCAGTCAGAGACATAACTGGCACGTAAGGATTGCAACCACTAACCCACCAATAGAGGGGTAGATAGGGCGTTAATATCCCATACTTCACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCtaaataaaccccgacatttgccggggttgtgagcataacgtaatgcttattttaccggacgcatcgccggggacggaat > 2:38041‑M1/1‑172 (MQ=255) cacaAAGGAAATATGCCTGAGCAGCAGTCAGAGACATAACTGGCACGTAGGGTTTGCAACCACTAACCCACCAATAGAGGGGTAGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCtaaaaaaaccccgacatttgccggggttgtgagcataacgtaatgcttattttaccggacgcatcgccgggaacagaataacgtcg > 1:371145‑M1/1‑165 (MQ=255) 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agagACAGAACTGGCACGTAGGGTTTGCAACCACTAACCCACCAATAGAGGGGTAGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCtaaaaaaaccccgacatttgccggggttgtgagcataacgtaatgcttattttaccggacgcatcgccgggaacagaataacgtcgcggatggtatggctgttggtgaacagcat < 2:188257‑M1/251‑116 (MQ=255) aCATAACTGGCACGTAGGGTTTGCAACCACTAACCCACCAATAGAGGGGTAGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCtaaaaaaaccccgacatttgccggggttgtgagcataacgtaatgcttattttaccggacgcatcgccgggaacagaataacgtcgcggatggtatggctgtttgtgaacagcattacc > 2:49851‑M1/1‑132 (MQ=255) | AACGCTTTCACGACCAGACTACCAAGTTCCACGGCGGAATGACCCGCTAACGCACCACGAAAGCAGCCGATAGGTGTCCGTAACGCCCCGACAATCACAACGTCTTTCATCACAACCTCGCACCAATTAACAGTGCAATAGTAAATGATTGTTAATTACAGTTATCTTAATTGTTTAAAAAAAGTGATTTTTATCACAAAGGAAATATGCCTGAGCAGCAGTCAGAGACATAACTGGCACGTAAGGTTTGCAACCACTAACCCACCAATAGAGGGGTAGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCAGATAATGTCTAATATTTGGTCTAAAGAAGAAACTCTGTGGAGTTTCGCGCTCTACGGCACAGCCGTTGGTGCAGGCACGCTCTTCCTTCCTATTCAGTTAGGTTCGGCAGGGGCTGTG > NC_000913/2985483‑2985960 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |