Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,813,272 | 0 | C | T | 30.3% | 31.3 / 10.3 | 35 | S181L (TCG→TTG) | dfp | fused 4'‑phosphopantothenoylcysteine decarboxylase and phosphopantothenoylcysteine synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/21); new base T (10/0); total (14/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.13e-07 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
TGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCA‑TTTTTCGCCCGT‑CAACG‑ACCTGAAA‑CATCT‑GAACATTATGATTAC‑CGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGAT‑CCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACGCTGGTATCAGGTC‑CGGTTTCACTACCGACGCCACCGTTTGTTAAACGTGTTGATGTGATGACCGCGCTGGAAATGGAAGCCGCCGTGAATGCTTC > NC_000913/3813035‑3813521 | gggcgatggACCTGGTTTGGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCCCCTTTCGCCTTGCCCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCA‑TTTTTCGCCCGT‑CAACG‑Ac < 1:274601/243‑1 (MQ=255) gAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGGAGCGCA‑CTTTTTGCCCGT‑ccaccgcccg > 1:233516/1‑241 (MQ=255) tATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGGGCA‑TTTTTTGCCCGT‑ACACG‑ACCCGAAA‑AAACT‑Gaa > 1:185251/1‑250 (MQ=255) aTCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCC‑TTTTTTGCCCGT‑CAACG‑ACCCGAAA‑AATCT‑GAAc > 1:109005/1‑250 (MQ=255) acCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACAAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCACGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGGAACGGG‑CTTTTTGCCAGG‑CAACG‑ACCTGAAAACATCtcacaataatattacagcccgcccg > 1:183229/1‑226 (MQ=255) cctccacgtttgccctcgCTCCCCGGCAGTAACCAGCAGTTGTACCGTGCCGCTGCCCCGCAGCATAATTTAGAGGTGTTTGCTTCCCTTGGTTTGCTCATCGGGGGGCCGGACATTGGCATTCGGGTTTGTGGTGTTATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGACCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCTCA‑TTTTTCGCCCGT‑CAACG‑ACCTGAAA‑CATCT‑GAACATTATGATTAC‑CGCCGGCCCGAc < 2:56232/234‑1 (MQ=255) cgttgcctgtcccccccGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCGGCCACGCGGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGGCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGAGCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCA‑TTTTTCGCCCGT‑CAACG‑ACCTGAAA‑CATCT‑GAACATTATGATTAC‑CGCCGGCCCGACGCGTGaa < 1:33397/238‑1 (MQ=255) gtcccgctgccccccGCCATGAACCAGGAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTTCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCA‑TTTTTCGCCCGT‑CAACG‑ACCTGAAA‑CATCT‑GAACATTATGATTAC‑CGCCGGCCCGACGCGTGAAcc < 1:155714/240‑1 (MQ=255) gaggccttgacccccGCCAGGAACCAGAAGATGGACCGTGCCGCGGCCACGCAGCATAATTTAGAGGGGCTTGCTTCCCGTGGTTGGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGGCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTATCCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCA‑TTTTTCGCCCGT‑CAACG‑ACCTGAAC‑CATCT‑GAACATTATGATTTC‑CGCCGGCCCGACGCGTGAAcc < 1:231122/240‑1 (MQ=255) cgCCGTGCCCCCCGCCATGACCCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCCCGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCA‑TTTTTCGCCCGT‑CAACG‑CCCTGAAA‑CATCT‑GAACATTATGATTAC‑CGCCGGCCCGACGCGTGAACCGc < 1:67312/250‑1 (MQ=255) ccccccccGCCAGGAACCACCAGAGTTACCGTGCCGCTGCCCCGCAGCATAATTGAGGGGTGCTTGCTTCCCGTGTTTTTCTCATCTGGGGGCAAGACAGGGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCGGGGCGAATGCTCGTTCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCA‑TTTTTCGCCCGT‑CAACG‑CCCTGAAC‑CATCT‑GAACATTATGATTAC‑CGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGAt < 2:329/247‑1 (MQ=255) accaccagagttACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTCCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCA‑TTTTTCGCCCGT‑CAACG‑ACCTGAAA‑CATCT‑GAACATTATGATTAC‑CGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGAT‑CCGGTGCGTTATAtc < 1:200174/240‑1 (MQ=255) cgcagATGTCCCGTGCCCCTGCCCCGCAGCTTAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCA‑TTTTTCGCCCGT‑CAACG‑ACCTGAAA‑CATCT‑GAACATTATGATTAC‑CGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGAT‑CCGGTGCGTTATATctct < 1:351861/250‑1 (MQ=255) cagATGTCCCGTGCCGCTGCCCCGCAGCATAATTTAGAGGTGCTGGCTCCCTGGGGTTGGCGCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGGGGTGATATCGGTCTTGGGTGAATGCTCGATCCGTTAACCATGGTGGATAGGGCGGTAGCGCA‑TTTTCCGCCCGT‑CAACG‑ACCTGAAA‑TATCT‑GAACATTAGGATTAC‑CGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGAT‑CCGGTGCGTTATATCTCTaa < 1:270677/251‑1 (MQ=255) gATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGGGGGGGACTTTTTGGCCC‑T‑CAACGCACCTGAAA‑‑AACT‑GGACATTCTGATTACACGCCG‑CCCGGCGCGTGACACGCTCgcccccgggcgcgagaactctact > 2:58985/1‑227 (MQ=255) cGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGGGGC‑TTTTTTGCCCCT‑CCACA‑ACCTTAAA‑AATCC‑TAACATTATTATTAA‑CGCCCGCCCGCCGCGTGCAACGCTCCAT‑CCCGGGCGTTTCTTCTCTAATcacaaccc > 1:63252/1‑247 (MQ=255) cGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCA‑TTTTTTTCCCGC‑CAACG‑CCCTCAAA‑CATCTTGAA‑ATTTTGATTAC‑CGCCGGCCCGACCCGTGAACCCCTCGATTCCGGTG‑GGTATATCTCTAATtacaagcccggc > 1:77408/1‑242 (MQ=255) gCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCA‑TTTTTTGCCCCG‑CAACG‑ACCCTAAA‑CATCT‑GAACATTATTATTAC‑CGCCGGCCCCGCGCGTGAACCGCCCGAT‑CCGGTGCGCTTTATCTCTAATCACAGCTCCgggc > 1:290974/1‑248 (MQ=255) gggTGCTGGCTTCCCGTGGTTTGCTATTCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCGGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCA‑TTTTTCGCCCGT‑CAACG‑CCCTGAAA‑CATCT‑GAACATTATGATTAC‑CGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGAT‑CCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATcgccgcc < 1:231831/250‑1 (MQ=255) ggTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGATCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGGAGCGGA‑TTTTTTGCCCGC‑CAACG‑AACTGAAA‑CAACT‑GAAAAATATGATTAA‑CGCCGGGCCCACGCGGGGAACGCTCGAA‑CCGGTGCGTTTTTTCTCTAATCACAACTCCCGCGAGATGGGTTTTGTTATACCCGCCGCCGCTGCCCCTCGTgg > 1:306853/1‑251 (MQ=255) aGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCA‑ATTTTTGCCCGC‑CAAAG‑ACCTGAAA‑CATAT‑GAAAATTATGATTAC‑CGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCACGAT‑CCGGGGCGGTATATCTCTAATCACAACTCCGGCAAGATGGGGTTTGCGATCGCCGCCGCCGCGGCCCCGCGCGGCGCGAACggtacgccgggttcagg > 1:16365/1‑235 (MQ=255) gtggtgttatgggctcTGGGCTAATTCTCGTCCCGTAAACCATTGTGGATATGGCGGT‑GCCCC‑TGTTTCCCCCGGGCAACG‑CCCTGAAA‑CATCT‑GAACGTTATGATTAC‑CGCCGTCCCGACGCGTGAACCGCTCGAT‑CCGGTGCGTTATATCGCTAATCACAGCTCCGGAAAGATGGGTTTTGCTATCGCCTCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACGCTGGTATCAGGTC‑CGGTTTCACTAcc < 2:315542/235‑1 (MQ=255) 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gtccgcgccGTTACCCATGGTGGATGTGGGGGGAGCGCA‑TTTTGCCCCCGT‑CACCG‑ACCTGAAA‑CATCT‑GACAATTATGATTAC‑CGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGAT‑CCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGAGGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACGCTGGTATCAGGTC‑CGGTTTCACTACCGACGCCACCGTTTGTTAAACGTGtt < 2:381769/243‑1 (MQ=255) aTTGTGGATATGGCGGTAGCGCT‑TTGTCCGCCCTT‑CAACG‑ACCTGAAA‑CATCT‑GAACTGTATGATTAC‑CGCCGTCCCGACGCGTGAACCGCTCGAT‑CCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACGCTGGTATCAGGTC‑CGGTTTCACTACCGACGCCACCGTTTGTTAAACGTGTTGATGTGATGACCGCGCt < 2:63252/251‑1 (MQ=255) tgttggaagtGGCGGTGGCGTT‑TTTTTCGCCGGC‑CAACG‑ACTAGAAC‑CATCG‑GACCATTATGGTTAC‑CGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGAT‑CCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACGCTGGTATCAGGTC‑CGGTTTCACTACCGACGCCACCGTTTGTTAAACGTGTTGATGTGATGACCGCGCt < 2:371183/241‑1 (MQ=255) gATATGGCGGTAGCGCA‑TTTTTCGCCCGT‑CAACG‑ACCTGAAA‑CACCT‑GAACATTAGGATTAC‑CGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGAT‑CCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACGCTGGTATCAGGTC‑CGGTTTCACTACCGACGCCACCGTTTGTTAAACGTGTTGATGTGATGACCGCGCTGGAAAt < 1:61642/251‑1 (MQ=255) atGGCGGTAGCGCA‑TTTTTCGCCCGT‑CAACG‑ACCTGAAA‑CATCT‑GAACATTATGCTTAC‑CGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGAT‑CCGGGGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGGTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACGCTGGGATCAGGTC‑CGGTTTCACTACCGACGCCACCGTTTGTTAAACGGGGTGATGTGATGACCGCGCTGGAAATgg > 1:276553/1‑250 (MQ=255) tAGCGCA‑TTTTTCGCCCGT‑CAACG‑ACCTGAAA‑CATCT‑GAACATTATGATTAC‑CGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGAT‑CCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACGCTGGTATCAGGTC‑CGGTTTCACTACCGACGCCACCGTTTGTTAAACGTGTTGATGTGATGACCGCGCTGGAAATGGAAgccgcc > 1:298852/1‑251 (MQ=255) tttttAGCCCGG‑CAACG‑ACCTGAAA‑CATCT‑GCACATTATGATTAC‑AGCCGGCCCGACGCGTGAACAGCTCGAT‑CCGGCGCGTTATATCTCTAATCACAGCGCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCTCCGCTGCCCGTCGTGGCTCGAACGTCACGCTGGTATCAGGGCTCGGCT‑CACTACCGACCCCACCGTTTGCTAAACGTGTTGATGTGATGACCGCGCTGGAAATGGTAGCCGCAGTGactg > 2:466146/1‑248 (MQ=255) ccgcccgc‑cAACG‑ACTTGAAA‑CATCT‑GAACTTTTTGTTTAC‑CGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGAT‑CCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACGCTGGTATCAGGTC‑CGGTTTCACTACCGACGCCACCGTTTGTTAAACGTGTTGATGTGATGACCGCGCTGGAAATGGAAGCCGCCGTGAATGCTTc < 1:359280/250‑1 (MQ=255) | TGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCA‑TTTTTCGCCCGT‑CAACG‑ACCTGAAA‑CATCT‑GAACATTATGATTAC‑CGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGAT‑CCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACGCTGGTATCAGGTC‑CGGTTTCACTACCGACGCCACCGTTTGTTAAACGTGTTGATGTGATGACCGCGCTGGAAATGGAAGCCGCCGTGAATGCTTC > NC_000913/3813035‑3813521 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |