| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,628,340 | Δ10,127 bp | rspR–[cspI] | 17 genes rspR, ydfZ, ydfI, ydfJ, ynfT, ydfK, pinQ, tfaQ, stfQ, nohA, ynfO, ydfO, gnsB, ynfN, ynfR, ynfQ, [cspI] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1628340 | 1638466 | 10127 | 42 [0] | [0] 42 | rspR–[cspI] | rspR,ydfZ,ydfI,ydfJ,ynfT,ydfK,pinQ,tfaQ,stfQ,nohA,ynfO,ydfO,gnsB,ynfN,ynfR,ynfQ,[cspI] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1628339 | 0 (0.000) | 42 (0.740) | 38/484 | 0.2 | 100% | intergenic (+76/‑13) | ydfG/rspR | 3‑hydroxy acid dehydrogenase YdfG/DNA‑binding transcriptional repressor RspR |
| ? | NC_000913 | 1638467 = | 0 (0.000) | coding (201/213 nt) | cspI | cold shock‑like protein CspI | |||||
CAAGCAAAAAAGCTCCCGAAGGAGCCTTCATTTTCACTTTTTTAAATCCAACGACAGACGGCTGGCATTTAAGTATTGTGAAATATTATCAAATGTAATCATCATTGATTTACAAAAGATACATTTTGCCCCGAAAGGATTCATGTCAGAAACATCAAAAGATGATGTTCTATACTGGGAACCATGACAACACGGGCATCTAAAGTGAATATGGTTTGTAATATTGTCTACCTCAAAGCGCCACTACATGAACAGCGGCAGGACCTTTAGGTCCGTTCTCAATACCAAATTCAACTTCCTGATTCTCAGTTAATGTTTTGAAATCGTTGCTCTGAATTGCTGAGAAATGGACAAACA‑CATCTTTGCTGCCATCTTTCGGCGTGATGAAACCAAAACCTTTTTCAGGGTTAAACCATTTCACTAAACCAGTCATTTTGTTAGACATAATTATTACCTTTTGAAGAAATTAGCCCTTGGGCAGAATGGTCC > NC_000913/1638223‑1638711 | gacggtaaagcagaaaaaacctatcaaaataccgttgcattgacgccagaagatgtcagcgaagccgtctggtgggtgtcaacgctgcctgctcacgtcaatatcaataccctggaaatgatgccggttacccaaagctatgccggactgaatgtccaccgtcagtaatttttatacccggcgtaactgccgggttattgcttgtcacaaaaaagtggtagactcatgcagttaacccactcacTACATg > 1:20322‑M2/245‑250 (MQ=255) acggtaaagcagaaaaaacctatcaaaataccgttgcattgacgccagaagatgtcagcgaagccgtctggtgggtgtcaacgctgcctgctcacgtcaatatcaataccctggaaatgatgccggttacccaaagctatgccggactgaatgtccaccgtcagtaatttttatacccggcgtaactgccgggttattgcttgtcacaaaaaagtggtagactcatgcagttaacccactcacTACATGa > 1:80896‑M2/244‑250 (MQ=255) agaaaaaacctatcaaaataccgttgcattgacgccagaagatgtcagcgaagccgtctggtgggtgtcaacgctgcctgctcacgtcaatatcaataccctggaaatgatgccggttacccaaagctatgccggactgaatgtccaccgtcagtaatttttatacccggcgtaactgccgggttattgcttgtcacaaaaaagtggtagactcatgcagttaacccactcacTACATGAACAGCGGCAgg < 1:423815‑M2/18‑1 (MQ=255) agaaaaaacctatcaaaataccgttgcattgacgccagaagatgtcagcgaagccgtctggtgggtgtcaacgctgcctgctcacgtcaatatcaataccctggaaatgatgccggttacccaaagctatgccggactgaatgtccaccgtcagtaatttttatacccggcgtaactgccgggttattgcttgtcacaaaaaagtggtagactcatgcagtaaacccactcacTACATGAACAGCGGCAgg < 2:444805‑M2/18‑1 (MQ=255) 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tgtcacaaaaaagtggtagactcatgcagttaactcactcacTACATGAACAGCGGCAGGACCTTTAGGTTCGTTCTCAATACCAAATTCAACTGCCTGATTCTCAGTGAATGTTTTGAAATCGTTGCTCGGAATTGCTGAGAAATAGACAATCA‑CATCTTTGCTGCCATCTTTCGGCGTGATGAAACCAAAATCTTTTTCAGGGTTAAACCATTTCACTAAACCAGTCATTTTGTTAGACATAattat < 2:166739‑M2/207‑1 (MQ=255) tgtcacaaaaaagtggtagactcatgcagttaacccactcacTACATGAACAGCGGCAGGACCTTTAGGTCCGTTCTCAATTCCAAATTCAACTTCCTGATTCTCAGTTAATGTTTTGAAATCGTTGCTCTGAATTGCTGAGAAATAGACAAACA‑CATCTTTGCTGCCATCTTTCTGCGTGATGAAACCAAAACCTTTTTCAGGGTTAAACCATTTCACTAAACCAGTCATTTTGTTAGACATAattatt < 1:353485‑M2/208‑1 (MQ=255) acaaaaaagtggtagactcatgcagttaacccactcacTACAAGAACAGCGGCAGGACCTTTAGGTCCGTTCTCAATCCCAAATTCAACTTCCTTATTCTCAGTTAATGTTTTGAAATCGTTTCTCTGAATTGCTGAGAAATAGACAAACA‑CATCTTTGCTTCCATCTTTCGGCGTGATGAAACCAAATCCTGTTTCATGGTTAAACCATTTCACTAAACCAGTCATTTTGTTAGACATAATTATTACCtt < 2:340220‑M2/213‑1 (MQ=255) aaaaagtggtagactcatgcagttaacccactcacTACATGAACAGCGGCAGGACCTTTAGGCCCGTTCTCAATACAAAATTCAAATTCCTGATTCTCAGTTAATGTTTTGAAATCGTTGCTCTGAATTGCTGAGAAATAGACAAACA‑CATCTTTGCTGCCATCTTTCGGCGGAATGAAACCAAAACATTTTTCCGGGTTAAACCATTTCACTAAACCAGTCATTTTTTTAGCCATAATTATTACCTTTTg > 2:250215‑M2/36‑251 (MQ=255) actcacTACATGAACAGCGGCAGGACCTTTAGGTCCGTTCTCAATACCAAATTCAACTTCCTGATTCTCAGTTAATGTTTTGAAATCGTTGCTCTGAATTGCTGAGAAATAGACAAACA‑CATCTTTGCTGCCATCTTTCGGCGTGATGAAACCAAAACCTTTTTCAGGGTTAAACCATTTCACTAAACCAGTCATTTTGTTAGACATAATTATTACCTTTTGAAGAAATTAGCCCTTGGGCAGAATGGTcc < 2:322350‑M2/245‑1 (MQ=255) | CAAGCAAAAAAGCTCCCGAAGGAGCCTTCATTTTCACTTTTTTAAATCCAACGACAGACGGCTGGCATTTAAGTATTGTGAAATATTATCAAATGTAATCATCATTGATTTACAAAAGATACATTTTGCCCCGAAAGGATTCATGTCAGAAACATCAAAAGATGATGTTCTATACTGGGAACCATGACAACACGGGCATCTAAAGTGAATATGGTTTGTAATATTGTCTACCTCAAAGCGCCACTACATGAACAGCGGCAGGACCTTTAGGTCCGTTCTCAATACCAAATTCAACTTCCTGATTCTCAGTTAATGTTTTGAAATCGTTGCTCTGAATTGCTGAGAAATGGACAAACA‑CATCTTTGCTGCCATCTTTCGGCGTGATGAAACCAAAACCTTTTTCAGGGTTAAACCATTTCACTAAACCAGTCATTTTGTTAGACATAATTATTACCTTTTGAAGAAATTAGCCCTTGGGCAGAATGGTCC > NC_000913/1638223‑1638711 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |