| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 1,105,376 | IS2 (–) +5 bp | intergenic (+83/‑34) | csgC → / → ymdA | curlin chaperone/uncharacterized protein YmdA |
| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | NC_000913 | = 1105380 | 0 (0.000) | 41 (0.710) | 40/490 | 0.2 | 100% | intergenic (+87/‑34) | csgC/ymdA | curlin chaperone/uncharacterized protein YmdA |
| ? | NC_000913 | 1467910 = | NA (NA) | noncoding (1331/1331 nt) | IS2 | repeat region | |||||
AAAAGACCCTTTCATTGCCTGCTAATCAACCCATTGCTTTGACGAAGTTGAGTTTAAATAT‑TTCCCCGGACGATCGGGTGAAAATAGTTGTTACTGTTTCTGATGGACAGTCACTTCATTTATCACAACAATGGCCGCCCTCTTCAGAAAAGTCTTAATTTGTTGAAATATCGAGCATAAGATGAATCTGGAGAGAATGGTCTGCTGCGAATCAGCCAACCTGAAAGTATGGATAACACAACCCTCAAGGATGACTAATCATTGAGGAAATAGAATAAATGTTCAGACCTTTTTTAAACTCTCTTATGCTCGGCAGTTTGTTTTTTCCTTTTATTGCCATTGCTGGAAGCACCGTGCAAGGGGGCGTGATCCATTTTTATGGCCAAATTGTGGAACCGGCATGTGACGTCAGCACCCAGTCATCACCCGTAGAAATGAACTGCCCACAGAATGGTTCTATTCCGGGCAAAACCTACTCCAGCAAAGCGT > NC_000913/1105136‑1105624 | acgccagagaaataactggctggctgctacaccctgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagagggccagtctaACCCTCAAgg > 2:425763‑M2/242‑251 (MQ=255)acgccagagaaataactggctggctgctacaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaACCCTCAAgg > 1:399722‑M2/242‑251 (MQ=255) aaGACCCTTTCATTGCCTGCTAATCAACCCATTGCTTTGACGAAGTTGAGTTTAAATAT‑TTCCCCGGACGATCGGGTGAAAATAGTTGTTACTGTTTCTGATGGACAGTCACTTCATTTATCACAACAATGGCCGCCCTCTTCAGAAAAGTCTTAATTTGTTGAAATATCGAGCATAAGATGAATCTGGAGAGAATGGTCTGCTGCGAATCAGCCAACCTGAAAGTATGGATAACACAACCCTtggatttg > 2:434267‑M1/1‑243 (MQ=255) gaaataactggctggctgctacaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaACCCTCAAGGATGACTa > 1:428077‑M2/234‑250 (MQ=255) tCATTGCCTGCTAATCAACCCATTGCTTTGACGAAGTTGAGTTTAAATAT‑TTCCCCGGACGATCGGGTGAACATAGTTGTTACTGTTTCTGATGGACAGTCACTTCATTTATCACAACAATGGCCGCCCTCTTCAGAAAAGTCTTAATTTGTTGAAATATCGAGCATAAGATGAATCTGGAGAGAATGGTCTGCTGCGAATCAGCCAACCTGAAAGTATGGATAACACAACCCTtggatttgcccctatat > 1:428664‑M1/1‑234 (MQ=255) ggctggctgcttcaccatgttgcctggcaacgagggggaccgtcatccccggttaaaagctctgctgaacaattgcgatcttttccattgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaagcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacgcatgtaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaACCCTCAAGGATGACGAAACATTGAg < 2:412590‑M2/26‑1 (MQ=255) ggctggctgctacaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaACCCTCAAGGATGACTAATCATTGAg < 1:378722‑M2/26‑1 (MQ=255) aaTCAACCCATTGCTTTGACGAAGTTGAGTTTAAATAT‑TTCCCCGGACGATCGGGTGAAAATAGTTGTTACTGTTTCTGATGGACAGTCACTTCATTTATCACAACAATGGCCGCCCTCTTCAGAAAAGTCTTAATTTGTTGAAATATCGAGCATAAGATGAATCTGGAGAGAATGGTCTGCTGCGAATCAGCCAACCTGAAAGTATGGATAACACAACCCTtggatttgcccctatatttccagaca < 2:342371‑M1/248‑27 (MQ=255) gctacaccatgttgccgggcatcgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctttgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcccttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaACCCTCAATGATGACTAATCATTGAGGAAATAg < 2:432325‑M2/33‑1 (MQ=255) ccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCCCCTCAAGGATGACTAATCATTGAGGAAATAGAATAAATg > 1:404346‑M2/211‑251 (MQ=255) 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tGCTTTGACGAAGTTGAGTTTAAATAT‑TTCCCCGGACGATCGGGTGAAAATAGTTGTTACTGTTTCTGATGGACAGTCACTTCATTTATCACAACAATGGCCGCCCTCTTCAGAAAAGTCTTAATTTGTTGAAATATCGAGCATAAGATGAATCTGGAGAGAATGGTCTGCTGCGAATCAGCCAACCTGAAAGTATGGATAACACAACCCTtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcactt > 1:35573‑M1/1‑211 (MQ=255) tGACGAAGTTGAGTTTAAATATATTCCCC‑GACGATCTGTTGAAACTAGATGTTACTGTTTCTGATGGACAGTGACTTCATTTATCAAAACAATGGCCGCACTCTTCAGAAAAGTCTTAATTTGTTGAAATATCGAGCATAAGATGAATCTGGAGAGAATGAGCTGCTGCGAATCACCCAACCTGAAAGTATGGCTAACACAACCCTtgcatttgcccctatatatccagacatctgttatcactttaccc < 2:316845‑M1/250‑45 (MQ=255) ccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaacaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagcatcagggggccagtctaACCCTCCAGGATGACTAATCATTGAGGAAATAGAATAATTGTTCAGAcc > 1:347270‑M2/203‑251 (MQ=255) ccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaACCCTCAAGGATGACTAATCCTTGAGGAAATAGAATAAATGTTCAGAcc > 2:86265‑M2/203‑251 (MQ=255) gACGAAGTTGAGTTTAAATAT‑TTCCCCGGACGATCGGGTGAAAATAGTTGTTACTGTTTCTGATGGACAGTCACTTCATTTATCACAACAATGGCCGCCCTCTTCAGAAAAGTCTTAATTTGTTGAAATATCGAGCATAAGATGAATCTGGAGAGAATGGTCTGCTGCGAATCAGCCAACCTGAAAGTATGGATAACACAACCCTtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccat < 1:242048‑M1/251‑47 (MQ=255) cGAAGTTGAGTTTAAATAT‑TTACCCGGACGATCGGGTGAAAATAGTTGTTACTGTTTCTGATGGAAAGTAACTTCATTTATCACAACAATGGCCGCCCTCTTCAGAAAAGTCTTAATTTGTTGAAATATCGAGCATAAGATGAATCTGGAGAGAATGGTCTGCTGCGAATCAGCCAACCTGAAAGTATGGATAACACAACCCTtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccatt > 1:236383‑M1/1‑203 (MQ=255) aaGTTGGGTTTAAATAT‑TTCCCCGGACGATCGGCCGAAAATAGGTGTTACTGTTTCTGATGGACAGTCACTTCATTTATCACAACAATGGCCGCCCTCTTCAGCAAAGTCTTTATTTGTTGAAATATCGAGCATAAGATGAATATGGAGAGCATGGTCTGCTGCGAATCCGCCAACATGCAAGTATGGATAACACACCCCTtggctttgccactatatttccagacctccgttatcacttaacccattac > 2:455794‑M1/1‑201 (MQ=255) aaTAT‑TTCCCCGGACGATCGGGTGAAAATAGTTGTTACTGTTTCTGATGGACAGTCACTTCATTTATCACAACAATGGCCGCCCTCTTCAGAAAAGTCTTAATTTGTTGAAATATCGAGCATAAGATGAATCTGGAGAGAATGGTCTGCTGCGAATCAGCCAACCTGAAAGTATGGATAACACAACCCTtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccg < 2:196925‑M1/251‑63 (MQ=255) atccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaACCCTCAAGGATGACTAATCATTGAGGAAATAGAATAAATGTTCAGACCTTTTTTAAACTCTCTTATGCTc < 1:35933‑M2/71‑1 (MQ=255) 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cGAGCATAAGATGAATCTGGAGAGAATGGTCTGCTGCGAATCAGCCAACCTGAAAGTATGGATAACACAACCCTtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactctgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggttctttgctgccgttaacccgtctggtttgggcatg > 2:466381‑M1/1‑74 (MQ=255) gCATAAGATGAATCTGGAGAGAATGGTCTGCTGCGAATCAGCCAACCTGAAAGTATGGATAACACAACCCTtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatactcccgcggcgagcgataaccccgcgcactctgcggatgccattcgttataatgctcgaccgcctctgcaaggttctttgctaccgttaacccgtctggtttgggcatgat > 2:460113‑M1/1‑71 (MQ=255) ctagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCCCCTCACGGATGACTAATCATTGAGGAAATAGAATAAATGTTCAGACCTTTTTTAAACTCTCTTATGCTCGGCAGTTTGTTTTTTCCTTTTATTGCCATTGCTGGAAGCACCGTGCAAGGGGGCGTGATCCATTTTTATGGCCAAATTGTGGAACCGGCATGTGACGTCAGCACCCAGTCATCAc > 1:205069‑M2/66‑251 (MQ=255) aaTCTGGAGAGAATGGTCTGCTGCGAATCAGCCAACCTGAAAGAATGGATAACACAACCCTtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggttctttgctgccgttaacccgtctggtttgggcatgatactgatgtagt > 1:357328‑M1/1‑61 (MQ=255) gagaATGGTCTGCTGCGAATCAGCCAACCTGAAAGTATGGATAACACAACCCTtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggttctttgctgccgttaacccgtctggtttgggcatgatactgatgtagtcacgcttt > 1:9678‑M1/1‑53 (MQ=255) agaATGGTCTGATGCGAATCAGCCAACCTGAAAGAATGGATAACACAACCCTtggatttgcccctatatttacagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggttctttgctgcggttaacgcgcctggtttgggcatgatactgatgtagtctcgcttt > 1:230645‑M1/1‑52 (MQ=255) tatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaACCCTCAAGGATGACTAATCATTGAGGAAATAGAATAAATGTTCAGACCTTTTTTAAACTCTCTTATGCTCGGCAGTTTGTTTTTTCCTTTTATTGCCATTGCTGGAAGCACCGTGCAAGGGGGCGTGATCCATTTTTATGGCCAAATTGTGGAACCGGCATGTGACGTCAGCACCCAGTCATCTCCCGTAGAAATGAACTGcc < 1:295742‑M2/204‑1 (MQ=255) atttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaACCCTCAAGGATGACTAATCATTGAGGAAATAGAATAAATGTTCAGACCTTTTTTAAACTCTCTTATGCTCGGCAGTTTGTTTTTTCCTTTTATTGCCATTGCTGGAAGCACCGTGCAAGGGGGCGTGATCCATTTTTATGGCCAAATTGTGGAAcc < 1:140350‑M2/157‑1 (MQ=255) atttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaACCCTCAAGGATGACTAATCATTGAGGAAATAGAATAAATGTTCAGACCTTTTTTAAACTCTCTTATGCTCGGCAGTTTGTTTTTTCCTTTTATTGCCATTGCTGGAAGCACCGTGCAAGGGGGCGTGATCCATTTTTATGGCCAAATTGTGGAAcc > 2:140350‑M2/45‑201 (MQ=255) gatattggttgtctggagattcagggggccagtctaACCCTCAAGGATGACTAATCATTGAGGAAATAGAATAAATGTTCAGACCTTTTTTAAACTCTCTTATGCTCGGCAGTTTGTTTTTTCCTTTTATTGCCATTGCTGGAAGCACCGTGCAAGGGGGCGTGATCCATTTTTATGGCCAAATTGTGGAACCGGCATGTGACGTCAGCACCCAGTCATCACCCGTAGAAATGAACTGCCCACAGAATGGt > 2:190154‑M2/37‑251 (MQ=255) tgcGAATCAGCCAACCTGAAAGTCTGGATAACGCAACCCTtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgccctatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggttctttgctgccgttaacccgtctggtttgggcatgctactgatgtagtcacgctttatcgttttcacg > 1:5‑M1/1‑40 (MQ=255) cGAATCAGCCAACCTGAAAGTATGGATAACACAACCCTtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggttctttgctgccgttaacccgtctggtttgggcatgatactgatgtagtcacgctttatcgttttcacgaag < 2:463346‑M1/251‑214 (MQ=255) tgtctggagattcagggggccagtctaACCCTCAATGATGACTAATCATTGATGAAATAGAATAAATGTTCATACCTTTTTTAAACTCTCTTATGCTCGGCAGTTTGTTTTTACCTTTTATTGCCATTGCTGGAAGCACCGTGCAAGGGGGCGTGGTCCATTTTTTTGTCCAAATTGTGGAGCCGGCATGTGACGTCAGCACCCAGTCATCACCCGTAGAAATGAACTGCCCACAGAATGGTTCTATTcc < 1:444928‑M2/223‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |