| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,815,535 | G→C | A78A (GCC→GCG) | pyrE ← | orotate phosphoribosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,815,535 | 0 | G | C | 95.2% | 132.2 / ‑5.4 | 43 | A78A (GCC→GCG) | pyrE | orotate phosphoribosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base C (10/30); total (13/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.67e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCGCGTTCCTGACGATCGAGCGAAATCAACACGCCAGCAAGCGTCGCGCCATTGGCCTGAATAATCTCCATCGACTCGCGAATCGCCGTTCCGGCGGTGATCACATCATCTACCAGCATTACGCGTCCTTGTAACGCGCTACCAACCAGATTGCCGCCTTCACCGTGGTCTTTTGCTTCTTTGCGGTTAAAGCAGTACGGCAGGTCCAGGTCGTGATGCTCCGCCAGTGCCACAGCGGT‑TGTGGTGGCAATCGGGATCCCTTTGTAA‑GCAGGGCCAAACAGCAGATCGAACTCA‑ATGCCGGAATCCACCAACGCTTCAGCG‑TAAAAACGGCCTAACAGTGCCAGATCGCGCCCGGTATTAAACAGCCCGGCGTTGAAGAAATAGGGGCTTTTGCGCCCGGATTTCAGCGTAAACTCGCCAAACTTTAACACCTGCTTGCTAAGCGCAAATTCAATAAACTGGCGCTGATATGGTTT > NC_000913/3815290‑3815765 | ccccgTTCCTGACGATCAAGCGAAATCAATACGCCAGCAAGCGTCGCGCCATTAGCCTGAATAATCTCCATCGATTCGCGAATCGCCGTTCCGGCGGTGATCACATCATCTACCAGCATTACGCGTCCTTGTAACGCGCTACCAACCAGATTGCCGCCTTCACCGTGGTCTTTTGCCTCTTTGCGGTTAAAGCAGTACGGCAGGTCAAGGTCATGATGCTCCGCCAGCGCCACGGCGGT‑AGTGGTCGCAAt < 1:219368/248‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gCGGT‑AGTGGTCGCAATCGGGATCCCTTTGTAA‑GCAGGGCCAAACAGCAGATCGAACTCA‑ATGCCAGAATCCACCaat > 2:325287/1‑77 (MQ=255) gCGGT‑AGTGGTCGCAATCGGGATCCCTTTGTAA‑GCAGGGCCAAACAGCAGATCGAACTCA‑ATGCCAGAATCCACCaat < 1:325287/78‑2 (MQ=255) | CCGCGTTCCTGACGATCGAGCGAAATCAACACGCCAGCAAGCGTCGCGCCATTGGCCTGAATAATCTCCATCGACTCGCGAATCGCCGTTCCGGCGGTGATCACATCATCTACCAGCATTACGCGTCCTTGTAACGCGCTACCAACCAGATTGCCGCCTTCACCGTGGTCTTTTGCTTCTTTGCGGTTAAAGCAGTACGGCAGGTCCAGGTCGTGATGCTCCGCCAGTGCCACAGCGGT‑TGTGGTGGCAATCGGGATCCCTTTGTAA‑GCAGGGCCAAACAGCAGATCGAACTCA‑ATGCCGGAATCCACCAACGCTTCAGCG‑TAAAAACGGCCTAACAGTGCCAGATCGCGCCCGGTATTAAACAGCCCGGCGTTGAAGAAATAGGGGCTTTTGCGCCCGGATTTCAGCGTAAACTCGCCAAACTTTAACACCTGCTTGCTAAGCGCAAATTCAATAAACTGGCGCTGATATGGTTT > NC_000913/3815290‑3815765 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |