| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 3,110,591 | Δ24,234 bp | [yghD]–yghT | 20 genes [yghD], yghE, yqhJ, yghF, yghG, pppA, yghJ, glcA, glcB, glcG, glcF, glcE, glcD, glcC, yghO, insH9, yghQ, yghR, yghS, yghT |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 3110591 | 3134824 | 24234 | 40 [0] | [0] 40 | [yghD]–yghT | [yghD],yghE,yqhJ,yghF,yghG,pppA,yghJ,glcA,glcB,glcG,glcF,glcE,glcD,glcC,yghO,insH9,yghQ,yghR,yghS,yghT |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3110590 | 0 (0.000) | 39 (0.600) | 38/476 | 0.3 | 100% | coding (537/537 nt) | yghD | putative type II secretion system M‑type protein YghD |
| ? | NC_000913 | 3134825 = | 0 (0.000) | intergenic (+2/+47) | yghT/pitB | putative ATP‑binding protein YghT/metal phosphate:H(+) symporter PitB | |||||
GCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTG‑CTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTGATACTTTACCCCCGTCCAAACTCCAGCCGCTGCACATTCACCATCCCAGGCTTCTCAGCAGCACTGACATCAATTTGTGTCACCCGCAGCGCATATTTTTCATCCAGTGCGTTTAACCATTTCAGCAGGTCATTAAACACCACAGGTTCTATCCAGACCTGAATATTCTCCCCACGATCGGCTATCCGCCTGATGACCACCGAGTGCGCGGAAGCACTGTCACTGATGACCCGCGATACCTGCGCAG > NC_000913/3110340‑3110831 | gCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTG‑CTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTGATACtt < 1:234784/251‑1 (MQ=255) cGAATCAGGTGTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTG‑CTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTGATACTTc < 1:230391‑M1/251‑2 (MQ=255) aGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTG‑CTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTGATACTTcaaaaat > 1:5491‑M1/1‑244 (MQ=255) tttAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGGTTTTG‑CTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTGATACTTcaaaaatgg > 2:180788‑M1/1‑241 (MQ=255) gTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTG‑CTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTGATACTTcaaaaatggaaatgcccgatcgc > 2:450171‑M1/1‑228 (MQ=255) cGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTG‑CTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTGATACTTcaaaaatggaaatgcccgatcgccaggac > 2:301709‑M1/1‑222 (MQ=255) ccTTGGTTCGATTCCGAGGCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTG‑CTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTGATACTTcaaaaatggaaatgcccgatcgccaggaccgggcattttcaggaaggttaaatcaactgcaatgctatccagg > 2:410032‑M1/1‑178 (MQ=255) gTTCGGTTCCGAGGCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGATTTTG‑CTTTTGGATCTGACCATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATTTTAATCTCCTGATCCTTcaaaaatggaaatgcccgatcgcccagaccgggcattttccggcagggtaaatcaacttcaatgctttcccgtacacc > 2:176748‑M1/1‑173 (MQ=255) gAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTT‑CTTTTGGATCGGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGTGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTGATACTTcaaaaatggaaatgcccgatcgccaggaccgggcattttcaggaaggttaaatcaactgcaatgctatccagtacagcccaccagaaa < 2:309520‑M1/251‑89 (MQ=255) gAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTG‑CTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGGATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTGATACTTcaaaaatggaaattcccgatcgccaggaccgggcattttcaggaaggttaaatcaactgcaatgctatccagtacagcccaccagaa > 2:107094‑M1/1‑163 (MQ=255) aGTCCGGTCACCTCTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTG‑CTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGCCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTGATACTTcaaaaatggaaatgcccgatcgccaggaccgggcattttcaggaaggttaaatcaacttcaatgctatccagtacagcccaccagaaat < 2:312652‑M1/251‑90 (MQ=255) aGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGATTTTG‑CTTTTGGACCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGCCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTGATACTTcaaaaatggaaatgaccgatcgccaggaccgggcattttcaggaaggttaaatcaactgcaatgctatccagaacagcccaccagaa > 2:462992‑M1/1‑162 (MQ=255) ccGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTG‑CTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTTCTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTGATACTTcaaaaatggaaatgcccgatcgccaggaccgggcattttcaggaaggttaaatcaactgcaatgctatccagtacagcccaccagaaagaaa < 1:364180‑M1/251‑93 (MQ=255) gCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTG‑CTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTGATACTTcaaaaatggaaatgcccaatcgccaggaccgggcattttcaggaaggttaaatcaactgcaatgctatccagtacagcccaccagaaagaaaaatt < 1:264398‑M1/251‑97 (MQ=255) caccacTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTG‑CTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTGATACTTcaaaaatggaaatgcccgatcgccaggaccgggcattttcaggaaggttaaatcaactgcaatgctatccagtacagcccaccagaaagaaaaattg < 1:12954‑M1/251‑98 (MQ=255) tAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTG‑CTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTGATACTTcaaaaatggaaatgcccgatcgccaggaccgggcattttcaggaaggttaaatcaactgcaatgctatccagtacagcccaccagaaagaaaaattgccgccg > 2:124868‑M1/1‑148 (MQ=255) ccgcccgcAAGGC‑GGTTTTTGTCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAATTCTGGTGAAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTTAGCTCCTGATTCTTcaaaaattgaaatgcccgatcgccaggacctgtcattttcaggaaggttaaatccactgcattgctatccagtacatcccaccagaaaggaaaattgccgccggtaaagtaaatacc < 1:413794‑M1/251‑118 (MQ=255) aaGGCGGGTTTTTG‑CTTTTGGATCTGACAATACCCTTCACAAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTCCTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTGATACTTcaaaaatggaaatgcccgatcgccaggaccgggcattttcaggaaggttaaatcaactgcaatgctatccagtacagcccaccagaaagaaaaattgccgccggtaaagtaaatacccacgccat < 1:46851‑M1/251‑126 (MQ=255) tG‑CTTTTGGATCTGACACTAACCTTCACGAAAAAAATTAGATTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACTAGAGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTGCTACTTcaaaaatggcaatgcccgatcgccaggaccgggcattttcaggaaggttaaatcaactgcaatgctatccagtacagcccaccagaaagaaaaattgccgacggcaaagtaaatacccacgccacaaggatgctagt > 2:352705‑M1/1‑114 (MQ=255) gACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTGATACTTcaaaaatggaaatgcccgatcgccaggaccgggcattttcaggaaggttaaatcaactgcaatgctatccagtacagcccaccagaaagaaaaattgccgccggtaaagtaaatacccacgccatcaggatgctggttaccgttttacgc > 1:77224‑M1/1‑101 (MQ=255) tAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTGATACTTcaaa > 2:2152‑M1/1‑96 (MQ=255) tAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTGATACTTcaaa < 1:2152‑M1/100‑5 (MQ=255) aCCTTCATGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACATTAACGAGCGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTGCTACTTcaaaaatggaaatgcccgatcgccaggaccgggcattttcaggaaggttaaatcaactgcaatgctatccagtacagcccaccagaaagaaaaattaccgccgttaaagtaaatacccacgcacacaggaagctggttacagttttacgcggtaaac > 2:280128‑M1/1‑94 (MQ=255) tCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTGATACTTcaaaaatggaaatgcccgatcgccaggcccgggcattttcaggaaggttaaatcaactgcaatgctatcccgtacagcccaccagaaagaaaaattgccgccggaaaagtaaatacccacgccatcaggctgctggttaccgttttacgctgtaacccacc > 2:55691‑M1/1‑90 (MQ=255) cacaaaaaaaattagCTTATAAAGTCTGGGGTAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGAAATTTTATTGAGATTAATCTCCTGATACTTcaaaaatggaaatgcccgatcgccaggaccgggcattttcaggaaggttaaatcaactgcaatgctatccagtacagcccaccagaaagaaaaattgccgccggtaaagtaaatacccacgccatcaggatgctggttaccgttttacgctgtaacccaccg < 1:161514‑M1/247‑163 (MQ=255) aaaaaaaTTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGAAAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTGATACTTcaaaaatggaaatgcccgatcgccaggacagggcattttcaggaaggttaaatcaactgcaatgctatccagtacagcccaccagaaagaaaaattgcagccggtaaagtaaatacccacgccatcaggatgctagttaccgttttacgctgtaacccaccgccgt > 2:486501‑M1/1‑85 (MQ=255) aGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTGATACTTcaaaaatggaaatgcccgatcgccaggaccgggcattt > 1:432909‑M1/1‑76 (MQ=255) aGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTGATACTTcaaaaatggaaatgcccgatcgccaggaccgggcattt < 2:432909‑M1/114‑39 (MQ=255) cTTATATAGTCTGGGGGAATTACTCACCCCACGTTAACGCAAGTACTTTTATTGATCTTAATCTCCTGATACTTcaaaaatggaaatgcccgatcgccaggaccgggcattttcaggaagggtaaatcaactgcaatgctatccagaacagcccaccagaaagaaaaattgccgccggcaaagtaaatacccacgccatcaggatgctggttaacgtttncatctgtaacccaccgccgttcaccaccatc > 2:253214‑M1/1‑74 (MQ=255) tataAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTGATACTTcaaaaatggaaatgcccgatcgccaggaccgggcattttcaggaaggttaaatcaactgcaatgctatccagtacagcccaccagaaagaaaaattgccgccggtaaagtaaatacccacgccatcaggatgctggttaccgttttacgctgtaacccaccgccgtccaccaccatcgt > 1:163019‑M1/1‑72 (MQ=255) aaGTCTGGGGGAATTCATCTCGCCACGTTAACGAGAGTACTTTTATTGATATTAATCTCCTGATACTTcaaaaatggaaatgcccgatcgccaggaccgggcattttcaggaaggttaaatcaactgcaatgctatccagtacagcccaccagaaagaaaaattgccgccggtaaagtaaatacccacgccatcaggatgctggttaccgttttacgctgtaacccaccgccgtccaccaccatcgtccct > 2:488700‑M1/1‑68 (MQ=255) gTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTGATACTTcaaaaatggaaatgcccgatcgccaggaccgggcattttcaggaaggttaaatcaactgcaatgctatccagtacagcccaccagaaagaaaaattgccgccggtaaagtaaatacccacgccatcaggatgctggttaccgttttacgctgtaacccaccgccgtccaccaccatcgtccctgc > 1:313617‑M1/1‑66 (MQ=255) gggggAATTACTCTCCCCACGTTAACGAGATTATTTTGTTTGATATTAATCTCCTGATACTTcaaaaatggaaatgcccgttcgccaggaccgggcattttcagacaggttaaatcaactgcaatgctatccagtacagcccaccagaaagaaaaattgccgccggtaaagtaaatacccacgccatcaggatgctggttaccgttttacgctgtaacccaccgccgtccaccaccatcgtccctgcaact < 2:175656‑M1/251‑190 (MQ=255) aTTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTGATACTTcaaaaatggaaatgcccgatcgccaggaccgggcattttcaggaaggttaaatcaactgcaatgctatccagtacagcccaccagaaagaaaaattgccgccggtaaagtaaatacccacgccatcaggatgctggttaccgttttacgctgtaacccaccgccgtccaccaccatcgtccctgcaactgcagac > 2:68485‑M1/1‑56 (MQ=255) cACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTGATACTTcaaaaatggaaatgcccgatcgccaggaccgggcattttcaggaaggttaaatcaactgcaatgctatccagtacagcccaccagaaagaaaaattgccgccggtaaagtaaatacccacgccatcaggatgctggttaccgttttacgctgtaacccaccgccgtccaccaccatcgtccctgcaactgcagacgagaggacgtg > 1:80834‑M1/1‑45 (MQ=255) aTTTTATTGATATTAATCTCCTGATACTTcaaaaatggaaatgcccgatcgccaggaccgggcattttcaggaaggttaaatcaactgcaatgctatccagtacagcccaccagaaagaaaaattgccgccggtaaagtaaatacccacgccatcaggatgctggttaccgttttacgctgtaacccaccgccgtc > 1:324010‑M1/1‑29 (MQ=255) aTTTTATTGATATTAATCTCCTGATACTTcaaaaagggaaatgcccgatcgccaggaccgggcattttcaggaaggttaaatcaactgcaatgctacccagtacagcccaccagaaagaaaaattgccgccggtaaagtaaatacccacgccatcaggatgctggttaccgttttacgctgtaacccaccgccgtc < 2:324010‑M1/196‑168 (MQ=255) tttATTGATATTAATCTCCTGATACTTcaaaaatggaaatgcccgatcgccaggaccgggcattttcaggaaggttaaatcaactgcaatgctatccagtacagcccaccagaaagaaaaattgccgccggtaaagtaaatacccacgccatcaggatgctggttaccgttttacgctgtaacccaccgccgtccaccaccatcgtccctgcaactgcagacgagaggacgtgtgttgtggagacgggcat > 2:192183‑M1/1‑27 (MQ=255) atTAATCTCCTGATACTTcaaaaatggaaatgcccgatcgccaggaccgggcattttcaggaaggttaaatcaactgcaatgctatccagtacagcccaccagaaagaaaaattgccgccggtaaagtaaatacccacgccatcaggatgctggttaccgttttacgctgtaacccaccgccgtccaccaccatcgtccctgcaactgcagacgagaggacgtgtgttgtggagacgggcatcccaatat > 1:22978‑M1/1‑18 (MQ=255) ccTGATACTTcaaaaatgaaaatgcccgatcgccaggaccgggcattttcaggaaggttaaatcaactgcaatgctatccagtacagcccaccagaaagaaaaattgccgccggtaaagtaaatacccacgccatcaggatgctggttaccgttttacgctgtaacccaccgccgtccaccaccatcgtccctgcaactgcagacgagaggacgtgtgttgtggagacgggcatcccaatataactggcaa < 1:162577‑M1/251‑242 (MQ=255) | GCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTG‑CTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATTAGCTTATAAAGTCTGGGGGAATTACTCTCGCCACGTTAACGAGAGTAATTTTATTGATATTAATCTCCTGATACTTTACCCCCGTCCAAACTCCAGCCGCTGCACATTCACCATCCCAGGCTTCTCAGCAGCACTGACATCAATTTGTGTCACCCGCAGCGCATATTTTTCATCCAGTGCGTTTAACCATTTCAGCAGGTCATTAAACACCACAGGTTCTATCCAGACCTGAATATTCTCCCCACGATCGGCTATCCGCCTGATGACCACCGAGTGCGCGGAAGCACTGTCACTGATGACCCGCGATACCTGCGCAG > NC_000913/3110340‑3110831 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |