| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 3,725,888 | Δ42,752 bp | [wecH]–yibG | 37 genes [wecH], yiaA, yiaB, xylB, xylZ, xylA, xylF, xylG, xylH, xylR, bax, baxL, malS, avtA, ysaA, plaR, yiaK, yiaL, yiaM, yiaN, yiaO, lyxK, sgbH, sgbU, sgbE, yiaT, yiaU, yiaV, yiaW, aldB, yiaY, selB, selA, yibF, rhsA, yibA, yibG |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 3725888 | 3768639 | 42752 | 38 [0] | [1] 39 | [wecH]–yibG | [wecH],yiaA,yiaB,xylB,xylZ,xylA,xylF,xylG,xylH,xylR,bax,baxL,malS,avtA,ysaA,plaR,yiaK,yiaL,yiaM,yiaN,yiaO,lyxK,sgbH,sgbU,sgbE,yiaT,yiaU,yiaV,yiaW,aldB,yiaY,selB,selA,yibF,rhsA,yibA,yibG |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3725887 | 0 (0.000) | 38 (0.580) | 36/476 | 0.3 | 100% | coding (1/996 nt) | wecH | O‑acetyltransferase WecH |
| ? | NC_000913 | 3768640 = | 0 (0.000) | intergenic (+2/‑705) | yibG/yibV | tetratricopeptide‑like domain‑containing protein YibG/PF15596 family protein YibV | |||||
TAACATTTACAAACAATTGCGATTCTTGGAAAGATCAGCATCTCAGGGGAATGTTACAGCGCAGTTTAATTATGGGGTCTTTTTATCAGATACAAATCCAACATTATCAGAATATTATAATTTGAATAGAGCTATTTATTGGATGGAATTCGCTGTAAATAACGGTAATATTGATGCAAAGAGCAAACTTCAAGAGCTCAAAAAGCTAAAGCGAATGGATAGAAGGAAGAATAAGGAGAATCCGTAAAAGCAATAGTTCATCAGACTGCCGCAGCAGTAGTATGATGATGAATCAGGGCTGTACTATAACTATTATCGGTAACATTAACCGCAGCAGGGGCGGTATAACACTCAGGCTCCGATTGGGCTGGAAGGTAGGTGGAATTTTTATCAGTATCCGTTGAACCCGATTTCTGGAATCGATCCCCTTGGGATTAGCCACCTGTTTATACAGCATAACTTTAGGTATGCTTTCGTGTGTTTCAGATATACCATGTG > NC_000913/3768392‑3768889 | gcacgggtgacggtatagaacaacccactagcaccataagcgccattgccggaaagaaagcgttcatcatcattaaattaccgtctggtttgcaagtgagtcttattatttatatcggtatagtggctgatatcttacgaatctccttaagcctctataagctgtagtgataaaactcagattattccagtgcgccaaccaaatgatttatcggtcagactttttttaaccagatacagagacacagaa < 1:188739‑M2/1‑1 (MQ=255) ggtatagaacaacacactagcaccataagcgccattgccggaaagaaagcgttcatcatcattaaattaccgtctggtttgcaagtgagtcttattatttatatcggtatagtggctgatatcttaagaatctccttaagcctctataagatgtagtgataaaaatcagtttattctagtgcgccaaccaaatgatttatcggtcagactttttttaacnagctacagagacacagaAGCAATAGTtcatc > 2:229304‑M2/238‑251 (MQ=255) atagaacaacccactagcaccataagcgccattgccggaaagaaagcgttcatcatcattaaattaccgtctggtttgcaagtgagtcttattatttatatcggtatagtggctgatatcttacgaatctccttaagcctctataagctgtagtgataaaactcagattattccagtgcgccaaccaaatgatttatcggtcagactttttttaaccagatacagagacacagaAGCAATAGTTCATCAg < 2:492298‑M2/16‑1 (MQ=255) acaacccactagcaccataagcgccattgccggaaagaaagcgttcatcatcattaaattaccgtctggtttgcaagtgagtcttattatttatatcggtatagtggctgatatcttacgaatctccttaagcctctataagctgtagtgataaaactcagattattccagtgcgccaaccaaatgatttatcggtcagactttttttaaccagatacagagacacagaAGCAATAGTTCATCAGACTGcc > 1:263325‑M2/230‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |