| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 3,716,547 | Δ5,503 bp | [yiaD]–[insK] | [yiaD], ghrB, yiaF, yiaG, cspA, ysaE, hokA, insJ, [insK] | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 3716547 | 3722049 | 5503 | 52 [0] | [0] 52 | [yiaD]–[insK] | [yiaD],ghrB,yiaF,yiaG,cspA,ysaE,hokA,insJ,[insK] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3716546 | 0 (0.000) | 52 (0.800) | 47/476 | 0.1 | 100% | intergenic (‑152/‑1) | bisC/yiaD | biotin sulfoxide reductase/PF13488 family lipoprotein YiaD |
| ? | NC_000913 | 3722050 = | 0 (0.000) | noncoding (1418/1443 nt) | IS150 | repeat region | |||||
CTTAAAGAACATGGTATTAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGTGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGTTTTTATCTTGATGAGTTCAGTAATATAAGCGAACTGAAGGATGCTGTTACGGAATATATTGAATACTACAACAGCAGAAGAATTAGCCTGAAATTAAAAGGTCTGACTCCAATTGAATATCGGAATCAGACCTATATGCCTCGTGTTTAACTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAAACTTTGATTTATAGTCAGGTGGGGCTTTTCTCTGTCTGCCTTTCGGTGAATACCTGAGACAAACAGTCTCAAGCACCCGTGGCTATTCTAGCTTAATAAGTTTGTTTCTTCTCCTTGATATAATCCTAAAAAAATCTCATAAAATTAATATATGAGATAATCTTTATTCAGCAGAAGATTATTAAAGGTTGCTGTATTATTTAGCGATAAAAAAAGCCTGCC > NC_000913/3721801‑3722298 | cacgcgagctaaacccggtttcgccgtcggtttcaaccagcatgggcccccaatgggcggcagtcagaacggaatatcgtgaggatgagttggccaaaccgaagactcctgaaaggttagatgtattgagcagttaaatattacttacaaatttccgagtattcccaggaataatcttcatgttcacgcggcataatctcccgccacggaacccgtggcaaagaataaaaaggttattaaggattaacaCt < 1:377968‑M2/2‑1 (MQ=255) ctaaacacggtttcgccgtcggtttcaaccagcatgggcccccaatgggcggcagtcagaacggaatatcgtgaggatgagttggccaaaccgaagactcctgaaaggttagatgtattgagcagttaaatattacttacaaatttccgagtattcccaggaataatcttcatgttcacgcggcataatctcccgccacggaacccgtggcaaagaataaaaaggttattaaggattaacaCTGTCCAACt > 2:108704‑M2/242‑251 (MQ=255) aaacacggtttcgccgtcggtttcaaccagcatgggcccccaatgggcggcagtcagaacggaatatcgtgaggatgagttggccaaaccgaagactcctgaaaggttagatgtattgagcagttaaatattacttacaaatttccgagtattcccaggaataatcttcatgttcacgcggcataatctcccgccacggaacccgtggcaaagaataaaaaggttattaaggattaacaCTGTCCAACttt > 1:150063‑M2/240‑251 (MQ=255) aacacggtttcgccgtcggtttcaaccagcatgggcccccaatgggcggcagtcagaacggaatatcgtgaggatgagttggccaaaccgaagactcctgaaaggttagatgtattgagcagttaaatattacttacaaatttccgagtattcccaggaatcatcttcatgttcacgcggcataatctcccgccacggaacccgtggcaaagaataaaaaggttattaaggattacaaCTGTCCAACattt > 2:175535‑M2/239‑251 (MQ=255) 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1:83093‑M2/109‑151 (MQ=255) tacttacaaatttccgagtattcccaggaataatcttaatgttcacgcggcataatctcccgccacggaacccgtggcaaagaataaaaaggttattaaggattaacaCTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAAACTTTGATTTATAGTc < 2:83093‑M2/43‑1 (MQ=255) cccgattatccccaggaaatatctcaatgttcacgtggaataatctcccgccacggaaaccgtggcaaagaataaaaaggttattaaggattaacaCTGTCCAACTGTTTGGGGTCAGTACAAACTTTGATTTATAGTCAGGTGGGGCTTTTCTCTGTCTGCCGTTCGGTGAATCCCTGAGACAAACAGTCTCAAGCACCCGTGGCTATTCTAGCTTAATAAGTGTGTTTCTTCTACTTGATATAATCCTa < 2:310160‑M2/155‑1 (MQ=255) cgggttttcccaggaataatctgcatgttcccggggcataatcccccgccacggaacccgtggcaaagaataaaaaggttattaaggattaacaCTGTCCAACTTTTTGGGGTCAGTACAAACTTTGATTTATAGTCAGGTGGGGCTTTTCTCTGTCTGCCTTTCGGTGAATACCTGAGACAAACAGTCTCAAGCACCCGTGGCTATTCTAGCTTAATAAGTTTGTTTCTTCGCCTTGATATAATCCTaaa < 2:418409‑M2/157‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |