| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,422,752 | Δ14,142 bp | [ydaW]–[ompN] | 16 genes [ydaW], rzoR, trkG, ynaK, ydaY, ynaA, lomR, insH5, lomR, stfR, tfaR, pinR, ynaE, ynaM, uspF, [ompN] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1422752 | 1436893 | 14142 | 47 [0] | [0] 46 | [ydaW]–[ompN] | [ydaW],rzoR,trkG,ynaK,ydaY,ynaA,lomR,insH5,lomR,stfR,tfaR,pinR,ynaE,ynaM,uspF,[ompN] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1422751 | 0 (0.000) | 46 (0.700) | 40/478 | 0.2 | 100% | intergenic (+22/‑1) | ydaV/ydaW | putative ATP‑binding protein YdaV/putative uncharacterized protein YdaW |
| ? | NC_000913 | 1436894 = | 0 (0.000) | intergenic (‑1/‑227) | ompN/micC | outer membrane porin N/small regulatory RNA MicC | |||||
TTGCCTGAATATTGTATTCCCATTGACCGTAGCCAGTGAGTTGATCGTTAATTTGGGTTTCGCCTTTAAAACCCAGACGCGCATAGCTCTGGTCGCCATCTTTCGCTGAATTATCAGAAAAATAATGCAGGCCATCAACTTTGCCATACAGATCTAATTTGTTGCCGTCTTTATTATAAACTTCGGCTGCATGTGCAGCACCTGCGGCGAGCAGGGCAGGAATTAAAAGTGCCAGTACTTTGCTTTTCATTGAATAAATCCTTTAGTTATTTTATTTGCCTTTTATCCCCATTTCGGGGAGTGAAAACATCCTAAAGGAGAAGTTCAGTTAGCCGATAAATATCATTTGTTACGCCTTAAGTAAAACCTTAATCAAATAATTCCTCTGAAATGATAATAAGTCTGGTGAATGTATCGAAGATAATACATACAAAATAAAAATTATACTTTTAATTTGCTATACGTTATTCTGCGCGGGTTATATGCCTTTATTGTC > NC_000913/1436644‑1437139 | attcagcgcgagacgaaaaacgagcaggtggtactgcaccagattgttgatcgacggacagcgtcgatgcgcagcgtggggatgctgacaaacctgaactatgaggccatgaaaacattgctcggcgagcggattatggatcgcatgaccatgaacggcgggcgatgggtgaattttaactgggagagctggcgtccgaatgtcgtccagccaggaattgcgaagtaatttttaccgggagaaaaatttat > 1:373824‑M2/251‑251 (MQ=255) cgcgagacgaaaaacgagcaggtggtactgcaccagattgttgatcgccggacagcgtcgatgcgcagcgtggggatgctgacaaacctgaactatgaggccatgaaaacattgctcggcgagcggattatggatcgcatgaccatgaacggcgggcggtgggtgaattttaactgggagagctggcgtccgaatgtcgtccagccagggattgcgaagtaatttttaccgggagaaaaatttaAGAATa > 2:381481‑M2/245‑250 (MQ=255) gaaaaacgagcaggtggtactgnaccagattgttgatcgccggacagcgtcgatgcgcagcgtggggatgctgacaaacctgaactatgaggccatgaaaacattgctcggcgagcggattatggatcgcatgaccatgaacggcgggcgatgggtgaattttaactgggagagctggcgtccgaatgtcgtccagccaggaattgcgaagtaatttttaccgggagaaaaatttaTGAATa < 2:219242‑M2/6‑1 (MQ=255) gaaaaacgagcaggtggtactgcaccagattgttgatcgccggacagcgtcgatgcgcagcgtggggatgctgacaaacctgaactatgaggccatgaaaacattgctcggcgagcggattatggatcgcatgaccatgaacggcgggcgatgggtgaattttaactgggagagctggcgtccgaatgtcgtccagccaggaattgcgaagtaatttttaccgggagaaaaatttaTGAATa > 1:219242‑M2/237‑242 (MQ=255) gaaaaacgagcaggtggtactgcaccagattgttgatcgccggacagcgtcgatgcgcagcgtggggatgctgacaaacctgaactatgaggccatgaaaacattgctcggcgagcggattatggatcgcatgaccatgaacggcgggcgatgggtgaattttaactgggagagctggcgtccgaatgtcgtccagccaggaattgcgaagtaatttttaccgggagaaaaatttaTGAATAAATCCTTTa < 1:172603‑M2/15‑1 (MQ=255) ggagcaggtggtactgcaccagattgttgatcgccggacagcgtcgatgcgcagcgtggggatgctgacaaacctgaactaggaggccatgaaaacattgctcggcgagcggattatggagcgcatgaccatgaacggcgggcgatgggtgaattttaactgggagagctggcgtccgaatgtcgtccagccaggaattgcgaagtaatttttaccgggagaaaaatttaTGAATAAATCCTTTAgttatc < 2:7846‑M2/21‑2 (MQ=255) caggtggtactgcaccagattgttgatcgccggacagcgtcgatgcgcagcgtggggatgctgacaaacctgaactatgaggccatgaaaacattgctcggcgagcggattatggatcgcatgaccatgaacggcgggcgatgggtgaattttaactgggagagctggcgtccgaatgtcgtccagccaggaattgcgaagtaatttttaccgggagaaaaatttaTGAATAAATCCTTTAGttattttat < 1:318883‑M2/25‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |