| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 890,913 | Δ18,382 bp | [ybjC]–[ltaE] | 21 genes [ybjC], nfsA, rimK, ybjN, potF, potG, potH, potI, ybjO, rlmC, artJ, artM, artQ, artI, artP, ybjP, ybjQ, amiD, ybjS, ybjT, [ltaE] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 890913 | 909294 | 18382 | 52 [0] | [0] 52 | [ybjC]–[ltaE] | [ybjC],nfsA,rimK,ybjN,potF,potG,potH,potI,ybjO,rlmC,artJ,artM,artQ,artI,artP,ybjP,ybjQ,amiD,ybjS,ybjT,[ltaE] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 890912 | 0 (0.000) | 52 (0.800) | 50/476 | 0.1 | 100% | intergenic (‑159/‑1) | grxA/ybjC | reduced glutaredoxin 1/DUF1418 domain‑containing protein YbjC |
| ? | NC_000913 | 909295 = | 0 (0.000) | intergenic (‑1/+36) | ltaE/poxB | low‑specificity L‑threonine aldolase/pyruvate oxidase | |||||
TATGCGCGGCCTGACCGACAATATACTCTTCGCCGCGTTCGCAGTGACTGAGCAGAGCGACCAGGTTGGCCTGAGTGCCGGTAGGCAGAAAAATGGCGGCTTCTTTACCGGAAAGCTCTGCTGCGTAGTCCTGCAGAGCATTAACGGTAGGGTCGTCTCCGTAAACGTCGTCCCCAACCGGGGCGGCCATCATCGCTTCGAGCATGGCGCGGCTTGGTCGGGTAACGGTATCACTGCGTAAATCAATCATGGCATGTCCTTATTATGACGGGAAATGCCACCCTTTTTACCTTAGCCAGTTTGTTTTCGCCAGTTCGATCACTTCATCACCGCGTCCGCTGATGATTGCGCGCAGCATATACAGGCTGAAACCTTTGGCCTGTTCGAGTTTGATCTGCGGTGGAATGGCTAACTCTTCTTTGGCGACCACCACATCCACCAACACCGGACCGTCGATGGAGAAGGCGCGTTGCAGGGCTTCATCAACTTC > NC_000913/909045‑909534 | aatcatcgctttcattgctcaatttctcagccagatcttttgcacgcacacagtaagggcaacccgaacgaccaaaaataacggtttgcattatttctctcctcatagatttatgcctgtaatgatcacgctaaaatgtattctctgaaagtaggtttaacctgttgcattaattgctaaaagatataactgttaaacacaatgcagtgaaaagttttagactgaaggctcactttgcagagggaagcgtg < 2:380785‑M2/1‑1 (MQ=255) gagttcatttatcaatttctcagccagatattttgcactcacacagaacgggcaatccgaacgaccaaaaataacggtttgcattatttctctcctcatagatttatgcctgtaatgatcacgctaaaatgtattcgctgaaagtaggtttaacttgttgcattaattgctaaaagctataactgttaaacacaatacagtgaaacgttttagactgaaggctcactttgcatagggaagcgtGGAATGt > 2:315353‑M2/244‑250 (MQ=255) tcattgctcaatttctcagccagatcttttgcacgcacacagtaagggcaacccgaacgaccaaaaataacggtttgcattatttctctcctcatagatttatgcctgtaatgatcacgctaaaatgtattcgctgaaagtaggtttaacctgttgcattaattgctaaaagctataactgttaaacacaatacagtgaaaagttttagactgaaggctcactttgcagagggaagcgtGGCATGTCCtt > 1:354924‑M2/240‑250 (MQ=255) tgctcaatttctcagccagatcttttgcacgcacacagtaagggcaacccgaacgaccaaaaataacggtttgcattatttctctcctcatagatttatgcctgtaatgatcacgctaaaatgtattcgctgaaagtaggtttaacctgttgcattaattgctaaaagctataactgttaaacacaatacagtgaaaagttttagactgaaggctcactttgcagagggaagcgtGGCATGTCCTtattat > 1:136803‑M2/236‑251 (MQ=255) atcttttgcacgcacacagtaagggctacccgaacgaccaaaaataacgttttgcattatttctctcctcatagatttatgcctgtaatgatcacgctaaaatgtattcgctgaaagtaggtttaacctgttgcattaattgctaaaagctataactgttaaacacaatacagtgaaaagttttagactgaaggctcactttgcagagggaagcgtGGCATGTCCTTATTATGACGGGAAATGCCACCCtt > 2:303768‑M2/217‑251 (MQ=255) acagtaagggcaacccgaacgaccaaaaataacggtttgcattatttctctcctcatagatttatgcctgtaatgatcacgctaaaatgtattcgctgaaagtaggtttaacctgttgcattaattgctaaaagctataactgttaaacacaatacagtgaaaagttttagactgaaggctcactttgcagagggaagcgtGGCATGTCCTTATTATGACGGGAAATGCCACCCTTTTTACCTTAGCCAgt > 2:270019‑M2/202‑251 (MQ=255) agggcaacccgaacgaccaaaaataacggtgtgcattatttctctcctcatagatttatgccggtaatgatcacgctaaaatgtattcgctgaaagtaggtttaacctgttgcattaattgctaaaagctataactgttaaacacaatacagtgaaaagttttagactgaaggctcactttgcagagggaagcgtGGCATGTCCTTTTTATGACGGGAAATGCTACCCTTTTTACCTTAGCCAggttgttt < 2:296605‑M2/56‑1 (MQ=255) gggcaacccgaacgaccaaaaataacggtttgcattatttctctcctcatagatttatgcctgtaatgatcacgctaaaatgtattcgctgaaagtaggtttaacctgttgcattaattgctaaaagctataactgttaaacacaatacagtgaaaagttttagactgaaggctcactttgcagagggaagcgtGGCATGTCCTTATTATGACGGGAAATGCCACCCTTTTTACCTTAGCCAGTTTGtttt < 2:362490‑M2/57‑1 (MQ=255) gaacgaccaaaaataacggtttgcattatttctctcctcatagatttatgcctgtaatgatcacgctaaaatgtattcgctgaaagtaggtttaacctgttgcattaattgctaaaagctataactgttaaacacaatacagtgaaaagttttagactgaaggctcactttgcagagggaagcgtGGCATGTCCTTATTATGACGGGAAATGCCACCCTNTTTACCTTAGCCAGTTTGTTTTCGCCAGTTc > 2:232350‑M2/186‑251 (MQ=255) aacgaccaaaaataacggtttgcattatttctctcctcatagatttatgcctgaaatgatcacgctaaaatgtattcgctgaaagtaggtttcacctgttgaattaattgctaaaagctataactgataaacacaatacagtgaaaagttttagactgaaggctcactttgcagagggaagcgtGGCATGTCCTTATTATGACGGAAAATGCCACACTTTTTACCTTAGCCAGTTTGTTTtcgccatgtcg > 2:46803‑M2/185‑246 (MQ=255) 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gcattagttctctcctcatagatttatgcctgtaatgatcacgctaaaatgtaatcgctgaaattaggtgtaacctgttgcattaattgctaaaagctataactgttaaacacaatacagtgaaaagttttagactgaaggctcactttgcagagggaagcgtGGCATGTCCTTATTATTACGGGAAATGCCCCCCTTTTTACCTTATCCAGTTTGTTTTCGCCCGTTCGATCACTTCATCGCCGCGTcc < 2:471520‑M2/87‑1 (MQ=255) cattatttctctcctcatagatttatgcctgtaatgatcacgctaaaatgtattcgctgaaagtaggtttaacctgttgcattaattgctaaaagctataactgttaaacacaatacagtgaaaagttttagactgaaggctcactttgcagagggaagcgtGGCATGTCCTTATTATGACGGGAAATGCCACCCTTTTTACCTTAGCCAGTTTGTTTTCGCCAGTTCGATCACTTCATCACCGCGTCCGc > 1:212683‑M2/163‑251 (MQ=255) attatttctctcctcatagatttatgcctgtaatgatcacgctaaaatgtattcgctgaaagtaggtttaacctgttgcattaattgctaaaagctataactgttaaacacaatacagtgaaaagttttagactgaaggctcactttgcagagggaagcgtGGCATGTCCTTATTATGACGGGAAATGCCACCCTTTTTACCTTAGCCAGTTTGTTTTCGCCAGTTCGATCCCTTCATCACCGCGTCCGCt > 1:340479‑M2/162‑251 (MQ=255) cctcatagatttatgcctgtaatgatcacgctaaaatgtattcgctgaaagtaggtttaacctgttgcattaattgctaaaagctataactgttaaacacaatacagtgaaaagttttagactgaaggctcactttgcagagggaagcgtGGCATGTCCTTATTATGACGGGAAATGCCACCCTTTTTACCTTAGCCAGTTTGTTTTCGCCAGTTCGATCACTTCATCACCGCGTCCGCTGATGATTgcgc < 1:121436‑M2/101‑1 (MQ=255) catagatttatgcctgtaatgatcacgctaaaatgtattcgctgaaagtaggtttaacctgttgcattaattgctaaaagctataactgttaaacacaatacagtgaaaagttttagactgaaggctcactttgcagagggaagcgtGGCATGTCCTTATTATGACGGGAAATGCCACCCTTTTTACCTTAGCCAGTTTGTTTTCGCCAGTTCGATCACTTCATCACCGCGTCCGCTGATGATTgcgcgc > 1:87599‑M2/148‑250 (MQ=255) catagagttatgcctgtaatgatcacgctaaaatgtattcgctgaaagtaggtttaacctgttgcattaattgctaaaagctataactgttaaacacaatacagtgaaaagttttagactgaaggctcactttgcagagggaagcgtGGCATGTCCTTATTATGACGGGAAATGCCACCCTTTTTACCTTAGCCAGGTTGTTTTCGCCAGTTCGATCACTTCAGCACCGCGTCCGCTGATGATTgcgcgc < 1:450018‑M2/103‑1 (MQ=255) 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ttcgctgaaagtaggtttaacctgttgcattaattgctaaaatctataactgttaaacacaatacagtgaaaagttttagactgaaggctcactttgaagagggaagcgaGGCATGTCCTTATTATGCCGGGAAATGCCACCCTTTTTACCTTAGCCAGTTTGTTTTCGCCAGTTCGATCACTTCATCACCGCGTCCGCTGATGATTGCGCGCAGCATATACAGGCTGAACCCTTTGCCCTGTTcgagctt > 2:340734‑M2/111‑248 (MQ=255) gctgaaagtaggtttaacctgttgcattaattgctaaaagctataactgttaaacacaatacagtgaaaagttttagactgaaggctcactttgcagagggaagcgtGGCATGTCCTTATTATGACGGGAAATGCCACCCTTTTTACCTTAGCCAGTTTGTTTTCGCCAGTTCGATCACTTCATCACCGCGTCCGCTGATGATTGCGCGCAGCATATACAGGCTGAAACCTTTGGCCTGTTCGAGTTTGAt < 2:127636‑M2/144‑1 (MQ=255) gaaagtaggtttaacctgttgcattaattgctaaaagctataactgttaaacacaatacagtgaaaagttttagactgaaggctcactttgcagagggaagcgtGGCATGTCCTTATTATGACGGGAAATGCCACCCTTTTTACCTTAGCCAGTTTGTTTTCGCCAGTTCGATCACTTCATCACCGCGTCCGCTGATGATTGCGCGCAGCATATACAGGCTGAAACCTTTGGCCTGTTCGAGTTTGATCTg > 2:74050‑M2/105‑251 (MQ=255) 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1:232350‑M2/210‑1 (MQ=255) aagttttagactgaaggctcactttgcagagggaagcgtGGCATGTCCTTATTATGACGGGAAATGCCACCCTTTTTACCTTAGCCAGTTTGTTTTCGCCAGTTCGATCACTTCATCACCGCGTCCGCTGATGATTGCGCGCAGCATATACAGGCTGAAACCTTTGGCCTGTTCGAGTTTGATCTGCGGTGGAATGGCTAACTCTTCTTTGGCGACCACNCCATCCACCAACAACGGACCGTCGATgg > 2:217815‑M2/40‑248 (MQ=255) gttttagactgaaggctcactttgcagagggaagcgtGGCATGTCCTTATTATGACGGGAAATGCCACCCTTTTTACCTTAGCCAGTTTGTTTTCGCCAGTTCGATCACTTCATCACCGCGTCCGCTGATGATTGCGCGCAGCATATACAGGCTGAAACCTTTGGCCTGTTCGAGTTTGATCTGCGGTGGAATGGCTAACTCTTCTTTGGCGACCACCACATCCACCAACACCGGACCGTCGATGgaga > 1:184785‑M2/38‑249 (MQ=255) aagactgaaggctcacgttgcagagggaagcgtGGCATGTCCTTATTATGACGGGAAATGCCACCCTTTTTACCTTAGCCAGTTTGTGTTCGCCAGTTCGAGCACTTCATCACCGCGTCCGCTGATGATTGCGCGCAGCATATACAGGCTGAAACCTTTGGCTTGTTCGAGTTTGATCTGCGGTGGAATGGCTAACTCTTCTTGGGCGACCACCACATCCACCAACACCGGACCGTCGATGGAGAAGgcgc < 2:139442‑M2/218‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |