Predicted mutation | ||||||
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MC JC | NC_000913 | 4,060,444 | Δ19,761 bp | yihL–yiiF | 19 genes yihL, yihM, yihN, ompL, yihO, yihP, yihQ, yihR, yihS, yihT, yihU, yihV, csqR, yihX, yihY, dtd, fabY, yiiE, yiiF |
Missing coverage evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
* | * | ÷ | NC_000913 | 4060444 | 4080204 | 19761 | 53 [0] | [0] 53 | yihL–yiiF | yihL,yihM,yihN,ompL,yihO,yihP,yihQ,yihR,yihS,yihT,yihU,yihV,csqR,yihX,yihY,dtd,fabY,yiiE,yiiF |
New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 4060443 | 0 (0.000) | 53 (0.810) | 51/476 | 0.1 | 100% | intergenic (+213/‑4) | bipA/yihL | 50S ribosomal subunit assembly factor BipA/putative DNA‑binding transcriptional regulator YihL |
? | NC_000913 | 4080205 = | 0 (0.000) | intergenic (+236/+94) | yiiF/fdhE | protein YiiF/formate dehydrogenase formation protein |
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NC_000913/4080205‑4080442 CGCCGCGCCAACCGCGCACCGAAAGACGATTAATTTCGTTTTTTAGTCATAAAAAACCTGCCAGCGATGGCAGGTTTTTTTTTGCCTGTCGTGAGCGCACACCAATGCGAGTATCTCCCTTATAAGTCTGTGGTTACGTCAATAGAGAGCTTTGTCACAATTATCTGCAAAGTCATACGCCGTTAATTGCTGTCTTTTTTGGCGTAAGCGTAAGATGCTGCATCTGGTTTAAACCAAAAGGATTAAGCTTG < 2:318996/251‑1 CGCCAACCGCGCACCGAAAGACGATTAATTTCGTTTTTTAGTCATAAAAAACCTGCCAGCGATGGCAGGTTTTTTTTTGCCTGTCGTGAGCGCACACCAATGCGAGTATCTCCCTTATAAGTCTGTGGTTACGTCAATAGAGAGCTTTGTCACAATTATCTGCAAAGTCATACGCCGTTAATTGCTTTCTTTTTTGGCGTAAGCGTAAGATGCTTCATCTGGTTTAAACCAAAAGGATTAAGCTTGAGGTG > 2:169900/1‑251 GCCAACCGCGCACCGAAAGACGATTAATTTCNTTTTTTAGTCATAAAAAACCTGCCAGCGATGGCAGGTTTTTTTTTGCCTGTCGTGAGCGCACACCAATGCGAGTATCTCCCTTATAAGTCTGTGGTTACGTCAATAGAGAGCTTTGTCACAATTATCTGCAAAGTCATACGCCGTTAATTGCTTTCTTTTTTGGCGTAAGCGTAAGATGCTTCATCTGGTTTAAACCAAAAGGATTAAGCTTGAGGTGG < 2:219123/251‑1 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GAGTATCTCCCTTATAAGTCTGTGGTTACGTCAATAGAGAGCTTTGTCACAATTATCTGCAAAGTCATACGCCGTTAATTGCTTTCTTTTTTGGCGTAAGCGTAAGATGCTTCATCTGGTTTAAACCAAAAGGATTAAGCTTGAGGTGGTAACGCGGAATACGAGAGATGGTGTCGTCACACCCTATGAGCTGTAATCCGGGCGACCTGCGCCACCCGGAAAACGTCAGAGATTACTCTCCTTCACCCGG > 1:243205/1‑250 CTCCCTTATAAGTCTGTGGTTACGTCATTAGAGAGCTTTGTCACAATTATCTGCAAAGTCATACGCCGTTAATTGCTTTCTTTTTTGGCGTAAGCGTAAGATGCTTCATCTGGTTTAAACCAAAAGGATTAAGCTTGAGGTGGTAACGCGGAATACGAGAGATGGTGTAGTCACACCCTATGAGCTGTAATCCGGGAGACCTGCGCCACCCGGAACACGTCAGAGATTACTCTCCTTCACCCGGAAACAGG > 2:287872/1‑251 AGTCTGTGGTTACGTCAATAGAGAGCTTTGTCACAATTATCTGCAAAGTGATACGCCGTTAATTGCTTTCTTTTTTGGCGTAAGCGTAAGATGCTTCATCTGGTTTAAACCAAAAGGATTAAGCTTGAGGTGGTAACGCGGAATACGAGAGATGGTGTCGTCACACCCTATGAGCTGTAATCCGGGCGACCTGCGCCACCCGGAAAACGTCAGAGATTACTCTCCTTCACCCGGAAACAGGAACGGGTTG > 1:266501/1‑250 AGTCGGTGGTTACGTCAATAGAGAGCTTTGTCACAATTATCTGCAAAGTCATACGCCGTTAATTGCTTTCTTTTTTGGCGTAAGCGTAAGATGCTTCATCTGGTTTAAACCAAAAGGATTAAGCTTGAGGTGGTAACGCGGAATACGAGAGATGGTGTCGTCACACCCTATGAGCTGTAATCCGGGCGACCTGCGCCACCCGGAAAACGTCAGAGATTACTCTCCTTCACCCGGAAACAGGAACGGGTTGA < 2:327487/251‑1 CGTCAATAGAGAGCTTTGTCACAATTATCTGCAAAGTCATACGCCGTTAATTGCTTTCTTTTTTGGCGTAAGCGTAAGATGCTTCATCTGGTTTAAACCAAAAGGATTAAGCTTGAGGTGGTAACGCGGAATACGAGAGATGGTGTCGTCACACCCTATGAGCTGTAATCCGGGCGACCTGCGCCACCCGGAAAACGTCAGAGATTACTCTCCTTCACCCGGAAACAGGAACGGGTTGATGGAACTGCGGG < 2:82444/251‑1 AATAGAGAGCTTTGTCACAATTATCTGCAAAGTCGTACGCCGTTAATTGCTTTCTTTTTTGGCGTAAGCGTAAGATGCTTCATCTGGTTTAAACCAAAAGGATTAAGCTTGAGGTGGTAACGCGGAATACGAGAGATGGTGTCGTCACACCCTATGAGCTGTAATCCGGGCGACCTGCGCCACCCGGAAAACGTCAGAGATTACTCTCCTTCACCCGGAAACAGGAACGGGTTGATGGAACTGCGGGCAT > 2:323879/1‑250 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GATGCTTCATCTGGTTTAAACCAAAAGGATTAAGCTTGAGGTGGTAACGCGGAATACGAGAGATGGTGTCGTCACACCCTATGAGCTGTAATCCGGGCGACCTGCGCCACCCGGAAAACGTCAGAGATTACTCTCCTTCACCCGGAAACAGGAACGGGTTGATGGAACTGCGGGCATAGCCTTCTTGCTCCATTCGTGCGTCCAGTACCAGAGAGGCGAGGTCATCTGCTACGGCTTCGATTTTTGGATCT < 2:266501/251‑1 GCTTCATCTGGTTTAAACCAAAAGGATTAAGCTTGAGGTGGTAACGCGGAATACGAGAGATGGTGTCGTCACACCCTATGAGCTGTAATCCGGGCGACCTGCGCCACCCGGAAAACGTCAGAGATTACTCTCCTTCACCCGGAAACAGGAACGGGTTGATGGAACTGCGGGCATAGCCTTCTTGCTCCATTCGTGCGTCCAGTACCAGAGAGGCGAGGTCATCTGCTACGGCTTCGATTTTTGGATCTTTT < 2:95774/251‑1 TTAAACCAAAAGGATTAAGCTTGAGGTGGTAACGCGGAATACGAGAGATGGTGTCGTCACACCCTATGAGCTGTAATCCGGGCGACCTGCGCCACCCGGAAAACGTCAGAGATTACTCTCCTTCACCCGGAAACAGGAACGGGTTGATGGAACTGCGGGCATAGCCTTCTTGCTCCATTCGTGCGTCCAGTACCAGAGAGGCGCGGTCATCTGCTACGGCTTCGATTTTTGGATCTTTTTCCTGATAG > 2:208233/1‑248 AAAAGGATTAAGCTTGAGGTGGTAACGCGGAATACGAGAGATGGTGTCGTCACACCCTATGAGCTGTAATCCGGGCGACCTGCGCCACCCGGAAAACGTCAGAGATTACTCTCCTTCACCCGGAAACAGGAACGGGTTGATGGAACTGCGGGCATAGCCTTCTTGCTCCATTCGTGCGTCCAGTACCAGAGAGGCGAGGTCATCTGCTACGGCTTCGATTTTTGGATCTTTTTCCTGATAGAGAATTTT > 1:285746/1‑249 AAAAGGATTAAGCTTGAGGTGGTAACGCGGAATACGAGAGATGGTGTCGTCACACCCTATGAGCTGTAATCCGGGCGACCTGCGCCACCCGGAAAACGTCAGAGATTACTCTCCTTCACCCGGAAACAGGAACGGGTTGATGGAACTGCGGGCATAGCCTTCTTGCTCCATTCGTGCGTCCAGTACCAGAGAGGCGAGGTCATCTGCTACGGCTTCGATTTTTGGATCTTTTTCCTGATAGAGAATTTT < 2:285746/249‑1 GATTAAGCTTGAGGTGGTAACGCGGAATACGAGAGATGGTGTCGTCACACCCTATGAGCTGTAATCCGGGCGACCTGCGCCACCCGGAAAACGTCAGAGATTACTCTCCTTCACCCGGAAACAG > 1:31286/1‑124 GATTAAGCTTGAGGTGGTAACGCGGAATACGAGAGATGGTGTCGTCACACCCTATGAGCTGTAATCCGGGCGACCTGCGCCACCCGGAAAACGTCAGAGATTACTCTCCTTCACCCGGAAACAG < 2:31286/124‑1 CGCCGCGCCAACCGCGCACCGAAAGACGATTAATTTCGTTTTTTAGTCATAAAAAACCTGCCAGCGATGGCAGGTTTTTTTTTGCCTGTCGTGAGCGCACACCAATGCGAGTATCTCCCTTATAAGTCTGTGGTTACGTCAATAGAGAGCTTTGTCACAATTATCTGCAAAGTCATACGCCGTTAATTGCTTTCTTTTTTGGCGTAAGCGTAAGATGCTTCATCTGGTTTAAACCAAAAGGATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/4060198‑4060443 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aGCTTGAGGTGGTAACGCGGAATACGAGAGATGGTGTCGTCACACCCTATGAGCTGTAATCCGGGCGACCTGCGCCACCCGGAAAACGTCAGAGATTACTCTCCTTCACCCGGAAACAGGAACGGGTTGATGGAACTGCGGGCATAGCCTTCTTGCTCCATTCGTGCGTCCAGTACCAGAGAGGCGAGGTCATCTGCTACGGCTTCGATTTTTGGATCTTTTTCCTGATAGAGAATTTT > NC_000913/4080205‑4080442 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |