| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 1,491,098 | 0 | A | C | 31.5% | 203.4 / 15.2 | 92 | Y66S (TAC→TCC) | cybB | superoxide oxidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (47/16); new base C (0/29); total (47/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.11e-13 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTGAGAAAAGCCCGTTATGTTAACGGAAAATTATGTTAAAGCAGGAAATGTTATGGAAAATAAATATTCAAGGTTACAAATCAGCATTCAC‑TGGCTGGTCTTTTTACTGGTTATCGCAGCGTATTGCGCAATGGAGTTTCGTGGTTTCTTCCCACGTAGCGATCGGCCACTCATCAACATGATTCATGTTTCCTGTGGCATCTCAATTCTCGTGCTGATGGTCGTTCGTCTTTTGTTAAGGCTGAAATACCCAACCCCGCCGATTATACCTAAGCCAAAACCGATGATGACGGGACTGGCGCATTTGGGACATTTGGTGATTTATCTCCTGTTTATTGCGCTGCCAGTGATTGGTTTGGTGATGATGTATAACCGGGGCAACCCGTGGTTTGCGTTTGGTTTGACGATGCCTTACGCTTCAGAGGCCAATTTCGAACGGGTAGATAGCTTAAAGTCGTGGCATGAAACGCTGGCGAATCTGGGATATTTTGTCA > NC_000913/1490850‑1491343 | ttGAGAAAAGCCCGTTATGTTAACGGAAAATTATGTTAAAGCAGGAAATGTTATGGAAAATAAATATTCAAGGTTACAAATCAGCATTCAC‑TGGCTGGTCTTTTTACTGGTTATCGCAGCGTATTGCGCAATGGAGTTTCGTGGTTTCTTCCCACGTAGCGATCGGCCACTCATCAACATGATTCATGTTTCCTGTGGCATCTCAATTCTCGTGCTGATGGTCGTTCGTCTTTTGTTAAGGCTGAAATAc < 1:103606/250‑1 (MQ=255) 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> 1:72600/1‑250 (MQ=255) gggAAAATAAATATTCAGGGTTAAAAACCAGCATTAAT‑TGGTTGTTTTTTTTACTGGTTATCGCGGGTTATTGCGCAATGGAGTTTCGTGGTTCCTCCCCAGGTAGCGATCGGCCACTCATCAACATGATTCTTTTTTCCTGTGGCATCTCATTTCCCTTGCTGATGGTCGTTCGTCTTTTGTTAAGGCTGAAATCCCCAACCCCGCCGATTATACCTAAGCCAAAACCGATGATGACGGGACTGGCGCAt < 2:401418/250‑1 (MQ=255) gAAAATAAATATTCAAGGTTACAAATCAGCATTCCC‑TGGCTGGTCTTTTTACTGGTTATCGCAGCTTATGGCGCAATGGGGTTTCGTGGTTTCTTCCCCCGTAGCTATCGGCCACTCATCAACATGATTCATGTTTCCTGTGGCATCTAAATTCTCGGGCTGATGGTCGTTCGTCTTTTTTTAAGGCTGAAATACCCACCCCCGCCGATTATACCTAAGCCAAAACCGATGATGACGGGACTGGCGCAttt < 1:1147671/251‑1 (MQ=255) aaaaaTAAATATTCAAGGTTAAAAATCAGCATTCAC‑TGGCTGGTCTTTTTACTGGTTATCGCAGCGTTTTGCGCAATGGAGTTTCGTGGTTTCTCCCCACGTAGCGTTCGGCCACTCATCAACATTATTCATGTTTCCTGTGGCATCTCAATTCTCGTGCTGATGGTCGTTCGTCTTTTGTAAAGGCTGAAATACCCAACCCCGCCGATTATACCTAAGCCAAAACCGATGATGACGGGACTGGCGCAttt < 1:587842/250‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |