| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 4,313,864 | Δ16,405 bp | yjdP–rdcB | 18 genes yjdP, phnP, phnO, phnN, phnM, phnL, phnK, phnJ, phnI, phnH, phnG, phnF, phnD, phnC, yjdN, yjdM, rdcA, rdcB |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 4313864 | 4330268 | 16405 | 68 [0] | [1] 68 | yjdP–rdcB | yjdP,phnP,phnO,phnN,phnM,phnL,phnK,phnJ,phnI,phnH,phnG,phnF,phnD,phnC,yjdN,yjdM,rdcA,rdcB |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 4313863 | 0 (0.000) | 67 (0.440) | 63/486 | 0.7 | 100% | intergenic (+64/‑5) | rpiB/yjdP | allose‑6‑phosphate isomerase/ribose‑5‑phosphate isomerase B/protein YjdP |
| ? | NC_000913 | 4330269 = | 0 (0.000) | intergenic (+31/‑233) | rdcB/proP | regulator of diguanylate cyclase RdcB/osmolyte:H(+) symporter ProP | |||||
GTGGTTTGCCTCTTCGACCGTTCCGACGGGCGGGGAGCATGCTGATTTTTTAAGTTGGCTGGGAAAGTGGACCACGGCAGATAAACAACCCGTTTGCTGGTCAGTGACCCAACGCTGGCAAACTGTCGCGCTGGGGATGCCACGACTCTGTTCAGCGCAGCGTCTGGCGGGGGCAATGCTCGAGGAAATCTTCTCTGTAAATTTGGCGTAAATAATCAGTTACATCAATGAGTCCTAAACGAAATCCATGTGTGAAGTTGATCACAAATTTAAACACTGGTAGGGTAAAAAGGTCATTAACTGCCCAATTCAGGCGTCAACTGGTTTGATTGTACATTCCTTAACCGGAGGGTGTAAGCAAACCCGCTACGCTTGTTACAGAGATTGCATCCTGCAATTCCCGCTCCCCTTTTGCGGCCGTCGCGCTGATTTTTCTGGCGTTTGCGGAAATGGGCCAACTCTGCGAGGAAAGCTATGCTGAAAAGGAAAA > NC_000913/4330028‑4330517 | tccgcgcaactttcgcggcagcataacgacaccaacgtgctggcttttggttcacgagtggttggcctcgaactggcaaaaatgattgtggatgcgtggctgggcgcacagtacgaaggcggtcgtcatcaacaacgcgtggaggcgattacggcaatagagcagcggagaaattgagattcatccactacttgcatggatgagtaatgattaatgtggatagagtttctttttgaggttgAAATCCAtg < 2:1084251‑M2/9‑1 (MQ=255) ccgcgcaactttcgcggcagcataacgacaccaacgtgctggcttttggttcacgagtggttggcctcgaactggcaaaaatgattgtggatgcgtggctgggcgcacagtacgaaggcggtcgtcatcaacaacgcgtggaggcgattacggcaatagagcagcggagaaattgagattcatccactacttgcatggatgagtaatgattaatgtggatagagtttctttttgaggttgAAATCCAtgtg < 2:1082186‑M2/11‑1 (MQ=255) ttcgcggcagcataacgacaccaacgtgctggcttttggttcacgagtggttggcctcgaactggcaaaaatgattgtggatgcgtggctgggcgcacagtacgaaggcggtcgtcatcaacaacgcgtggaggcgattacggcaatagagcagcggagaaattgagattcatccactacttgcatggatgagtaatgattaatgtggatagagtttctttttgaggttgAAATCCATGTGTGAAGTTg < 2:724178‑M2/19‑1 (MQ=255) tcgcggcagcataacgacaccaacgtgctggcttttggttcacgagtggttggcctcgaactggcaaaaatgattgtggatgcgtggctgggcgcacagtacgaaggcggtcgtcatcaacaacgcgtggaggcgattacggcaatagagcagcggagaaattgagattcatccactacttgcatggatgagtaatgattaatgtggatagagtttctttttgaggttgAAATCCATGTGTGAAGTTGATc > 1:491105‑M2/230‑251 (MQ=255) 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(MQ=255) tcatcaacaacgcgtggaggcgattacggcaatagagcagcggagaaattgagattcatccactacttgcatggatgagtaatgattaatgtggatagagtttctttttgaggttgAAATCCATGTGTGAAGTTGATCACAAATTTAAACACTGGTAGGGTAAAAAGGTCATTAACTGCCCAATTCAGGCGt < 2:556025‑M2/76‑1 (MQ=255) acaacgcgtggaggcgattacggcaatagagcagcggagaaattgagattcatccactacttgcatggatgagtaatgattaatgtggatagagtttctttttgaggttgAAATCCATGTGTGAAGTTGATCACAAATTTAAACACTGGTAGGGTAAAAAGGTCATTAACTGCCCAATTCAGGCGTCAACTGGTTTGATTGTACATTCCTTAACCGGAGGGTGTAAGCAAACCCGCTACGCTTGTTAc > 2:161816‑M2/111‑248 (MQ=255) acaacgcgtggaggcgattacggcaatagagcagcggagaaattgagattcatccactacttgcatggatgagtaatgattaatgtggatagagtttctttgtgaggttgAAATCCATGTGTGAAGTTGATCACAAATTTAAACACTGGTAGGGTAAAAAGGTCATTAACTGCCCAATTCAGGCGTCAACTGGTTTGATTGTACATTCCTTAACCGGAGGGTGTAAGCAAACCCGCTACGCTTGTTACaga < 2:125984‑M2/141‑1 (MQ=255) 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tctttttgaggttgAAATCCATGTGTGAAGTTGATCACAACTTTAAACACTGGTAGGGTAAAAAGGTCATTAACTGCCCAATTCAGGCGTCAACTGGTTTGATTGTACATTCCTTAACCGGAGGGTGTAAGCAAACCCGCTACGCTTGTTACAGAGATTGCATCCTGCAATTCCCGCTCCCCTTTTGCGGCCGTCGCGCTGATTTTTCTGGCGTTTGCGGAAATGGGCCTACTCTGCGAGGAAAGCTATGc > 2:884127‑M2/15‑251 (MQ=255) ttttgaggttgAAATCCATGTGTGAAGTTGATCACAAATTTAAACACTGGTAGGGTAAAAAGGTCATTAACTGCCCAATTCAGGCGTCAACTGGTTTGATTGTACATTCCTTAACCGGAGGGTGTAAGCAAACCCGCTACGCTTGTTACAGAGATTGCATCCTGCAATTCCCGCTCCCCTTTTGCGGCCGTCGCGCTGATTTTTCTGGCGTTTGCGGAAATGGGCCAACTCTGCGAGGAAAGCTATGCTg > 1:586192‑M2/12‑250 (MQ=255) ttttgaggttgAAATCCATGTGTGAAGTTGATCACAAATTTAAACACTGGTAGGGTAAAAAGGTCATTAACTGCCCAATTCAGGCGTCAACTGGTTTGATTGTACATTCCTTAACCGGAGGGTGTAAGCAAACCCGCTACGCTTGTTACAGAGATTGCATCCTGCAATTCCCGCTCCCCTTTTGCGGCCGTCGCGCTGATTTTTCTGGCGTTTGCGGAAATGGGCCAACTCTGCGAGGAAAGCTATGCTg > 1:468895‑M2/12‑250 (MQ=255) gAAATCCATGTGTGAAGTTGATCACAAAGTTAAACACTGGTAGGGTAAAAAGGTCATTAACTGCCCAATTCAGGCGTCAACTGGTTTGATTGTACATTCCTTAACCGGAGGGTGTAAGCAAACCCGCTACGCTTGTTACAGAGATTGCATCCTGCAATTCCCGCTCCCCTTTTGCGGCCGTCGCGCTGATTTTTCTGGCGTTTGCGGAAATGGGCCAACTCTGCGAGGAAAGCTATGCTGAAAAGGaaaa < 2:751138/250‑1 (MQ=255) | GTGGTTTGCCTCTTCGACCGTTCCGACGGGCGGGGAGCATGCTGATTTTTTAAGTTGGCTGGGAAAGTGGACCACGGCAGATAAACAACCCGTTTGCTGGTCAGTGACCCAACGCTGGCAAACTGTCGCGCTGGGGATGCCACGACTCTGTTCAGCGCAGCGTCTGGCGGGGGCAATGCTCGAGGAAATCTTCTCTGTAAATTTGGCGTAAATAATCAGTTACATCAATGAGTCCTAAACGAAATCCATGTGTGAAGTTGATCACAAATTTAAACACTGGTAGGGTAAAAAGGTCATTAACTGCCCAATTCAGGCGTCAACTGGTTTGATTGTACATTCCTTAACCGGAGGGTGTAAGCAAACCCGCTACGCTTGTTACAGAGATTGCATCCTGCAATTCCCGCTCCCCTTTTGCGGCCGTCGCGCTGATTTTTCTGGCGTTTGCGGAAATGGGCCAACTCTGCGAGGAAAGCTATGCTGAAAAGGAAAA > NC_000913/4330028‑4330517 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |