| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 3,411,645 | 9722 bp→A | yhdJ–[yhdY] | yhdJ, yhdU, envR, acrE, acrF, yhdV, yhdX, [yhdY] | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 3411645 | 3421366 | 9722 | 131 [1] | [0] 125 | yhdJ–[yhdY] | yhdJ,yhdU,envR,acrE,acrF,yhdV,yhdX,[yhdY] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3411644 | 1 (0.010) | 124 (0.810) +A |
112/486 | 0.1 | 99.6% | intergenic (+77/‑9) | fis/yhdJ | DNA‑binding transcriptional dual regulator Fis/DNA adenine methyltransferase |
| ? | NC_000913 | 3421367 = | 0 (0.000) | coding (43/1104 nt) | yhdY | putative ABC transporter membrane subunit YhdY | |||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
CATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGATTATCAGCCTGACTATCTCGCTGCTGATGAATATCTATAACCGCCGCATCGCGATCGTTGAACGCTAAGGAGTCATGATGACAAAAGTATTGCTGTCTCATCCCCCGCGCCCGGCGAGCCATAACTCAAGCCGCGCGATGGTGTGGGTGCGAAAAAATCTGTTCTCCAGCTGGAGCAATAGCCTGCTGACTATTGGCTGCATATGGTTGATGTGGGAACTGATCCCACCGTTGCTGAACTGGGCATTTTTGCAGGCTAACTGGGTTGGCTCAACGCGTGCCGACTGCACAAAAGCCGGTGCCTGTTGGGTCTTCATCCACGAACGATTTGGTCAGTTTATGTATGGGCTTTACCCACACGACCAACGCT > NC_000913/3421117‑3421616 | gaagggtcaggatgtgaatgacctctatgagctggtactggctgaagtagaacagcccctgttggacatggtgatgcaatacacccgtggtaaccagacccgtgctgcgctgatgatgggcatcaaccgtggtacgctgcgtaaaaaattgaaaaaattcggcatgaactaattcaggttagctaaatgcttgattaaaaaggcgctactcggcatggggaagcgcctttgttataggtgtcacaaaggac < 2:431543‑M2/1‑1 (MQ=255) atgtgaatgacctctatgagctggtactggctgaagtagaacagcccctgttggacatggtgatgcaatacacccgtggtaaccagacccgtgctgcgctgatgatgggcatcaaccgtggtacgctgcgtaaaaaattgaaaaaatacggcatgaactaattcaggttagctaaatgcttgattaaaaaggcgctactcggcatggggaagcgccttttttataggtgtcacaaaggaCATAACTTAAGc > 1:858708‑M2/240‑251 (MQ=255) tgaatgacctctatgagctggtactggctgaagtagaacagcccctgttggacatggtgatgcaatacacccgtggtaaccagacccgtgctgcgctgatgatgggcatcaaccgtggtacgctgcgtaaaaaattgaaaaaatacggcatgaactaattcaggttagctaaatgcttgattaaaaaggcgctactcggcatggggaagcgccttttttataggtgtcacaaaggaCATAACTTAAGCcgc > 1:390810‑M2/237‑251 (MQ=255) atgacctctatgagcgggtactggctgaagtagaacagcccctgttggacatggtgatgcaatacacccgtggtaaccagacccgtgctgcgctgatgatgggcatcaaccgtggtacgctgcgtaaaaaattgaaaaaatacggcatgaactaattcaggttagctaaatgcttgattaaaaaggcgctactcggcatggggaagcgccttttttataggtgtcacaaaggaCATAACTTAAGCcgcgcg < 2:427808‑M2/18‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |