| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,926,772 | C→A | G155G (GGC→GGA) | ppnN → | nucleotide 5'‑monophosphate nucleosidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,926,772 | 0 | C | A | 98.3% | 191.0 / NA | 59 | G155G (GGC→GGA) | ppnN | nucleotide 5'‑monophosphate nucleosidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base A (32/26); total (32/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
AACTGATTAATCCCCCGGAAGAGGCTTTTGTCGATGGGCGAATTATTCGCGCTTTGCAGGCCAACTTGTTCGCGGTCCTGCGTGACATTCTCTTCGTTTACGGGCAAATCCATAACACCGTTCGTTTTCCCAACCTGAATCTCGACAACTCCGTCCACATCACTAACCTGGTCTTTTCCATCTTGCGTAACGCTCGCGCGCTGCATGTGGGTGAAGCGCCAAATATGGTGGTCTGCTGGGGCGGTCACTCAATTAACGAAAACGAGTATTTGTATGCCCGTCGCGTCGGAAACCAGCTGGGCCTGCGTGAGCTGAATATCTGCACCGGCTGTGGTCCGGGAGCGATGGAAGCGCCGATGAAAGGTGCTGCGGTCGGACACGCGCAGCAGCGTTACAAAGACAGTCGTTTTATTGGTATGACAGAGCCGTCGATTATCGCCGCTGAACCGCCTAACCCGCTGGTCAACGAATTGATCATCATGCCAG > NC_000913/2926531‑2927016 | aaCTTATTAATCCCCCGGAAGAGGCTTTTGTCGATGGGCGAATTATTCGCGCTTTGCAGGCCAACTTGTTCGCGGTCCTGCGTGACATTCTCTTCGTTTACGGGCAACTCCATAACACCGTTCGTTTTCCCAACCTGAATCTCGACAACTCCGTCCACATCACTAACCTGGTCTTTTCCATCTTGCGTAACGCTCGCGCGCTGCATGTGGGTGAAGCGCCAAATATGGTGGTCTGCTGGGGAGGTCACTc > 2:473922/1‑250 (MQ=255)aaCTGATTAATCCCCCGGAAGAGGCTTTTGTCGATGGGCGAATTATTCGCGCTTTGCAGGCCAACTTGTTCGCGGTCCTGCGTGACATTCTCTTCGTTTACGGGCAAATCCATAACACCGTTCGTTTTCCCAACCTGAATCTCGACAACTCCGTCCACATCACTAACCTGGTCTTTTCCATCTTGCGTAACGCTCGCGCGCTGCATGTGGGTGAAGCGCCAAATATGGTGGTCTGCTGGGGAGGTCACTCa < 1:283469/251‑1 (MQ=255) gATTAATCCCCCGGAAGAGGCTTTTGTCGATGGGCGAATTATTCGCGCTTTGCAGGCCAACTTGTTCGCGGTCCTGCGTGACATTCTCTTCGTTTACGGGCAAATCCATAACACCGTTCGTTTTCCCAACCTGAATCTCGACAACTCCGTCCACATCACTAACCTGGTCTTTTCCATCTTGCGTAACGCTCGCGCGCTGCATGTGGGTGAAGCGCCAAATATGGTGGTCTGCTGGGGAGGTCACTCAATTa < 1:31916/251‑1 (MQ=255) gATTAATCACCCGGAAGAGGCTTTTGTCGATGGGCGAATTATTCGCGATTTACAGGCCAACTTGTTCGCGGTCCTGCGAGACATTCTCTTCGTTTACGGGCAAATCCATAACACCGTTCGTTTTCCCAACCTGAATCTCGACAACTCCGTCCACATCACTAACCTGGTCTTTTCCATCTTGCGTAACGCTCGCGCGCTGCCTGTGGGTGAAGCGCCAAATATGGTGGTCTGCTGGGGAGGTCACTCCAtt > 2:104590/1‑250 (MQ=255) 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aaTATGGTGGTCTGCTGGGGAGGTCACTCAATTAACGAAAACGAGTATTTGTATGCCCGTCGCGTCGGAAACCAGCTGGGCCTGCGTGAGCTGAATATCTGCACCGGCTGTGGTCCGGGAGCGATGGAAGCGCCGATGAAAGGTGCTGCGGTCGGACACGCGCAGCAGCGTTACAAAGACAGTCGTTTTATTGGTATGACAGAGCCGTCGATTATCGCCGCTGAACCGCCTAACCCGCTGGTCAACGAAtt > 1:222866/1‑251 (MQ=255) ggtggtCTGCTGGGGAGGTCACTCAATTAACGAAAACGAGTATTTGTATGCCCGTCGCGTCGGAAACCAGCTGGGCCTGCGTGAGCTGAATATCTGCACCGGCTGTGGTCCGGGAGCGATGGAAGCGCCGATGAAAGGTGCTGCGGTCGGACACGCGCAGCAGCGTTACAAAGACAGTCGTTTTATTGGTATGACAGAGCCGTCGATTATCGCCGCTGAACCGCCTAACCCGCTGGTCAACGAATTGatc < 1:114525/250‑1 (MQ=255) gtggtCTGCTGGAGAGGTCGCTCAATTAAAGAAAACGAGTATTTGTATGCCCGTAGCGTCGGAAACCAGCTGGGCCTGCGTGAGCTGAATATCTGCACCGGCTGCGGTCCGGGAGCGATGGAGGCGCCGATGAAAGGCGCTGCGGTCGGACACGCGCAGCAGCGCTACAAAGACAGTCGTAGTATTGGGATGACAGAGCCGTCGATTATCGCAGCTGAACCGCCTAACCCGCTGGTCAACGCATTGatcat > 2:176289/1‑251 (MQ=255) gcgggggAGGTCACTCAATTAACGAAAACGAGTATTTGTATGCCCGTCGCGTCGGAATCCAGCTGGGCCTGGGTGAGCTGAATATCTGCACCGGCTGTGGTCCGGGAGCGATGGAAGCGCCGATGAAAGGTGCTGCGGTCGGACACGCGCAGCAGCGTTCCAAAGACAGTCGTTTTATTGGTATGACAGAGCCGTCGATTATCGCCGCTGAACCGCCTAACCCGCTGGTCAACGAATTGATCATCATg < 2:275409/245‑1 (MQ=255) ggggAGGTCACTCAATTAACGAAAACGAGTATTTGTATGCCCGTCGCGTCGGAAACCAGCTGGGCCTGCGTGAGCTGAATATCTGCACCGGCTGTGGTCCGGGAGCGATGGAAGCGCCGATGAAAGGTGCTGCGGTCGGACACGCGCAGCAGCGTTACAAAGACAGTCGTTTTATTGGTATGACAGAGCCGTCGATTATCGCCGCTGAACCGCCTAACCCGCTGGTCAACGAATTGATCATCATGCCAg < 1:396181/249‑1 (MQ=255) | AACTGATTAATCCCCCGGAAGAGGCTTTTGTCGATGGGCGAATTATTCGCGCTTTGCAGGCCAACTTGTTCGCGGTCCTGCGTGACATTCTCTTCGTTTACGGGCAAATCCATAACACCGTTCGTTTTCCCAACCTGAATCTCGACAACTCCGTCCACATCACTAACCTGGTCTTTTCCATCTTGCGTAACGCTCGCGCGCTGCATGTGGGTGAAGCGCCAAATATGGTGGTCTGCTGGGGCGGTCACTCAATTAACGAAAACGAGTATTTGTATGCCCGTCGCGTCGGAAACCAGCTGGGCCTGCGTGAGCTGAATATCTGCACCGGCTGTGGTCCGGGAGCGATGGAAGCGCCGATGAAAGGTGCTGCGGTCGGACACGCGCAGCAGCGTTACAAAGACAGTCGTTTTATTGGTATGACAGAGCCGTCGATTATCGCCGCTGAACCGCCTAACCCGCTGGTCAACGAATTGATCATCATGCCAG > NC_000913/2926531‑2927016 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |