Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 862,568 | 0 | A | T | 20.8% | 192.2 / 11.8 | 77 | I13I (ATT→ATA) | ybiW | putative pyruvate formate lyase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (14/47); new base T (16/0); total (30/47) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.06e-08 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
CGATCCACGAGACAGTATATTCCGGGAAGATCGGCGCGGCGCGAACTTCGCTTGCCTGGTTGCCAATGATCAACTCATCGTGTTTGATCCAGATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGGTTT‑CACAA‑TATGCACCAGCGC‑A‑TTTTTGTGCGCTTTAATG‑C‑GGTCGCTGAGCGTGTCCAG‑TTTCAGTGTGG‑TCATGGTTGTTATCCTC‑G‑TAAGGTCGCGG‑T‑TAACCC‑TTTCTGGCAGGCATACT‑GC‑T‑GGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCG‑CATCAAGCGG‑TTTTTCCGGGGCGTCATAGGGCAGATTAAG‑TAAGTGATATTTGTTGATGCCCAGCGTGTGGTAGGGCAGAAAATGAATTTCGCCAACGTGCAGCTCGTCGGCGGCAAAATCGGTAATGGCTTTTAC > NC_000913/862321‑862818 | cGATCCACGAGACAGTATATTCCGGGAAGATCGGCGCGGCGCGAACTTCGCTTGCCTGGTTGCCAATGATCAACTCATCGTGTTTGATCCAGATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGGTTT‑CACAA‑TATGCACCAGCGC‑A‑TTTTTGTGCGCTTTAAt < 2:60986/250‑1 (MQ=255) aTCCACGAGACAGTATATTCCGGGAAGATCGGCGCGGCGCGAACTTCGCTTGCCTGGTTGCCAATGATCAACTCATCGTGTTTGATCCAGATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGGTTT‑TACAA‑TATGCACCAGCGC‑A‑TTTTTTTGCGCTTTAATG‑C‑g > 1:191836/1‑251 (MQ=255) aTCCACGAGACAGTATATTCCGGGAAGATCGGCGCGGCGCGAACTTCGCTTGCCTGGTTGCCAATGAGCAACTCATCGTGTTTGAACCAGATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGGGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGGTTT‑CACAA‑TATGCACCAGCGC‑A‑TTTTTGTGCGCTTTAATG‑C‑g < 2:99380/251‑1 (MQ=255) cGAGACAGTATATTCCGGGAAGATCGGCGCGGCGCGAACTTCGCTTGCCTGGTTGCCAATGATCAACTCATCGTGTTTGATCCAGATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGGTTT‑TACAA‑AATGCCCCCCCGC‑C‑TTTTTTTGGGCTTTTATG‑G‑GGTCgg > 2:47387/1‑250 (MQ=255) cGAGACAGTATATTCCGGGAAGATCGGCGCGGCGCGAACTTCGCTTGCCTGGTTGCCAATGATCAACTCATCGTGTTTGATCCAGATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGGTTT‑CACAA‑TATGCACCAGCGC‑A‑TTTTTGTGCGCTTTAATG‑C‑GGTCGc < 1:279273/251‑1 (MQ=255) atatTCCGGGAAGATCGGCGCGGCGCGAACTTCGCTTGCCTGGTTGCCAATGATCAACTCATCGTGTTTGATCCAGATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGGTTT‑CACAA‑TATGCACCAGCGC‑A‑TTTTTGTGCGCTTTAATG‑C‑GGTCGCTGAGCgtgt < 1:398449/251‑1 (MQ=255) gggAAGATCGGCGCGGCGCGAACTTCGCTTGCCTGGTTGCCAATGATCAACTCATCGTGTTTGATCCAGATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGGTTT‑CACAA‑TATGCACCAGCGC‑A‑TTTTTGTGCGCTTTAATG‑C‑GGTCGCTGAGCGTGTCCAG‑ttt < 2:66255/251‑1 (MQ=255) 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ttAATG‑C‑GGTCGCTGAGCGTGTCCAG‑TTTCAGTGTGG‑TCATGGTTGTTATCCTC‑G‑TAAGGTCGCGG‑T‑TAACCC‑TTTCTGGCAGGCATACT‑GC‑T‑GGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCG‑CATCAAGCGG‑TTTTTCCGGGGCGTCATAGGGCAGATTAAG‑TAAGTGATATTTGTTGATGCCCAGCGTGTGGTAGGGCAGAAAATGAATTTCGCCAACGTGCAGCTCGTCGGCGGCAAAATCGGTAATGGCttt < 2:457118/250‑1 (MQ=255) aaTG‑C‑GGTCGCTGAGCGTGTCCAG‑TTTCAGTGTGG‑GCATGGTTGTTATCCTC‑G‑TAAGGTCGCGG‑T‑TAACCC‑TTTCTGGCAGGCATACT‑GC‑T‑GGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCG‑CATCAAGCGG‑TTTTTCCGGGGCGTCATAGGGCAGATTAAG‑TAAGTGATATTTGTTGATGCCCAGCGTGTGGTAGGGCAGAAAATGAATTTCGCCAACGTGCAGCTCGTCGGCGGCAAAATCGGTAATGGCTTTTAc < 2:37970/251‑1 (MQ=255) | 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |