| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 3,453,509 | Δ16,346 bp | [gspB]–chiA | 17 genes [gspB], gspA, gspC, gspD, gspE, gspF, gspG, gspH, gspI, gspJ, gspK, gspL, gspM, gspO, bfr, bfd, chiA |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 3453509 | 3469854 | 16346 | 30 [0] | [0] 30 | [gspB]–chiA | [gspB],gspA,gspC,gspD,gspE,gspF,gspG,gspH,gspI,gspJ,gspK,gspL,gspM,gspO,bfr,bfd,chiA |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3453508 | 0 (0.000) | 30 (0.510) | 28/492 | 0.7 | 100% | coding (420/420 nt) | gspB | putative general secretion pathway protein B |
| ? | NC_000913 | 3469855 = | 0 (0.000) | intergenic (‑2/+290) | chiA/tufA | endochitinase/translation elongation factor Tu 1 | |||||
TCAGCAGCTGTTGCGGTACGCTTTAAACGCCACGGGTTAGTTGCATCATTTGCTTTCGCTTTTCCCGGGCAATTTGTAGAAGAAACCCACCAGGCATTTTCATAAATTTTGCCATCGAAAATAACCTGATATTTATTACCACCTTGTTGGTTATTCCATGCTTCCATTGCCAATGCTGGCAGAGCGGAACACACCAGCCCCATACCAATCATAGATTTAGTAAATATATTTAATTTCATTATAATCCCTTGTGACGTAAAAACTGCAAAACAAAAGTCCTACGCAGGAATTATTTACGTTTTACGAGAACCCTTCAATATGAATTAAATTACGGCATTAAAAATAAGAAAAAAGCCTGACAAATGAAGCATTTTAAAAACAGAAACATTCATATTTAAAATGTTAAATTGAATTGATATTTTAAATATGAATAATTTATTCGTTCTGACAGTACGAATAAGATATGCCG > NC_000913/3469615‑3470083 | atgagaccagagctccaattattttataaacgaaaatgattactcctcagacccattacgattgatgggagagtgtaaccgttcttacgtagctccccgattgggagcattgttaggtagccaaattcggctaactgaggttcagattgaacctgctgtcaactacgacaagcccgcgcattatacatacttaaccaccgaacgcaagcgtattgctagtaaagtaaacagccttcgggtATAATCCCTtg > 1:9974‑M2/241‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |