| Predicted mutation | ||||||
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| JC JC | NC_000913 | 3,720,136 | IS3 (–) +3 bp | coding (88‑90/213 nt) | cspA → | cold shock protein CspA |
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AACGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGATACCCCTCGTAGTGCACATTCCTTTAACGCTTCAAAATCTGTAAAGCACGCCATATCGCCGAAAGGCACACTTAATTATTAAAGGTAATACACTATGTCCGGTAAAATGACTGGTATCGTAAAATGGTTCAACGCTGACAAAGGCTTCGGCTTCATCACTCCTGACGATGGCTCTAAAGATGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATCTCTGGACGAAGGTCAGAAAGTGTCCTTCACCATCGAAAGCGGCGCTAAAGGCCCGGCAGCTGGTAACGTAACCAGCCTGTAATCTCTGCTTAAAAGCACAGAATCTAAGATCCCTGCCATTTGGCGGGGATTTTTTTATTTGTTTTCAGGAAATAAATAATCGATCGCGTAATAAAATCTATTATTATTTTTGTGAAGAATAAATTTGG > NC_000913/3719889‑3720388 | aaCGGTTTGACGTACAGACCATTAAAGCAGTGTAGTAAGGCAAGTCCCTTCAAGAGTTATCGTTGATACCCCTCGTAGTGCACATTCCTTTAACGCTTCAAAATCTGTAAAGCACGCCATATCGCCGAAAGGCACACTTAATTATTAAAGGTAATACACTATGTCCGGTAAAATGACTGGTATCGTAAAATGGTTCAACGCTGACAAAGGCTTCGGCTTCATCACTCCTGACGATGGCTCTAAAGATgtgt > 2:290018/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |