| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,985,726 | A→G | intergenic (‑134/‑121) | yqeF ← / → yqeG | putative acyltransferase/putative transporter YqeG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,985,726 | 0 | A | G | 98.0% | 179.0 / NA | 51 | intergenic (‑134/‑121) | yqeF/yqeG | putative acyltransferase/putative transporter YqeG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (24/26); total (24/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
CACGACCAGACTACCAAGTTCCACGGCGGAATGACCCGCTAACGCACCACGAAAGCAGCCGATAGGTGTCCGTAACGCCCCGACAATCACAACGTCTTTCATCACAACCTCGCACCAATTAACAGTGCAATAGTAAATGATTGTTAATTACAGTTATCTTAATTGTTTAAAAAAAGTGATTTTTATCACAAAGGAAAT‑ATGCCTGAGCAGCAGTCAGAGACATAACTGGCACGTAAGGTTTGCAACCACTAACCCACCAATAGAGGGGTAGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCAGATAATGTCTAATATTTGGTCTAAAGAAGAAACTCTGTGGAGTTTCGCGCTCTACGGCACAGCCGTTGGTGCAGGCACGCTCTTCCTTCCTATTCAGTTAGGTTCGGCAGGGGCTGTGGTCCTGTTTATT > NC_000913/2985491‑2985972 | cACGACCAGACTACCAAGTTCCACGGCGGAATGACCCGCTAACGCACCACGAAAGCAGCCGATAGGTGTCCGTAACGCCCCGACAATCACAACGTCTTTCATCACAACCTCGCACCAATTAACAGTGCAATAGTAAATGATTGTTAATTACAGTTATCTTAATTGTTTAAAAAAAGTGATTTTTATCACAAAGGAAAT‑ATGCCTGAGCAGCAGTCAGAGACATAACTGGCACGTAGGGTTTGCAACCACt > 1:188342/1‑250 (MQ=255) gACCAGACTACCAAGTTCCACGGAGGAATGACCCGCTAACGCACCACGAAAGCAGCCGATAGGTGTCCGCAACGCCCCGACAATCACAACGTCTTTCATCACAACCTCGCACCAATTAACAGTGCAATAGTAAATGATTGTTAATTACAGATATCTTAATTGTTTAAAAAAAGTGATTTTTATCACAAAGGAAAT‑ATGCCTGAGCAGCAGTCAGAGACATAACTGGCACGTAGGGTTTGCAACCACTAAcc > 2:567571/1‑251 (MQ=255) gACTACCAAGTTCCACGGCGGAATGACCCGCTCACGCACCACGAAAGAAGCCGATAGGTGTCCGTAACGCCCCGACAATCACAACGTCTTTCATCACAACCTCGCACCAATTAACAGTGCAATAGTAAATGATTGTTAATTACAGTTATCTTAATTGTTTAAAAAAAGTGATTTTTATCACAAAGGAAAT‑ATGCCTGAGCAGCAGTCAGAGACATAACTGGCACGTAGGGTTTGCAACCACTAACccacc > 2:556198/1‑250 (MQ=255) aTGACCCGCTAACGCACCACGAAAGCAGCCGATAGGTGTCCGTAACGCCCCGACAATCACAACGTCTTTCATCACAACCTCGCACCAATTAACAGTGCAATAGTAAATGATTGTTAATTACAGTTATCTTAATTGTTTAAAAAAAGTGATTTTTATCACAAAGGAAAT‑ATGCCTGAGCAGCAGTCAGAGACATAACTGGCACGTAGGGTTTGCAACCACTAACCCACCAATAGAGGGGTAGATAGGGCGtt < 1:336954/251‑1 (MQ=255) 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CACGACCAGACTACCAAGTTCCACGGCGGAATGACCCGCTAACGCACCACGAAAGCAGCCGATAGGTGTCCGTAACGCCCCGACAATCACAACGTCTTTCATCACAACCTCGCACCAATTAACAGTGCAATAGTAAATGATTGTTAATTACAGTTATCTTAATTGTTTAAAAAAAGTGATTTTTATCACAAAGGAAAT‑ATGCCTGAGCAGCAGTCAGAGACATAACTGGCACGTAAGGTTTGCAACCACTAACCCACCAATAGAGGGGTAGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCAGATAATGTCTAATATTTGGTCTAAAGAAGAAACTCTGTGGAGTTTCGCGCTCTACGGCACAGCCGTTGGTGCAGGCACGCTCTTCCTTCCTATTCAGTTAGGTTCGGCAGGGGCTGTGGTCCTGTTTATT > NC_000913/2985491‑2985972 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |