Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,745,089 | 0 | A | C | 25.0% | 173.3 / 12.3 | 81 | V84G (GTG→GGG) | trmD | tRNA m(1)G37 methyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (47/13); new base C (0/20); total (47/34) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.62e-10 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
GCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACCAGAA‑TCAATTTTTGATT‑CGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATA‑AATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACATTTCAGGAAACAGGCTAATTATGCCAATCCACAT > NC_000913/2744843‑2745339 | gCCGAGGATTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACCAGAA‑TCAATTTTTGATT‑CGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGAGGTGACAGGTA‑AATCACCtt > 2:45801/1‑251 (MQ=255) gagtcTTCATGTCCCAGTACTACCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACCAGAA‑TCAATTTTTGATT‑CGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATA‑AATCACCTTTgc > 2:399807/5‑251 (MQ=255) aGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACCAGAA‑TCAATTTTTGATT‑CGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATA‑AATCACCTTTgcg > 2:553472/1‑251 (MQ=255) cccAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAAGCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACCAGAA‑TCAATTTTTGATT‑CGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATA‑AATCACCTTTGCGCCTTCACccgc < 2:333057/251‑1 (MQ=255) ccAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTTAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCCCCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACCAGAA‑TCAATTTTTGATT‑CGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATA‑AATCACCTTTGCGCCTTCACccgcc < 2:588076/251‑1 (MQ=255) gTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACCAGAA‑TCAATTTTTGATT‑CGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATA‑AATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCcgcg > 1:296632/1‑251 (MQ=255) ggAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACCAGAA‑TCAATTTTTGATT‑CGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGAGCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATA‑AATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCAGCGGCTTTtgc > 1:233161/1‑251 (MQ=255) 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acacCAGAA‑TCAATTTTTGATT‑CGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATA‑AATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGcc > 2:481613/1‑250 (MQ=255) cccAGAA‑TCAATTTTTGTTT‑TGTTCCCATTTCGCTGACGCCCGTTTGATCAAGCTTGCGCCCCTGTGGTGACAGATA‑AATCCCCTTTGCGCCTCCCCCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCAtt < 1:15655/250‑1 (MQ=255) cAGAA‑TCAATTTTTGATT‑CGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATA‑AATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCAtttt > 1:419742/1‑251 (MQ=255) 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aagcgtgcttcttggtggccaaaGATA‑AATCCCCTTGGCCCCTTCCCCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACAttt < 1:45801/229‑1 (MQ=255) aaGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATA‑AATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACAttt > 1:367779/1‑251 (MQ=255) aGCTTGCATCCCTGTGGTGCCAGATA‑AATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACATTTc > 1:426176/1‑251 (MQ=255) 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GCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACCAGAA‑TCAATTTTTGATT‑CGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATA‑AATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACATTTCAGGAAACAGGCTAATTATGCCAATCCACAT > NC_000913/2744843‑2745339 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |