| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,312,219 | A→G | L258P (CTA→CCA) | alsR ← | DNA‑binding transcriptional repressor AlsR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,312,219 | 0 | A | G | 97.1% | 128.3 / NA | 35 | L258P (CTA→CCA) | alsR | DNA‑binding transcriptional repressor AlsR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (21/13); minor base T (0/1); total (21/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
GCAAAAGCGCTGGTTGACAACATTAAGCCCACGAGTGTGCCGCTGAAATATTTCAGATATTTATTCATAATAATGTTCTCACGGTAAGGGGACAGGTAACTCCGCGATGGCGGAATTACCTTTTTCTTATTTCAGCGCGCCTGGTGAGAAGAAATCAACAATTGCGCCGGTTTTTTGCATATTAATATTAGCTTGTTCAATGTTGAGCTGGGCGACAGAGACAAAAAAAGCGTCCAGCAAAGTTAGTTGTAATATTCTTGCCGAGGCATTACGACCTAATAACGGCGTTTCCGGGGCTGGTGAGCAAATAATATAATCGGCCAGTTTCGCTATCGGTGAATGGTAGCTATGGGTTATACAAATAATCTTTGCCCCGTTCTTTTTTGCCAGTTCTACGGCCGCTTTTACATCACTGGTTCGCCCGGAATGGGTCACTACCAGCACAACATCTCCTTCCTGTAACAACGAAGCGGACATCATC > NC_000913/4311975‑4312455 | atgtggggtcattccctgatattacgggcactatttattcaaaactctgacgaaaaacaggctgtcgtcagttttgaagtgaGGTAAGGGGACA‑GTAACTCCGCGATGGCGGAATTACCTTTTTCTTATTTCAGCGCGCCTGGTGAGAAGAAATCAACAATTGCGCCGGTTTTTTCCATATTAATATTAGCTTGTTCAATGTTGAGCTGGGCGACAGAGACAAAAAAAGCGTCCAGCAAGGTTGGTTGTa > 2:338750‑M2/83‑250 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |