| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,628,332 | T→C | intergenic (+69/‑20) | ydfG → / → rspR | 3‑hydroxy acid dehydrogenase YdfG/DNA‑binding transcriptional repressor RspR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,628,332 | 0 | T | C | 97.0% | 121.1 / ‑6.4 | 33 | intergenic (+69/‑20) | ydfG/rspR | 3‑hydroxy acid dehydrogenase YdfG/DNA‑binding transcriptional repressor RspR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (8/24); minor base G (0/1); total (8/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTAAAGGCGATGACGGTAAAGCAGAAAAAACCTATCAAAATACCGTTGCATTGACGCCAGAAGATGTCAGCGAAGCCGTCTGGTGGGTGTCAACGCTGCCTGCTCACGTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCCGGCGTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTAGACTCATGCAGTTAACTCACTCACAAGCAAGAACGAATGACCGTCGAAACGCAACTTAATCCCACACAGCCTGTCAATCAGCAGATTTATCGTATTCTTCGTCGCGACATTGTCCATTGCCTGATTGCTCCAGGCACACCGTTGTCGGAAAAAGAAGTTTCTGTTCGTTTCAATGTGTCACGCCAGCCGGTTCGTGAAGCCTTTATTAAACTGGCGGAAAACGGCCTGATTCAAATTCGTCCGCAACGTGGCAGCTACG > NC_000913/1628085‑1628574 | ttAAAGGCGATGACGGTAAATCAGAAAAAACCTATCAAAATACCGTTGCATTGACGCCAGAAGATGTCAGCGAAGCCGTCTGGTGGGTGTCAACGCTGCCTGCTCACGTCAATATCAATACCCTGGAAATGATGCCGGTTACCCAAAGCTATGCCGGACTGAATGTCCACCGTCAGTAATTTTTATACCAGGCGTAACTGCCGGGTTATTGCTTGTCACAAAAAAGTGGTAGACTCATGCAGTTAacccac > 2:309023/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |