Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,665,702 | 0 | C | A | 37.1% | 41.1 / 13.0 | 35 | A37S (GCG→TCG) | gadX | DNA‑binding transcriptional dual regulator GadX |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (16/6); new base A (1/12); total (17/18) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.97e-04 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
TTAATGCTCTTTTACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCA‑TGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAA‑TAATGAAAGCGTGTCCCTTGACAC‑GAATACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATC‑TACTCGAATTTGG‑CT‑TGCATCCGCAAAAACC‑AGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCAAATTGATTGATAAATAAATTTAAACGAAGCGGGAGAACAGGATGATAATGTGTGATGTTCTACGGGCAG > NC_000913/3665459‑3665944 | ttAATGCTCTTTTACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCA‑TGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAA‑TAATGAAAGCGTGTCCCTTGACAC‑GAATACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATC‑TACTCGAATTTGG‑CT‑TGCATCCGCAAAAAcc > 2:262713/1‑251 (MQ=255) tttACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCA‑TGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAA‑TAATGAAAGCGTGTCCCTTGACAC‑GAATACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATC‑TACTCGAATTTGG‑CT‑TGCATCCGCAAAAACC‑AGGTCAc < 1:419789/248‑1 (MQ=255) tGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCA‑TGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAA‑TAATGAAAGCGTGTCCCTTGACAC‑GAATACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATC‑TACTCGAATTTGG‑CT‑TGCATCCGCAAAAACC‑AGGTCACCGCCATTAAAATAGCGat > 1:217766/1‑251 (MQ=255) tGCATAGCGAAGATTCTTATTATGCGATAGTTGAGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACAAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCA‑TGAAGATTTAATGCCTCCTCATTGAGCATCGGGAGAAA‑TAATGAAAGCGTGTCCCTTGACAC‑GAATACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATC‑TACTCGAATTTGG‑CT‑TGCATCCGCAAAAACC‑AGGTCACCGCCATTAAAATAGCGat > 2:166282/1‑251 (MQ=255) cTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGCAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCA‑TGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAA‑TAATGAAAGCGTGTCCCTTGACAC‑GAATACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATC‑TACTCGAATTTGG‑CT‑TGCATCCGCAAAAACC‑AGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTg > 2:475927/1‑250 (MQ=255) gCGATAGTTGCGAAACTCCCTGAAAAACAGAAATATCCCTACTAAAGTGAGGAACGAGAAATGAAAAAACTTTTTTATGGGAA‑TGAAGATTTAATGCCTCCTCTTTGAGCATCGGGAAAAA‑AAAGAAAAGCGTGTCCCTTGACAC‑GAAAACAAAATTTA‑C‑AACACATTTATC‑TACTCGAATTTGG‑CT‑TGCACCCGAAAAAACC‑AGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTgag < 1:136384/250‑1 (MQ=255) aTAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCA‑TGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAA‑TAATGAAAGCGTGTCCCTTGACAC‑GAATACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATC‑TACTCGAATTTGG‑CT‑TGCATCCGCAAAAACC‑AGGTCACCGcc < 2:449858/211‑1 (MQ=255) aTAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCA‑TGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAA‑TAATGAAAGCGTGTCCCTTGACAC‑GAATACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATC‑TACTCGAATTTGG‑CT‑TGCATCCGCAAAAACC‑AGGTCACCGcc > 1:449858/1‑211 (MQ=255) gcAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCA‑TGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAA‑TAATGAAAGCGTGTCCCTTGACAC‑GAATACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATC‑TACTCGAATTTGG‑CT‑TGCATCCGCAAAAACC‑AGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATg > 1:177566/1‑251 (MQ=255) cctaaaaacaaagAATATCTCTACTACAGTGATGAAGAAGTAATGAAGATATTTTTTTAT‑TGCAATGAATATTTATGGCCTCCGCCGGGGACA‑CGGGAAAAAATAATGAACGCGTGTCCCTTTA‑ACTAAATAAAAACTGTT‑A‑AACACACTTACC‑TCCCACATTTTGG‑CG‑CGCCCCCGCAAAAACC‑AGGCCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCAT‑AACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCa < 1:6534/238‑1 (MQ=255) aCAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCA‑TGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAA‑TAATGAAAGCGTGTCCCTTGACAC‑GAATACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATC‑TACTCGAATTTGG‑CT‑TGCATCCGCAAAAACC‑AGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAAt > 1:143016/1‑251 (MQ=255) cAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCA‑TGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAA‑TAATGAAAGCGTGTCCCTTGACAC‑GAATACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATC‑TACTCGAATTTGG‑CT‑TGCATCCGCAAAAACC‑AGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAAtt > 1:462203/1‑251 (MQ=255) tctACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCA‑TGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAA‑TAATGAAAGCGTGTCCCTTGACAC‑GAATACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATC‑TACTCGAATTTGG‑CT‑TGCATCCGCAAAAACC‑AGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTcc > 1:75367/1‑251 (MQ=255) aaaGTGATGAACGATTAATGAAGAATCTTTTTTATGTGCA‑TTAAGATTTAATCCCTCCTCCGTAACAACCGGAAAAAA‑TAAAGAAAGCGTGTCTCTTGACAA‑AAATAAAAAATTTT‑A‑AACACACTTTTC‑TACCAGAATTGGG‑CT‑T‑CAACCCAAAAAACCCAGGTCTCCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTa < 1:170169/249‑1 (MQ=255) aaCGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCA‑TGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAA‑TAATGAAAGCGTGTCCCTTGACAC‑GAATACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATC‑TACTCGAATTTGG‑CT‑TGCATCCGCAAAAACC‑AGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGt > 2:77393/1‑241 (MQ=255) aaCGAGAAATGAAAAAACTTTTTTATGTGAA‑TGAAGTTTTAATGCCTCCCCCTTGAGCATCGGGAAAAA‑TAATGAAAGCGTGTCCCTTGACAC‑AAATACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATC‑TACTCGAATTTGG‑CT‑TGCACCCGAAAAAACC‑AGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGt < 1:77393/241‑1 (MQ=255) gaaaTGAAGAAATTTTTTTATGTGCC‑TGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCCTCGGGAGAAA‑TAATGAAAGCGTGTCCCTTGACAC‑GAATACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATC‑TACTCGAATTTGG‑CT‑TGCATCCGCAAAAACC‑AGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATATCTTGCATACGCAATTAGACACTTCCCATGTAGTGATTGCATAGtt > 2:453323/3‑251 (MQ=255) tttttATGTTAA‑TAAAGATTTAATGCCCCCTCCTGGAGCATCGGGAAAAA‑AAATAAAGGCTTTCCCCTTGCCAC‑AAATA‑AAAATTTT‑CCAACACATTTATC‑TCCTCAAATTGGG‑TT‑TCCACCCAAAAAACCC‑AGGCCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTAc < 2:213835/250‑1 (MQ=255) ttttgtactggaataTTTATTGCCCCCCCCTTGAGCATCGGAAAAAA‑TAAAGAAGGCGTGTCCCTTGACAC‑GAAAAAAAAATTTT‑A‑AACAC‑CCTATCCTCCACGATTTTGT‑CT‑T‑CAACCCAAAAAACCCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATa < 2:516703/236‑1 (MQ=255) tgtgCA‑TGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAA‑TAATGAAAGCGTGTCCCTTGACAC‑GAATACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATC‑TACTCGAATTTGG‑CT‑TGCATCCGCAAAAACC‑AGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAAc > 2:28951/1‑250 (MQ=255) aataaaaaTTTAATGCCTCCTCCTTGAGCAACGGGAAAAA‑AAATGAAAGCGTTCCCCTTGACAA‑AAATACAAAATTTT‑C‑AACACCTTTATC‑TACTAGAATTTGG‑CT‑GGCATCCAAAAAACCC‑AGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATAtt < 2:75367/244‑1 (MQ=255) gAAGTTTTAATGCCTCCTCCTAGAACAGGGAGAAAAA‑TAATAAAAGCGTTCCCCTTGAAAA‑AAATAAAAAATTTA‑C‑AACACACTTATC‑TCCTAAAATTGGG‑CT‑TGCATCCGAAAAAACC‑AGTTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACt < 2:190723/251‑1 (MQ=255) gAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAA‑TAATGAAAGCGTGTCCCTTGACAC‑GAATACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATC‑TACTCGAATTTGG‑CT‑TGCATCCGCAAAAACC‑AGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACt > 2:55371/1‑251 (MQ=255) gAAGATTTAACGCCTCATCCTTGAGCATCGGTAGAAA‑TAATGGCAGCGGGTCTCTTGTCAC‑GACTACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATC‑TACTCGAATTTGG‑CT‑TGCAGCCGAAATATCC‑AGGTCACCGCCATTAAAATCGCGAAATTCACCATTCACCATGGTGAGAATATATTTATGACTTGCATACGCAATTAGCCAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACCTATTACt > 2:474483/1‑251 (MQ=255) acgccccctcctTGAGCATCGGGAAAAA‑TAATGAAAGGGTGTCCCTTGACAA‑GAATA‑AAAATTTTAC‑AACACCTTTATC‑TCCTCGAATTTGG‑CT‑TGCACCCGCAAAACCC‑GGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTaa < 1:21356/245‑1 (MQ=255) cATCGGGAGAAA‑TAATGAAGGTGTGTCCCGTAACAC‑TAATACAAATTTTC‑C‑ACCCCACTTATC‑CCCTCGA‑TTTGGTCT‑TGCATCCGCAAAACCC‑AGGTCTCCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCct < 1:292878/251‑1 (MQ=255) aaaaaaaaatGAAGGCGTGTCCCTTGACAC‑AAATACAAAATTTT‑A‑AACACACTTATC‑TCCTCGATTTTGG‑CT‑TGCATCCGAAAAAACC‑AGGCCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAg < 1:352224/244‑1 (MQ=255) aaaa‑TAAAGAAAGCGTGTCCTTTAAAAC‑AAAAAAAAATTTTT‑C‑AACCCTTTTATC‑TCCTGGAATTTGG‑TT‑TCCACCCAAAAAACCC‑GGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTc < 2:462203/250‑1 (MQ=255) aaaGCGTGTCCCTTGACAC‑GAATACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATC‑TACTCGAATTTGG‑CT‑TGCATCCGCAAAAACC‑AGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCAAattgatt > 1:113902/1‑251 (MQ=255) aaGCGTGTCCCTTGACAC‑GAATACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATC‑TACTCGAATTTGG‑CT‑TGCATCCGCAAAAACC‑AGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCAAattgattg > 2:144466/1‑251 (MQ=255) cac‑GAATAAAAAATTTT‑C‑ACCCCACTTCAC‑ATCTAGAATTTGG‑CTGTCCA‑CCGAAAAACCC‑CGGTCCCCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCAAATTGATTGATAAATAAATTTaaa < 2:310248/251‑1 (MQ=255) ac‑GAATACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATC‑TACTCGAATTTGG‑CT‑TGCATCCGCAAAAACC‑AGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCAAATTGATTGATAAATAAATTTAAAc > 2:19674/1‑251 (MQ=255) acacacTTATC‑TCCTATAATTTGG‑CT‑TACTACCGAAAAACCC‑AGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCAAATTGATTGATAAATAAATTTAAACGAAGCGGGAGAACAGgat < 1:352329/251‑1 (MQ=255) ttggg‑CT‑TGCATCCCAAAAAACC‑AGATCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCAAATTGATTGATAAATAAATTTAAACGAAGCGGGAGAACAGGATGATAATGTGTGATGTTCt < 1:221587/247‑1 (MQ=255) ccacccGCAAAAACC‑AGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCAAATTGATTGATAAATAAATTTAAACGAAGCGGGAGAACAGGATGATAATGTGTGATGTTCTACGGGCAg < 1:475927/246‑1 (MQ=255) | TTAATGCTCTTTTACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCA‑TGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAA‑TAATGAAAGCGTGTCCCTTGACAC‑GAATACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATC‑TACTCGAATTTGG‑CT‑TGCATCCGCAAAAACC‑AGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCAAATTGATTGATAAATAAATTTAAACGAAGCGGGAGAACAGGATGATAATGTGTGATGTTCTACGGGCAG > NC_000913/3665459‑3665944 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |