Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,455,940 | 0 | A | C | 23.4% | 137.4 / 12.4 | 77 | T6P (ACC→CCC) | paaD | phenylacetate degradation protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (36/23); new base C (0/18); total (36/41) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.29e-06 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
TGCACTGAGTGAAGAGGGTATTGCGGTTGATCCACGCACTTTACGCGCAGCGTGGGAAGCCGAAGTTTTTGCCGGGATCAACGAAGCCACATTGAACGTACCGCAAGAGCAGGCGTA‑TCGCACTGGCGGTAAAAAAGGACTGCATACCGAACACCTTGGACCCATGCTGGC‑AGAAATGCAGTATCTCCAGCGT‑GTCTTGCCCGGTCAG‑CAATGGTAACAGAGGAGATGGGT‑ATGCAACGTCTGGCCACCATTGCACCGCCACAGGTTCATGAGATATGGGCGCTACTCAGCCAGATCCCGGACCCGGAGATCCCGGTGCTGACCATTACTGATTTAGGCATGGTGCGTAATGTGACACAGATGGGAGAAGGATGGGTGATCGGCTTTACGCCGACATATTCCGGTTGTCCGGCAACGGAACATTTGATTGGCGCGATACGTGAGGCAATGACAACCAACGGGTTTACCCCCGTTCAGGTTGTGCTGCAACTCGAC > NC_000913/1455694‑1456188 | ttgcatgattGAAGAGGGTATTGCGGTTGCTCCACGCACTTTACGCACATCGTGGGAAGCCTAAGTTTTTGCCGGGATCAACGAAGCCACATTGAACGTACCGCAAGAGCAGGCGTA‑TCGCGCTGGCGGTAAAAAAGGACTGCATACCGAACACCTTGGACCCATGCTGGC‑AGAAATGCAGTATCTCCATCGT‑GTCTTGCCCGGTCAT‑CACTGGTAACAGAGGAGATGGGT‑ATGCAACGTCTTGccacca < 2:531633/241‑1 (MQ=255) gCACTGAGTGAAGAGGGTATTGCGGTTTATCCACGCACTTTACGCGCAGCGTGGGAAGCCGAAGTTTTGGCCGGGATCAACGAAGCCACATTGAACGTACCGCAAGAGCAGGCGTA‑TCGCACTGGCGGTAAAAAAGGACTGCATTCCGAACACCTTGGACCCATGCTGGC‑AGAAATGCAGTATCGCCGGCGT‑GTCTTGCTCGGTCAG‑CAATGGTAACAGAGGAGATGTGT‑ATGCGACGTCTGGCCACCAtt < 2:480549/251‑1 (MQ=255) aGTGAAGAGGGTATTGCGGTTGATCCACGCACTTTACGCGCAGCGTGGGAAGCCGAAGTTTTTGCCGGGATCAACGAAGCCACATTGAACGTACCGCAAGAGCAGGCGTA‑TCGCACTGGCGGTAAAAAAGGAATGCATACCGAACACCTTGGACCCATGCCGGC‑AGAAATGCAGAATCTCCAGCGT‑GGCTTGCCCGGTCAG‑CAATGGGAACAGAGGAGATTGGT‑ATGCAACGGCCGGCCACCCTTGCAccc > 2:119244/1‑250 (MQ=255) gAAGAGGGTATTGCGGTTGATCCACGCACTTTACGCGCAGCGTGGGAAGCCGAAGTTTTTGCCGGGATCAACGAAGCCACATTGAACGTACCGCAAGAGCAGGCGTA‑TCGCACTGGCGGTAAAAAAGGACTGCATACCGCACACCTTGGACCCATGCTGGC‑AGAAATGCAGTATCTCCAGCGT‑GTCTTGCCCGGTCAG‑CAATGGGAACAGAGGAGATGGGT‑ATGCCACGTCTGGCCACCCTTGCaaccccc > 2:109753/1‑245 (MQ=255) gAAGAGGGTATTGCGGTTGATCCACGCACTTTACGCGCAGCGTGGGAAGACGAAGTTTTTGCCGGGATCAACGAAGCCACATTGAACGTACCGCAAGAGCAGGCGTA‑TCGCACTGGCGGTAAAAAAAGACTGCATACCGAACACCTTGGACCCATGCTGGC‑AGAGATGCAGTATCTCCAGCGT‑GTCTTGCCCGGTCAG‑CAATGGTAACAGAGGAGATGGGT‑ATGCAACGTCTGGccaacagttacccgccc > 2:106387/1‑237 (MQ=255) aaGAGGGTATTGCGGTTGATCCACGCACTTTACGCGCAGCGTGGGAAGCCGAAGTTTTTGCCGGGATCAACGAAGCCACATTGAACGTACCGCAAGAGCAGGCGTA‑TCGCACTGGCGGTAAAAAAGGACTGCATACCGAACACCTTGGACCCATGCTGGC‑AGAAATGCAGTATCTCCAGCGT‑GTCTTGCCCGGTCAG‑CAATGGTAACAGAGGAGATGGGT‑ATGCAACGTCTGGCCACCATTGCACCGCcac > 2:365878/1‑251 (MQ=255) gTATTGCGGTTGATCCACGCACTTTACGCGCAGCGGGGGAAGCCGAAGTTTTTGCCGGGATCAACGAAGCCACATTGAACGTACCGCAAGAGCAGGCGTA‑TCGCACTGGCGGTAAAAAAGGACTGCATACCGAACACCTTGGACCCATGCTGGC‑AGAAATGCAGTATCTCCAGCGT‑GTCTTGCCCGGTCAG‑CAATGGTAACAGAGGAGATGGGT‑ATGCAACGTCTGGCCCCCATTGCACCGCCACAGGTTc < 1:422334/251‑1 (MQ=255) tATTGCGGTTGATCCACGCACTTTCCGCGCAGCGTGGGAAGCCGAAGTTTTTGCCGGGATCAACGAAGCCACATTGAACGTACCGCAAGAGCAGGCGTA‑TCGCACTGGCGGTAAAAAAGGACTGCATCCCGAACCCCTTGGACCCATGCTGGC‑AGAAATGCAGTATCTCCAGCGT‑GTCTTGCCCGGTCAG‑CAATGGTAACAGAGGAGATGGGT‑ATGCAACGTCTGGCCACCATTGCACCGCCACAGGTTc < 1:169144/250‑1 (MQ=255) cGCACTTTACGCGCAGCTTGGGAAGCCGAAGTTTTTGCCGGGATCAACGAACCCACATTAAACGTACCGCAAGAGCAGGCGTA‑CCGCACTGGCGTTAAAAAAGGACTGCATACCTAACACCTTGGACCCATGCTGGC‑AGAAATGCAGTATCTCCAGCGT‑GTCTTGCCCGGTCAG‑CAATGGTAACAGAGGGAATGGGT‑ATGCACCGTCTGGCCACCATTTCACCGCCACAGGTTCATGAGATATGTGCGCTa < 1:519598/251‑1 (MQ=255) cACTTTACGCGCAGCGTGGGAAGCCGAAGTTTTTCCCGGGATCAACGAAGCCACATTGAACGTACCGCAAGAGCAGGCGTA‑TCGCCCTGGCGGTAAAAAAGGACTGCATCCCGAACACCTTGGACCCATGCTGGC‑AGAAATGCAGTATCTCCAGCGT‑TTCTTGCCCGTTCAG‑CAAGGGTAACAGAGGAGATGGGT‑ATGCAACGTCTGGCCCCCATTGCACCGCCACAGGTTCATGAGATATGGGCGCTACt < 1:368409/251‑1 (MQ=255) tttACGCGCAGCGTGGGAAGCCGAAGTTTTTGCCGGGATCAACGAAGCCACATTGAACGTACCGCAAGAGCAGGCGTA‑TCGCACTGGCGGTAAAAAAGGCCTGCATACCGAACACCTTGGACCCATGCTGGC‑AGAAATGCAGTATCTCCAGCGT‑GTCTTGCCCGGTCAG‑CAATGGTAACAGAGGAGATGGGT‑ATGCAACGTCTGGCCACCATTGCACCGCCACAGGTTCATGAGATATGGGCGCTACTCa < 1:442945/250‑1 (MQ=255) tACGCGCAGCGTGGGAAGCCGAAGTTTTTGCCGGGATCAACGAAGCCACATTGAACGTACCGCAAGAGCAGGCGTA‑CCGCACTGGCGGTAAAAAAGGACTGCATCCCGAACACCTTGGACCCATGCTGGC‑AGAAATGCAGTATCTCCAGCGT‑GTCTTGCCCGGTCAG‑CAATGGTAACAGAGGAGATGGGT‑ATGCAACGTCTGGCCACCATTGCTCCGCCACAGGTTCATGAGATATGGGCGCTACTCAGc < 1:188630/250‑1 (MQ=255) cgcgcggtgTGGGAAGCCGAAGTTTTTGCCGTGATCAACGAAGCATCATGGAACGTACCGCAAGTGCAGGCGGA‑TCGCACTGGCGGTAAAAAAGTACTGCAGCCCGACCCCCTGGGCCACTTGCTGGC‑AAAAATGCAGTAGCCCCA‑CGTTGTCTTGCCCGGTCAG‑GAAGTGTAACAGAGGAG‑TGGTTTAGCCAACGTCTGTCCACCATGGTCCCGCCACAGGTTCATGAGATATGGGCGCTACTCAGCCAg < 2:496896/243‑1 (MQ=255) 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aaGAGCAGGCGTA‑TCGCACTGGCGGTAAAAAAGGACTGCATACCGAACACCTTGGACCCATGCTGGC‑AGAAATGCAGTATCTCCAGCGT‑GTCTTGCCCGGTCAG‑CAATGGTAACAGAGGAGATGGGT‑ATGCAACGTCTGGCCACCATTGCACCGCCACAGGTTCATGAGATATGGGCGCTACTCAGCCAGATCCCGGACCCGGAGATCCCGGTGCTGACCATTACTGATTTAGGCATGGTGCGTAATGTGa < 1:303354/251‑1 (MQ=255) agagCAGGCGTA‑TCGCACTGGCGGTAAAAAAGGTCTGCATCCCGAACCCCTTGGCCCCATGCTGGC‑AGAAATGCAGTATCTCCAGCGT‑GTCTTGCCCGGTCAG‑CAATGGTAACAGAGGAGATGGGT‑ATGCAACGTCTGGCCCCCATTGCACCGCCACAGGTTCATGAGATATGGGCGCTACTCAGCCAGATCCCGGACCCGGAGATCCCGGTGCTGACCATTACTGATTTAGGCATGGTGCGTAATGTGac < 1:229081/251‑1 (MQ=255) agagCAGGCGTA‑TCGCACTGGCGGTAAAAAAGGACTGAATACCGAACCCCTTGGACCCATGCTGTC‑AGAAATGCAGTATCTCCAGCGT‑GTCTTGCCCGGTCAG‑CAATGGTAACAGAGGGGAGGGGT‑ATACAACTTCTGGCCACCATTGCACCGCCACAGGTTCATGAGATATGGGCGCTACTCAGCCAGATCCCGGACCCGGAGATCCCGGTGCTGACCATTACTGATTTAGGCATGGTGCGTAATGTGac < 2:250433/251‑1 (MQ=255) 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TGCACTGAGTGAAGAGGGTATTGCGGTTGATCCACGCACTTTACGCGCAGCGTGGGAAGCCGAAGTTTTTGCCGGGATCAACGAAGCCACATTGAACGTACCGCAAGAGCAGGCGTA‑TCGCACTGGCGGTAAAAAAGGACTGCATACCGAACACCTTGGACCCATGCTGGC‑AGAAATGCAGTATCTCCAGCGT‑GTCTTGCCCGGTCAG‑CAATGGTAACAGAGGAGATGGGT‑ATGCAACGTCTGGCCACCATTGCACCGCCACAGGTTCATGAGATATGGGCGCTACTCAGCCAGATCCCGGACCCGGAGATCCCGGTGCTGACCATTACTGATTTAGGCATGGTGCGTAATGTGACACAGATGGGAGAAGGATGGGTGATCGGCTTTACGCCGACATATTCCGGTTGTCCGGCAACGGAACATTTGATTGGCGCGATACGTGAGGCAATGACAACCAACGGGTTTACCCCCGTTCAGGTTGTGCTGCAACTCGAC > NC_000913/1455694‑1456188 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |