| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,518,356 | A→G | intergenic (‑121/‑16) | fecI ← / → ykiE | RNA polymerase sigma factor FecI/protein YkiE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,518,356 | 0 | A | G | 96.7% | 212.4 / ‑5.9 | 62 | intergenic (‑121/‑16) | fecI/ykiE | RNA polymerase sigma factor FecI/protein YkiE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base G (33/26); total (34/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.14e-01 | |||||||||||
CATCTGCATCAAAAGCAGACTGGAGTTTGCGCGTCAGCCAGCTTTTCAACCAGCCGTGATGTGTGCCATAAAGCGACTCGAACGTTAAGGAAGCTGTGG‑TAGTGGCGCGGTCAGACATGCGGAGTGCATCAAAAGTTAATTATCACGTAGTCATATTAATATGAGAATGGTTATCATTACAATTGGAAATAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCATGTGTCGGTCAGAATGACTCATGATGTGGTCTGCTATTATTGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGCTTCCATTTCCATCAGATGTCCTTCCTGCTCCGCTACTGAAGGCGTGGTGCGTAACGGCAA > NC_000913/4518118‑4518591 | cATCTGCATCAAAACGAGACTGGAGTTGGCGCGTCTGCCAGCTTTTCAACCAGCCGTGATGTGGGCCATAAAGCGACTCGAACGTTAAGGAAGCTGTGG‑TAGTGGCGCGGTCAGACATGCGGAGGGCATCAAAAGATAATTATCACGTAGTCATATTAATATGAGAATGGTTATCATTACAATTGGAAATAAAATTGTTTCCAATAGTCATTTATAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAggtatgtac < 2:133424/251‑2 (MQ=255) aTCTGCATCAAAAGCAGACTGGAGTTTGCGCGTCAGCCAGCTTTTCAACCAGCCGTGATGTGTGCCATAAAGCGACTCGAACGTTAAGGAAGCTGTGG‑TAGTGGCGCGGGCAGAAATGCGGAGTGCATCAAAAGTTAATTATCACGTAGTAATATTTATATGAGAATGGTTATAATTACAATTGGAAATAAAATTGTTTCCAATAAACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAGGTGTTGTAAGGTAGGtat > 2:391760/1‑250 (MQ=255) gcttcaaaagccgccgtgcgTTTGCGCGGCTGCAACCTTTTCAACCAGCCGTGATGTGTGCCATAAAGCGACTCGAACGTTAAGGAAGCTGTGG‑TAGTGGTGCGGTCAGACATGCGGAGTTCATCAATAGCGAATTAGCACGTAGTCTTATTATTATGAGAATGGTTATCATTACAATTGGAAATAAAATTGTCTACAACAGACATTTTTACCATGGTGTTTTTCTAAGTGTTTTGAGGTTGGTTTAAAAt < 2:542431/232‑1 (MQ=255) cAAAAGCAGACTGGAGTTTGCGCGTCAGCCAGCTTTTCAACCAGCCGTGATGTGTGCCATAAAGCGACTCGAACGTTAAGGAAGCTGTGG‑TAGTGGCGCGGTCAGACATGCGGAGTGCATCAAAAGTTAATTATCACGTAGTCATATTAATATGAGAATGGTTATCATTACAATTGGAAATAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATggg < 1:231074/250‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |