| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,113,177 | A→G | intergenic (‑116/+257) | rfbB ← / ← galF | dTDP‑glucose 4,6‑dehydratase 1/UTP:glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase, low activity |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,113,177 | 0 | A | G | 98.1% | 188.0 / NA | 53 | intergenic (‑116/+257) | rfbB/galF | dTDP‑glucose 4,6‑dehydratase 1/UTP:glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase, low activity |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (20/32); minor base T (0/1); total (20/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGTGATTCCCGGTTTCCGGCGTACGTTAATTTATCGACATTAACAACACTATCCTGCGTATTATTTATAATGTGACGAACTACAGCTGAACCAATAAATCCTGCGCCACCAGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGCATGCTGTGAAATAA‑GCGGCTCTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTCAAACGCTAATTGTCTTACCAATCCGCTCTGGAAACAAGGAAAATCCTGGAAAACTTTGAATAAAACCCTACTGCTAACTCGTTGTTATTCTGATGGTTTATATAAAACAACGGCAGGAAGATTCGCAACAAATTACTTTTGCTGCGAATTTTCACTGCCGTTATAATTTTCTTATCAACCGTTACAT > NC_000913/2112934‑2113418 | tggacagtgcgtgctgctgtgcggtgtgatcaccgcgctgaatgctcgcggcctggaatgttcgcaaataatgttacaaagtacttaataaatgttaaatagcttatccatgcttatatgcttacggctttatTTATTCCATATTACTTCAGAGCATGCTGTGAAATAA‑GCGGCTCTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTgcgtgcat < 2:60200‑M2/116‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |