| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 536,173 | T→C | L155P (CTC→CCC) | hyi → | hydroxypyruvate isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 536,173 | 0 | T | C | 98.1% | 189.0 / NA | 53 | L155P (CTC→CCC) | hyi | hydroxypyruvate isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (29/23); minor base A (1/0); total (30/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 | |||||||||||
ATTCCTGGCCGTGAAGAAGAGTTTCGGGATGGCGTAGCAGCAGCGATTCGTTATGCCCGTGCGCTGGGTAATAAAAAAATTAACTGTCTGGTCGGTAAAACGCCGGCTGGTTTCAGCAGTGAACAGATTCACGCAACGCTTGTAGAAAACCTGCGTTATGCCGCGAATATGCTGATGAAAGAAGATATTTTATTACTGATTGAACCTATTAACCATTTTGATATTCCTGGTTTCCATCTCACCGGAACTCGGCAGGCGCTGAAATTGATTGATGATGTTGGTTGCTGCAATTTGAAAATTCAGTATGACATTTATCATATGCAGCGGATGGAAGGTGAATTAAC‑CAACACCATGACTCAGTGGGCTGATAAAATTGGT‑CACCTGCAAATTGCCGATAATCCGCATCGCGGCGAACCGGGAACCGGAGAAATTAATTATGATTATCTCTTTAAGGTAATCGAAAATTCTGACTACAACGG > NC_000913/535935‑536413 | aTTCCTGGTCGTGAAGAGGAGGTCCAGGATGGCGTAGCAGCAGCGATTCGTTTTGCCCGTGCGCTGGGTAATAAAAAAATTAACTGTCTGGTCGGTAAAACGCCGGCTGGTTTCAGCAGTGAACAGATTCACGCAACGCTTGTAGAAAACCTGCGTTATGCCGCGAATATGCTGATGAAAGAAGATATTTTATTACTGATTGAACCTATTAACCATTTTGATATTCCTGGTTTCCATCCCACCGGAACTCg > 2:206000/1‑251 (MQ=255)aTTCCTGGCCGTGAAGAAGAGTTTCGGGATGGCGTAGCAGCAGCGATTCGTTATGCCCGTGCGCTGGGTAATAAAAAAATTAACTGTCTGGTCGGTAAAACGCCGGCTGGTTTCAGCAGTGAACAGATTCACGCAACGCTTGTAGAAAACCTGCGTTATGCCGCGAATATGCTGATGAAAGAAGATATTTTATTACTGATTGAACCTATTAACCATTTTGATATTCCTGGTTTCCATCCCACCGGAACTCg < 1:379109/251‑1 (MQ=255) gTGAAGAAGAGTTTCGGGATGGCGTAGCAGCAGCGATTCGTTATGCCCGTGCGCTGGGTAATAAAAAAATTAACTGTCTGGTCGGTAAAACGCCGGCTGGTTTCAGCAGTGAACAGATTCACGCAACGCTTGTAGAAAACCTGCGTTATGCCGCGAATATGCTGATGAAAGAAGATATTTTATTACTGATTGAACCTATTAACCATTTTGATATTCCTGGTTTCCATCCCACCGGAACTCGGCAGGCGCTg > 1:547004/1‑251 (MQ=255) gaagaGTTTCGGGATGGCGTAGCAGCAGCGATTCGTTATGCGCGTGCGCTGGGTAATAAAAAAATTAACTGTCTGGTCGGTAAAACGCCGGCTGGTTTCAGCAGTGATCAGATTCACGCAACGCTTGTAGAAAACCTGCGTTATGCCGCGAATATGCTGATGAAAGAAGATATTTTATTACTGATTGAACCTATTAACCAGTTTGATATTCCAGGTTTCCAACCCACCGGAACTCGGCAGGCGCTGAAatt < 2:120182/251‑1 (MQ=255) 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ATTCCTGGCCGTGAAGAAGAGTTTCGGGATGGCGTAGCAGCAGCGATTCGTTATGCCCGTGCGCTGGGTAATAAAAAAATTAACTGTCTGGTCGGTAAAACGCCGGCTGGTTTCAGCAGTGAACAGATTCACGCAACGCTTGTAGAAAACCTGCGTTATGCCGCGAATATGCTGATGAAAGAAGATATTTTATTACTGATTGAACCTATTAACCATTTTGATATTCCTGGTTTCCATCTCACCGGAACTCGGCAGGCGCTGAAATTGATTGATGATGTTGGTTGCTGCAATTTGAAAATTCAGTATGACATTTATCATATGCAGCGGATGGAAGGTGAATTAAC‑CAACACCATGACTCAGTGGGCTGATAAAATTGGT‑CACCTGCAAATTGCCGATAATCCGCATCGCGGCGAACCGGGAACCGGAGAAATTAATTATGATTATCTCTTTAAGGTAATCGAAAATTCTGACTACAACGG > NC_000913/535935‑536413 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |