| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,130,374 | 0 | C | T | 22.9% | 175.0 / 14.5 | 83 | A164T (GCG→ACG) | flgA | flagellar basal body P‑ring formation protein FlgA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (49/15); new base T (0/19); total (49/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.26e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.72e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CATGGTTTATTCCTCATTGAGGGCGCTTTTATCATGTGTTGCTTATTTATCGGCAAGGGACGGGTAATCTTTAACAGCTTACAGGTTTATAAGAATATTCCCATCTGCATCAACAAC‑GCCGCTGACTACCTGTCCCGATACCATGCGCACCCGCGCATTCTGTGCGACGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGACCTT‑CTGCGTTGGCGCTAAACCCA‑TCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATCAACAAGTTGATTGATATCCAGCACCGTACGCGGTGGCAGGGTATCCAGCCGTCCGCGTTTCAGTTTGACATTGCCAGCTTCCAGCTTTCCTCCCCGCGCAATGGGCATCGCGGCAACCACATAATTTCCTGTGGCCTGTACATTAACCTGTAAATATCGTTTGTCGTT > NC_000913/1130126‑1130620 | cATGGTTTATTCCTCATTGAGGGCGCTTTTATCATGTGTTGCTTATTTATCGGCAAGGGACGGGTAATCTTTAACAGCTTACAGGTTTATAAGAATATTCCCATCTGCATCAACAAC‑GCCGCTGACTACCTGTCCCGATACCATGCGCACCCGCGCATTCTGTGCGACGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGACCTT‑CTGCGTTGGCGCTAAACCCA‑TCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCtt < 2:231770/251‑1 (MQ=255)cATGGTTTATTCCTCATTGAGGGCGCTTTTATCATGTGTTGCTTATTTATCGGCAAGGGACGGGTAATCTTTAACAGCTTACAGGTTTATAAGAATATTCCCATCTGCATCAACAAC‑GCCGCTGACTACCTGTCCCGATACCATGCGCACCCGCGCATTCTGTGCGACGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGACCTT‑CTGCGTTGGCGCTAAACCCA‑TCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCt < 2:120922/250‑1 (MQ=255)cATGGTTTATTCCTCATTGAGGGCGCTTTTATCATGTGTTGCTTATTTATCGGCAAGGGACGGGTAATCTTTAACAGCTTACAGGTTTATAAGAATATTCCCATCTGCATCAACAAC‑GCCGCTGACTACCTGTCCCGATACCATGCGCACCCGCGCATTCTGTGCGACGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGACCTT‑CTGCGTTGGCGCTAAACCCA‑TCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCt < 1:385985/250‑1 (MQ=255) ggTTTATTCCTCATTGAGGGCGCTTTTATCATGTGTTGCTTATTTATCGGCAAGGGACGGGTAATCTTTAACAGCTTACAGGTTTATAAGAATATTCCCATCTGCATCAACAAC‑GCCGCTGACTACCTGTCCCGATACCATGCGCACCCGCGCATTCTGTGCGACGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGACCTT‑CTGCGTTGGCGCTAAACCCA‑TCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCtttt > 1:397922/1‑250 (MQ=255) tCCTCATTGAGGGCGCTTTTATCATGTGTTGCTTATTTATCGGCAAGGGACGGGTAATCTTTAACAGCTTACAGGTTTATAAGAATATTCCCATCTGCATCAACAAC‑GCCGCTGACTACCTGTCCCGATACCATGCGCACCCGCGCATTCTGTGCGACGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGACCTT‑CTGCGTTGGCGCTAAACCCA‑TCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGcc > 1:628314/1‑250 (MQ=255) tCCTCATTGAGGGAGCTTTTCTCCTGTGTTGCTTATTTATCGGCACGGGACGGGTAATCTTTAACAGCTTACAGGTTTATAAGAATATTCCCATCTGCATCAACAAC‑GCCGCTGACTACCTGTCCCGATACCATGCGCACCCGCGCATTCTGTGCGACGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGACCTT‑CTGCGTTGGCGCTAAACCCA‑TCCCCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGcc > 2:538908/1‑250 (MQ=255) aTTGCGGGCGCTTTTATCATGTGTTGCTTATTTATCGGCAAGGGACGGGTAATCTTTAACAGCTTACAGGTTTATAAGAATATTCCCATCTGCATCAACAAC‑GCCGCTGACTACCTGTCCCGATACCATGCGCACCCGCGCATTCTGTGCGACGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGACCTT‑CTGCGTTGGCGCTAAACCCA‑TCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCt > 2:110296/1‑251 (MQ=255) gAGGGCGCTTTTATCATGTGTTGCTTATTTATCGGCAAGGGACGGGTAATCTTTAGCAGCTTACAGGTTTATAAGAATATTCCCATCTGCATCAACAAC‑GCCGCTGACTACCTGTCCCGATACAATGCGCACCCGCGCATTCTGTGAGACGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGACCTT‑ATGCGTTGGCGCTAAACCCA‑TCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATTCCTggg > 2:542656/1‑250 (MQ=255) aGGGCGCTTTTATCATGTGTTGCTTATTTATCGGCAAGGGACGGGTAATCTTTAACAGCTTACAGGTTTATAAGAATATTCCCATCTGCATCAACAAC‑GCCGCTGACTACCTGTCCCGATACCATGCGCACCCGCGCATTCTGTGCGACGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGACCTT‑CTGCGTTGGCGCTAAACCCA‑TCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCg > 1:76916/1‑251 (MQ=255) tATCATGTGTTGCTTATTTATCGGCAAGGGACGGGTAATCTTTAACAGCTTACAGGTTTATAAGAATATTCCCATCTGCATCAACAAC‑GCCGCTGACTACCTGTCCCGATACCATGCGCACCCGCGCATTCTGTGCGACGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGACCTT‑CTGCGTTGGCGCTAAACCCA‑TCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGtt > 1:357773/1‑251 (MQ=255) cATGTGTTGCTTATTTATCGGCAAGGGACGGGTAATCTTTAACAGCTTACAGGTTTATAAGAATATTCCCATCTGCATCAACAAC‑GCCGCTGACTACCTGTCCCGATACCATGCGCACCCGCGCATTCTGTGCGACGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGACCTT‑CTGCGTTGGCGCTAAACCCA‑TCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAAc > 1:483664/1‑251 (MQ=255) tGCTTATTTATCGGCAAGGGACGGGTAATCTTTAACAGCTTACAGTTTTATAAGAATATCCCCATCTGCATCAACACC‑GCCGCTGACTACCTGTCCCGATCCCATGCCCCCCCGCCCTTTCGGGGCGACGGCTTCTTTGTCCATCGCCTGCCCTT‑CTGCGTTGGCGCAAAACCCA‑TCACCGCGGGCGATCACATTGACGTGTTGTCCCGTTTTGACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATa < 1:454847/250‑1 (MQ=255) tttttatgcggaaaGGGACGGGTACTCTTTAACATCTTACAGTTTTAAAAGAATTTCCCCATCTCAATCAACAAC‑GCCGCTGCCTCCCTGCCCCGATCCCAGGCCCCCCCGCGCTTTCTGTGCGCCGGCTGCTTTGTTCGGCGCTTGCCTTT‑CTGCGTTGGCGCAAAACCCA‑CCCCCGTGGGCGATCCCATTGACGGTTTTTCCCTTTTTTCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGt < 2:535797/238‑1 (MQ=255) atttatAGGCAAGGGACGGGTAATCTTTAACAGATTACAGGTTTATAAGAATATTCCCATCTGCATCAACAAC‑GCCGCTGACTACCTGTCCCGATACCATGCGCACCCGCGCATTCTGTGCGACGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGACCTT‑CTGCGTTGGCGCTAAACCCA‑TCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGCAAATGGGTTAACTGGATAGGTTg > 2:577469/1‑250 (MQ=255) accGGCAAGGGACGGGTATTCTTTAACACCTTACAGGTTTATAAGAATTTTCCCTTTTGAACCAACAAC‑GCCGCTTACTTCCTGTCCCGATCCCAGGCGCCCCCGCGCATTCTGTGCGACGGCTGCATTTTCCGGCGCCTGCCCTT‑CTGCGTTGGCGTTAACCCCA‑TCACCGCTGGCGATCACTTGGACGCGTTTCCCCTTTTTTCCCCGCCATTCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCg < 1:469370/248‑1 (MQ=255) taCGGTTAATCTTTAACAGCTTACAGGTTTAAAAGAATATTCCCATCGGCATCAACACC‑GCCGCTGACTCCCTGCCCCGATCCCATGCGCACCCGCGCATTCTGTGCGACGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGCCCTT‑CTGCTTTGGCGTTAAACCCA‑TCCCCGCGGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATc < 1:176513/238‑1 (MQ=255) gACGGGTAATCTTTAACAGCTTACAGGTTTATAAGAATATTCCCATCTGCATCAACAAC‑GCCGCTGACTACCTGTCCCGATACCATGCGCACCCGCGCATTCTGTGCGACGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGACCTT‑CTGCGTTGGCGCTAAACCCA‑TCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATc > 2:176513/1‑239 (MQ=255) aCGGGTAATCTTTAACAGCTTACAGGTTTATAAGAATATTCCCATCTGCATCAACAAC‑GCCGCTGACTACCTGTCCCGATACCATGCGCACCCGCGCATTCTGTGCGACGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGACCTT‑CTGCGTTGGCGCTAAACCCA‑TCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGAt > 2:413127/1‑245 (MQ=255) gggTAATCTTTAACAGCTTACAGGTTTATAAGAATATTCCCATCTGCATCAACAAC‑GCCGCTGACTACCTGTCCCGATACCATGCGCACCCGCGCATTCTGTGCGACGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGACCTT‑CTGCGTTGGCGCTAAACCCA‑TCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAAATGGGTTCACTGGATAGGTTGATCGGGCGATAGATcgcg > 2:629151/1‑251 (MQ=255) aatttttAACAGTTTACGGGTTTATAAGAATATCCCCATCTGCATCACCAAC‑GCCGCTGCCTCCCTGCCCCGATACCATGGGCCCCCGCGTTTTCGGGGCGGCGGTTCCTTTGTTCGGCGTCTGACCTT‑CTGGGTTGGCGCAAAACCCA‑CCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCGGTTTTTCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAgg < 2:626281/247‑1 (MQ=255) aaTCTTTAAAAGCTTCTAGTTTTAAAAAAATTTCCCCATCTGCATCA‑CAACCGCCCTTGACTCTCTGCCCCGTTCCCATCCCCCCCCGCGCATTCTGTGCGCCGGCTGCTTTGTCCAGCGCCTCACCTT‑CTGCGTTGACGCTAACCCCA‑TCACGGCTGGCCATCACATTGACGCGTTTTCCCGCTTTTCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAg < 1:49214/250‑1 (MQ=255) aTCTTTAACAGCTTACAGGTTTATAAGAATATTCCCATCTGCATCAACAAC‑GCCGCTGACTACCTGTCCCGATACCATGCGCACCCGCGCATTCTGTGCGACGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGACCTT‑CTGCGTTGGCGCTAAACCCA‑TCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTaa > 2:376641/1‑216 (MQ=255) aTCTTTAACAGCTTACAGGTTTATAAGAATATTCCCATCTGCAACAACAAC‑GCCGCTGACTCCCTGTCCCGATACCATGCGCCCCCGCGCATTCTGTGCGACGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGCCCTT‑CTGCGTTGGCGCTAACCCCA‑CCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTGGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTaa < 1:376641/216‑1 (MQ=255) tCTTTAACAGCTTACAGGTTTATAAGAATATTCCCATCTGCATCAACAAC‑GCCGCTGACTACCTGTCCCGATACCATGCGCACCCGCGCATTCTGTGCGACGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGACCTT‑CTGCGTTGGCGCTAAACCCA‑TCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTCACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCt > 2:50483/1‑251 (MQ=255) aCAGCTTACAGGTTTATAAGAATATTCCCATCTGCATCAACAAC‑GCCGCTGACTACCTGTCCCGATACCATGCGCACCCGCGCATTCTGTGCGACGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGACCTT‑CTGCGTTGGCGCTAAACCCA‑TCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGc > 2:380177/1‑251 (MQ=255) 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aaGAATATTCCCATCTGCATCAACAAC‑GCCGCTGACTACCTGTCCCGATACCATGCGCACCCGCGCATTCTGTGCGACGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGACCTT‑CTGCGTTGGCGCTAAACCCA‑TCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATCAACAAGttgattg > 1:629907/1‑250 (MQ=255) aGAATATTCCCATCTGCATCAACAAC‑GCCGCTGACTACCTGTCCCGATACCATGCGCACCCGCGCATTCTGTGCGACGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGACCTT‑CTGCGTTGGCGCTAAACCCA‑TCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATCAACAAGTtgattgat > 2:523143/1‑251 (MQ=255) aGAATATTCCCATCTGCATCAACAAC‑GCCGCTGACTACCTGTCCCGATACCATGCGCACCCGCGCATTCTGTGCGACGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGACCTT‑CTGCGTTGGCGCTAAACCCA‑TCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATCAACAAGTtgattgat > 2:13134/1‑251 (MQ=255) aGAATATTCCCATCTGCATCAACAAC‑GCCGCTGACTACCTGTCCCGATACCATGCGCACCCGCGCATTCTGTGCGACGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGACCTT‑CTGCGTTGGCGCTAAACCCA‑TCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATCAACAAGTtgattgat > 1:345112/1‑251 (MQ=255) ttCCCATCTGCATCAACAAC‑GCCGCTGACTACCTGTCCCGATACCATGCGCACCCGCGCATTCTGTGCGACGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGACCTT‑CTGCGTTGGCGCTAAACCCA‑TCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATCAACAAGTTGATTGATATcc > 1:392746/1‑249 (MQ=255) tccccgtcggCATCAACAAC‑GCCGCTGCCTCCCGGCCCCGATCCCATGCGCACCCGCGCATTCTGTGCGCCGGTTGCATTGTTCAGCGC‑TGGCCTTTCGGCGTGGGCGCTAAACCCA‑CCACCGCTGGCGATCACATGGACGGGTTGCCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATCAACAAGTTGATTGATATCCa < 1:397149/241‑1 (MQ=255) cccATCTGCATCAACAAC‑GCCGCTGACTACCTGTCCCGATACCATGCGCACCCGCGCATTCTGTGCGACGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGACCTT‑CTGCGTTGGCGCTAAACCCA‑TCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATCAACAAGTTGATTGATATCCAGc > 1:509127/1‑250 (MQ=255) ccATCTGCATCAACAAC‑GCCGCTGACTACCTGTCCCGATACCATGCGCACCCGCGCATTCTGTGCGACGGCTGAATTGTTCAGCGCCTGACCTT‑CTGCGTTGGCGCTAAACCCA‑TCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCACGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATCAACAAGTTGATTGATATCCAGCAc > 1:495299/1‑251 (MQ=255) cTGCATCAACAAC‑GCCGCTGACTACCTGTCCCGACACCATGCGCACCCGCGCATTCTGTGCGACGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGACCTT‑CTGCGTTGGCGCTAAACCCA‑TCACCGCTGGCGCTCCCATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATCAACCAGTTGATTGATATCCAGCACCGtc > 2:183055/1‑250 (MQ=255) 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cgaacccaggcgcACCCGCGCATTCTGGGCGACGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGACCTT‑CGGCGTTGGCGCTAACCCCA‑TCCCCGCTGGCGATCACATGGACGCGTTGCCCCGTTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATCAACAAGTTGATTGATATCCAGCACCGTACGCGGTGGCAGGGTATCCAGCCGTCCGCGtt < 1:501710/242‑1 (MQ=255) ggcgcCCCCGCGCATTCTGTGCGACGGCTGCATGGTTCAGCGCCTGCCCTT‑CTGCGTTGGCGCTAACCCAA‑CCCCCGCTGGCGATCACATTGCCGCGTGGCCCCGTTTTTCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATCAACAAGTTGATTGATATCCAGCACCGTACGCGGTGGCAGGGTATCCAGCCGTCCGCGTTTCAGTTTg < 1:109572/250‑1 (MQ=255) cgcACCCGCGCATTCTGTGCGACGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGACCTT‑CTGCGTTGGCGCTAAACCCA‑TCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATCAACAAGTTGATTGATATCCAGCACCGTACGCGGTGGCAGGGTATCCAGCCGTCCGCGTTTCAGTTTGAc > 1:472341/1‑251 (MQ=255) 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gCGACGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGACCTT‑CTGCGTTGGCGCTAAACCCA‑TCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATCAACAAGTTGATTGATATCCAGCACCGTACGCGGTGGCAGGGTATCCAGCCGTCCGCGTTTCAGTTTGACATTGccagcttccagctt > 1:435502/1‑251 (MQ=255) gACGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGACCTT‑CTGCGTTGGCGCTAAACCCA‑TCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATCAACAAGTTGATTGATATCCAGCACCGTACGCGGTGGCAGGGTATCCAGCCGTCCGCGTTTCAGTTTGACATTGCCAGCTTCCAGCTTtc > 1:204008/1‑251 (MQ=255) ggCTGCATTGTTCAGCGCCTGACCTT‑CTGCGTTGGCGCTAAACCCA‑TCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATCAACAAGTTGATTGATATCCAGCACCGTACGCGGTGGCAGGGTATCCAGCCGTCCGCGTTTCAGTTTGACATTGCCAGCTTCCAGCTTtcctc > 1:292422/1‑251 (MQ=255) cTGCATTGTTCAGCGCCTGACCTT‑CTGCGTTGGCGCTAAACCCA‑TCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATCAACAAGTTGATTGATATCCAGCACCGTACGCGGTGGCAGGGTATCCAGCCGTCCGCGTTTCAGTTTGACATTGCCAGCTTCCAGCTTTCCTccc > 2:368636/1‑251 (MQ=255) gcgcctgcctttcttggTTGGCGCTAACCCCA‑TCACCGCTGGCGACCACTTGGACGGGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATCAACAAGTTGATTGATATCCAGCACCGTACGCGGTGGCAGGGTATCCAGCCGTCCGCGTTTCAGTTTGACATTGCCAGCTTCCAGCTTTCCTCCCCGCGCAATGGGc < 1:21078/235‑1 (MQ=255) cctatcttt‑CTGCTTTGGCGCTAAACCCC‑TCCCCGGTGGCGACCACTTTGACGCGTTGCCCCGCTTTCCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATCAACAAGTTGATTGATATCCAGCACCGTACGCGGTGGCAGGGTATCCAGCCGTCCGCGTTTCAGTTTGACATTGCCAGCTTCCAGCTTTCCTCCCCGCGCAATGGGCATc < 2:204008/244‑1 (MQ=255) t‑CTGCGTTGGCGCTAAACCAA‑TCCCCGCGGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGTTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATCAACAAGTTGATTGATATCCAGCACCGTACGCGGTGGCAGGGTATCCAGCCGTCCGCGTTTCAGTTTGACATTGCCAGCTTCCAGCTTTCCTCCCCGCGCAATGGGCATCGCGGCa < 1:355179/249‑1 (MQ=255) gtgTTGGCCCTAAACCCA‑CCCCCGCGGGCTATCCCATTTACGGGTGGCCCCGTTTTTGCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATCAACAAGTTGATTGATATCCAGCACCGTACGCGGTGGCAGGGTATCCATCCGTCCGCGTTTCAGTTTGACATTGCCAGCTTCCAGCTTTCCTCCCCGCGCAATGGGCATCGCGGCAAc < 1:437268/246‑1 (MQ=255) gTTGGCGCTAACCCCA‑CCCCCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGTTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATCAACAAGTTGATTGATATCCAGCACCGTACGCGGTGGCAGGGTATCCAGCCGTCCGCGTTTCAGTTTGACATTGCCAGCTTCCAGCTTTCCTCCCCGCGCAATGGGCATCGCGGCAACCACAt < 1:512703/251‑1 (MQ=255) 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cccccgcgggcactacctttggctcgTTGTCCCGTTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATCAACAAGTTGATTGATATCCAGCACCGTACGCGGTGGCAGGGTATCCAGCCGTCCGCGTTTCAGTTTGACATTGCCAGCTTCCAGCTTTCCTCCCCGCGCAATGGGCATCGCGGCAACCACATAATTTCCTGTGGCCTg < 2:452530/227‑1 (MQ=255) ccccGCTGGCGACCACATTGAGGCGTGGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATCAACAAGTTGATTGATATCCAGCACCGTACGCGGTGGCAGGGTATCCAGCCGTCCGCGTTTCAGTTTGACATTGCCAGCTTCCAGCTTTCCTCCCCGCGCAATGGGCATCGCGGCAACCACATAATTTCCTGTGGCCt < 1:50483/247‑1 (MQ=255) cACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATCAACAAGTTGATTGATATCCAGCACCGTACGCGGTGGCAGGGTATCCAGCCGTCCGCGTTTCAGTTTGACATTGCCAGCTTCCAGCTTTCCTCCCCGCGCAATGGGCATCGCGGCAACCACATAATTTCCTGTGGCCTGt > 1:490590/1‑251 (MQ=255) 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gcgTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATCAACAAGTTGATTGATATCCAGCACCGTACGCGGTGGCAGGGTATCCAGCCGTCCGCGTTTCAGTTTGACATTGCCAGCTTCCAGCTTTCCTCCCCGCGCAATGGGCATCGCGGCAACCACATAATTTCCTGTGGCCTGTACATTAACCTGTAAATATCGtt > 2:316289/1‑251 (MQ=255) gccccGCTTTTCCCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATCAACAAGTTGATTGATATCCAGCACCGTACGCGGTGGCAGGGTATCCAGCCGTCCGCGTTTCAGTTTGACATTGCCAGCTTCCAGCTTTCCTCCCCGCGCAATGGGCATCGCGGCAACCACATAATTTCCTGTGGCCTGTACATTAACCTGTAAATATCGTTTGTc < 2:490590/248‑1 (MQ=255) gTCCCGTTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATCAACAAGTTGATTGATATCCAGCACCGTACGCGGTGGCAGGGTATCCAGCCGTCCGCGTTTCAGTTTGACATTGCCAGCTTCCAGCTTTCCTCCCCGCGCAATGGGCATCGCGGCAACCACATAATTTCCTGTGGCCTGTACATTAACCTGTAAATATCGTTTGt < 1:542559/249‑1 (MQ=255) 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cccGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATCAACAAGTTGATTGATATCCAGCACCGTACGCGGTGGCAGGGTATCCAGCCGTCCGCGTTTCAGTTTGACATTGCCAGCTTCCAGCTTTCCTCCCCGCGCAATGGGCATCGCGGCAACCACATAATTTCCTGTGGCCTGTACATTAACCTGTAAATATCGTTTGTCGtt > 1:175355/1‑251 (MQ=255) | CATGGTTTATTCCTCATTGAGGGCGCTTTTATCATGTGTTGCTTATTTATCGGCAAGGGACGGGTAATCTTTAACAGCTTACAGGTTTATAAGAATATTCCCATCTGCATCAACAAC‑GCCGCTGACTACCTGTCCCGATACCATGCGCACCCGCGCATTCTGTGCGACGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGACCTT‑CTGCGTTGGCGCTAAACCCA‑TCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCCGCTTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATCAACAAGTTGATTGATATCCAGCACCGTACGCGGTGGCAGGGTATCCAGCCGTCCGCGTTTCAGTTTGACATTGCCAGCTTCCAGCTTTCCTCCCCGCGCAATGGGCATCGCGGCAACCACATAATTTCCTGTGGCCTGTACATTAACCTGTAAATATCGTTTGTCGTT > NC_000913/1130126‑1130620 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |