| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,961,950 | Δ28,129 bp | yecT–[tyrP] | 33 genes yecT, flhE, flhA, flhB, cheZ, cheY, cheB, cheR, tap, tar, cheW, cheA, cheA, motB, motA, motR, flhC, flhD, insB5, insA5, uspC, otsA, otsB, araH, araG, araF, ftnB, yecJ, azuC, yecR, ftnA, yecH, [tyrP] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1961950 | 1990078 | 28129 | 45 [0] | [0] 45 | yecT–[tyrP] | yecT,flhE,flhA,flhB,cheZ,cheY,cheB,cheR,tap,tar,cheW,cheA,cheA,motB,motA,motR,flhC,flhD,insB5,insA5,uspC,otsA,otsB,araH,araG,araF,ftnB,yecJ,azuC,yecR,ftnA,yecH,[tyrP] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1961949 | 0 (0.000) | 45 (0.590) | 40/492 | 0.6 | 100% | intergenic (‑68/‑23) | yecV/yecT | protein YecV/protein YecT |
| ? | NC_000913 | 1990079 = | 0 (0.000) | coding (399/1212 nt) | tyrP | tyrosine:H(+) symporter | |||||
ACTGACGGCGAAGACGCTGAAGCTGGGTCTGGATACGCTGGGTATTGAGACTGTAGAGCGTATGTAATCGATTTTTCGTGAGAGTGAAGCCTGATCAGGGTTAGCCGATCAGGCTTTTTTATTGCCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGGTTGAATTTAAGGAATACCGCAGTGTTTAAATTTCTTGTATTAACATTAGGCATTATCTCTTGCCAGGCTTACGCAGAAGATACGGTTATAGTAAACGACCATGACATTTCAGCCATCAAAGATTGTTGGCAAAAAAATTCAGATGATGATACTGACGTTAACGTGATCAAATCATGCCTGCGACAAGAATACAATCTCGTCGATGCGCAATTAAATAAAGCCTATGGTGAAGCTTATCGTTATAT > NC_000913/1961729‑1962195 | aCTGACGGCGAAGACGCTGAAGCTGGGTCTGGATACGCTGGGTATTGAGACTGTAGAGCGTATGTAATCGATTTTTCGTGAGAGTGAAGCCTGATCAGGGTTAGCCGATCAGGCTTTTTTATTGCCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcga < 1:138654‑M1/251‑31 (MQ=255)aCTGACGGCGAAGACGCTGAAGCTGGGTCGGGATACGCTGGGTATTGAGACTGTAGAGCGTATGTAATCGATTTTTCGTGAGAGTGAAGCCTGTTCAGGGTTAGCCGTTCAGGCTTTTTTATTGCCATCTAAATGTATTCTAAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGTTAACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcga < 1:328773‑M1/251‑31 (MQ=255) aCGGCGAAGACGCTGAAGCTGGGTCTGGATACGCTGGGTATTGAGACTGTATAGCGTATGTAATAGATTTTACGTGCGAGTGAAGCCTGATCAGGGTTAGCCGATCAGGCTTTTTTATTGCCATCTAAATGAATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATACGAGGCCAGAAGCGTAATATACGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcgtttt > 1:7160‑M1/1‑217 (MQ=255) cGAAGACGCTGAAGCTGGGTTTGGATACGCTGGGTATTGAGACTGTAGGGCGTATGTAATCGATTTTTCGTGAGAGTGAAGCCTGATCAGGGTTAGCCGATCAGGCTTTTTTATTGCCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcgatttattta < 1:267612‑M1/251‑39 (MQ=255) aGACGCTGAAGCTGGGTCTGGATACGCTGGGTATTGAGACTGTAGAGCGTATGTAATCGATTTTTCGTGAGAGTGAAGCCTGATCAGGGTTAGCCGATCAGGCTTTTTTATTGCCATCTAAAGGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcgatttatttaacc < 2:365166‑M1/251‑42 (MQ=255) tGGATACGTTGGGTATTGAGACTGTAGAGCGTATGTAATCGATTTTTCGTGAGAGTGAAGCCTGATCAGGGTTAGCCGATCAGGCTTTTTGATGGCCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCTCTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtgttttgtgtcggaacttcactggtcgatttatttaaccgttttctgttcagcgcc < 2:412011‑M1/250‑59 (MQ=255) ggTATTGAGACTGTAGAGCGTATGTAATCGATTTTTCGTGAGAGTGAAGCCTGATCAGGGTTAGCCGATCAGGCTTTTTTATTGCCATCTAAATTTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcgatttatttaaccgttttctgttcagcgccaagattattttt < 1:566875‑M1/251‑71 (MQ=255) 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gaagagcgTATGTAATCGATTTTTCGTGAGAGTGAAGCCTGATCAGGGTTAGCCGATCAGGTTTTTTTATTGCCTTCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcgatttatttaaccgttttctgttcagcgccaagattatttttctggtggta < 1:390649‑M1/246‑80 (MQ=255) gTAGAGCGTATGTAATCTATTTTTCTGGAGAGGGAAGCCTGATCGGGGTTAGCCGATCAGGCTTTTTTATTGCCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcgatttatttaaccgttttctgttcagcgccaagattatttttctggtggtaat < 2:630118‑M1/250‑82 (MQ=255) agagCGTATGTAATCGATTTTTCGTGAGAGTGAAGCCTGATCAGGGTTAGCCGATCAGGCTTTTTTATTGCCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcgatttatttaaccgttttctgttcagcgccaagattatttttctggtggtaatgct > 1:57895‑M1/1‑167 (MQ=255) agCGTATGTAATCGATTTTTCGTGAGAGTGAAGCCTGATCAGGGTTAGCCGATCAGGCTTTTTTATTGCCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcgatttatttaaccgttttctgttcagc < 2:103723‑M1/220‑56 (MQ=255) agCGTATGTAATCGATTTTTCGTGAGAGTGAAGCCTGATCAGGGTTAGCCGATCAGGCTTTTTTATTGCCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcgatttatttaaccgttttctgttcagc > 1:103723‑M1/1‑165 (MQ=255) tATGTAATCGATTTTTCGTGAGAGTGAAGCCTGATCAGGGTTAGCCGATCAGGCTTTTTTATTGCCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcgatttatttaaccgttttctgttcagcgccaagattatttttctggtggtaatgctggtact > 2:509366‑M1/1‑161 (MQ=255) 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gCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcgatttatttaaccgttttctgttcagcgccaagattatttttctggtggtaatgctggtactactgctgccgcatattcacaaagtgactcttttaaccctgccgttgcaacaggggctggctctgtctgcaatcccggtgatttttacgtcgtt > 2:42172‑M1/1‑68 (MQ=255) gtgGATAAGAGGCCAGACGCGTAATATCCGGCAACAGGGAAAGGCTAAAGcgtggtttgtgtcggaacttcaatgggcgatttatataaacgttttctgttcagcgccaagattatttttatggtggtaatgctggtactactgctgccgcatattcacaaagtgaatcttttaacccggccgttgcaacaggggctggctatgtctgcaatcccggtgagttttacgtcgtttggttttcacggtcacgt > 2:518979‑M1/2‑50 (MQ=255) aGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGcttggtttgtgtcggaacttcactggtcgatttatttaaccgttttctgttcagcgccaagattatttttctggtggtaatgctggtactactgctgccgcatattcacaaagtgaatcttttaaccctgccgttgcaacaggggctggctctgtctgcaatcccggtgatttttacgtcgtttggttttcacggtagcgtgccgagtattgtcagct < 1:42172‑M1/251‑219 (MQ=255) 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< 2:127572‑M1/157‑153 (MQ=255) tAACGcgtggtttgtgtcggaacttcactggtcgatttatttaaccgttttctgttcagcgccaagattatttttctggtggtaatgctggtactactgctgccgcatattcacaaagtgaatcttttaaccctgccgttgcaacaggggctggctc > 1:127572‑M1/1‑5 (MQ=255) | ACTGACGGCGAAGACGCTGAAGCTGGGTCTGGATACGCTGGGTATTGAGACTGTAGAGCGTATGTAATCGATTTTTCGTGAGAGTGAAGCCTGATCAGGGTTAGCCGATCAGGCTTTTTTATTGCCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGGTTGAATTTAAGGAATACCGCAGTGTTTAAATTTCTTGTATTAACATTAGGCATTATCTCTTGCCAGGCTTACGCAGAAGATACGGTTATAGTAAACGACCATGACATTTCAGCCATCAAAGATTGTTGGCAAAAAAATTCAGATGATGATACTGACGTTAACGTGATCAAATCATGCCTGCGACAAGAATACAATCTCGTCGATGCGCAATTAAATAAAGCCTATGGTGAAGCTTATCGTTATAT > NC_000913/1961729‑1962195 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |