| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,628,332 | T→C | intergenic (+69/‑20) | ydfG → / → rspR | 3‑hydroxy acid dehydrogenase YdfG/DNA‑binding transcriptional repressor RspR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,628,332 | 0 | T | C | 96.5% | 103.8 / ‑2.8 | 29 | intergenic (+69/‑20) | ydfG/rspR | 3‑hydroxy acid dehydrogenase YdfG/DNA‑binding transcriptional repressor RspR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (11/17); minor base A (1/0); total (12/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.17e-01 | |||||||||||
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |